Hi, Rafal
This is the answer from my colleague Ashkan, I hope it can help you
It seems reading coordinates from an inpcrd file has a bug. Currently, they
have to explicitly give the coordinates via *cv_r*. In addition, I don't
recommend one uses 'QUATERNION0' alone as a CV (unless they really know
what they are doing), instead one should use all four QUATERNION0 to
QUATERNION3 CVs to build an orientation CV.
Best
Feng
On Tue, Nov 2, 2021 at 7:04 AM Rafał Madaj <rmadaj.cbmm.lodz.pl> wrote:
> Dear all,
>
> I am trying to perform metadynamics simulation using ABMD method in
> order to sample conformational change of the protein. Like for targeted
> MD, I have starting and ending conformations in rst7 files.
>
> When I try to run simulation having collective variable selected as
> QUATERNION0, with certain number of atoms chosen, starting of simulation
> yields:
>
> -----
>
> pmemd.cuda -O -i tmd.in -o tmd.out -p common.parm7 -c
> initial_equilibrated.rst7 -r tmd.rst7 -inf info.inf -x tmd.nc
> At line 1750 of file
> /home/rmadeye/amber20_src/src/pmemd/src/nfe_colvar.F90 (unit = 90, file
> = 'tmd.rst7')
> Fortran runtime error: Bad integer for item 1 in list input
>
> Error termination. Backtrace:
> #0 0x7fef660bcd21 in ???
> #1 0x7fef660bd869 in ???
> #2 0x7fef660be54f in ???
> #3 0x7fef662f7f03 in ???
> #4 0x7fef662fb189 in ???
> #5 0x7fef662fbdc9 in ???
> #6 0x5603ab51f47a in ???
> #7 0x5603ab525c3f in ???
> #8 0x5603ab54825d in ???
> #9 0x5603ab5002a6 in ???
> #10 0x5603ab465d55 in ???
> #11 0x5603ab3a94be in ???
> #12 0x7fef65eb40b2 in ???
> #13 0x5603ab3ba73d in ???
> #14 0xffffffffffffffff in ???
> ----
>
> In appendix I attached input and cv files.
>
> When I tried with another collective variables, like the ones presented
> in dialanine tutorial (I appended it as cv_def.in) simulation runs
> smoothly.
>
> Any idea what causes the error and how to fix it?
>
> Regards,
>
> Rafal
>
> --
> dr inż. Rafał Madaj
> Dział Chemii Bioorganicznej
> Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN
> ----------------------------------------------------
> "Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Centrum Badań
> Molekularnych i Makromolekularnych Polskiej Akademii Nauk, ul. Sienkiewicza
> 112, 90-363 Łódź. Przetwarzamy dane osobowe w celu wykonywania działalności
> Instytutu, w szczególności w zakresie prowadzenia badań naukowych w
> zakresie nauk chemicznych, fizycznych i technicznych oraz upowszechniania
> wyników tych badań czy też wykonywania umów w zakresie realizowania
> projektów badawczych, praktyk, staży, konferencji naukowych, stypendiów,
> przeprowadzanych przewodów doktorskich/habilitacyjnych. Przechowujemy dane
> przez okres niezbędny do realizacji ww. celów, dochodzenia lub obrony
> roszczeń oraz przez czas wymagany przepisami prawa. Ma Pani/Pan prawo
> dostępu do informacji o przetwarzaniu danych, prawo żądania ich
> sprostowania, usunięcia, prawo do sprzeciwu wobec przetwarzania, prawo do
> przenoszenia danych oraz prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony
> Danych Osobowych. Decyzji wobec Pani/Pana danych osobowych nie podejmujemy
> w sposób zautomatyzowany, w tym nie dokonujemy profilowania. Szczegółowe
> informacje o ochronie danych osobowych zgodnie z RODO znajdują się na
> stronie www.cbmm.lodz.pl. W sprawach ochrony danych osobowych prosimy o
> kontakt z naszym Inspektorem Ochrony Danych pod adresem: e-mail:
> iod.cbmm.lodz.pl".
>
> _______________________________________________
> AMBER mailing list
> AMBER.ambermd.org
> http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
>
--
Feng Pan
PostDoc
Florida State University
Department of Statistics
Email: fpan3.ncsu.edu; fpan.fsu.edu
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Thu Nov 04 2021 - 09:00:02 PDT
