Dear all,
I am trying to perform metadynamics simulation using ABMD method in
order to sample conformational change of the protein. Like for targeted
MD, I have starting and ending conformations in rst7 files.
When I try to run simulation having collective variable selected as
QUATERNION0, with certain number of atoms chosen, starting of simulation
yields:
-----
pmemd.cuda -O -i tmd.in -o tmd.out -p common.parm7 -c
initial_equilibrated.rst7 -r tmd.rst7 -inf info.inf -x tmd.nc
At line 1750 of file
/home/rmadeye/amber20_src/src/pmemd/src/nfe_colvar.F90 (unit = 90, file
= 'tmd.rst7')
Fortran runtime error: Bad integer for item 1 in list input
Error termination. Backtrace:
#0 0x7fef660bcd21 in ???
#1 0x7fef660bd869 in ???
#2 0x7fef660be54f in ???
#3 0x7fef662f7f03 in ???
#4 0x7fef662fb189 in ???
#5 0x7fef662fbdc9 in ???
#6 0x5603ab51f47a in ???
#7 0x5603ab525c3f in ???
#8 0x5603ab54825d in ???
#9 0x5603ab5002a6 in ???
#10 0x5603ab465d55 in ???
#11 0x5603ab3a94be in ???
#12 0x7fef65eb40b2 in ???
#13 0x5603ab3ba73d in ???
#14 0xffffffffffffffff in ???
----
In appendix I attached input and cv files.
When I tried with another collective variables, like the ones presented
in dialanine tutorial (I appended it as cv_def.in) simulation runs smoothly.
Any idea what causes the error and how to fix it?
Regards,
Rafal
--
dr inż. Rafał Madaj
Dział Chemii Bioorganicznej
Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN
----------------------------------------------------
"Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych Polskiej Akademii Nauk, ul. Sienkiewicza 112, 90-363 Łódź. Przetwarzamy dane osobowe w celu wykonywania działalności Instytutu, w szczególności w zakresie prowadzenia badań naukowych w zakresie nauk chemicznych, fizycznych i technicznych oraz upowszechniania wyników tych badań czy też wykonywania umów w zakresie realizowania projektów badawczych, praktyk, staży, konferencji naukowych, stypendiów, przeprowadzanych przewodów doktorskich/habilitacyjnych. Przechowujemy dane przez okres niezbędny do realizacji ww. celów, dochodzenia lub obrony roszczeń oraz przez czas wymagany przepisami prawa. Ma Pani/Pan prawo dostępu do informacji o przetwarzaniu danych, prawo żądania ich sprostowania, usunięcia, prawo do sprzeciwu wobec przetwarzania, prawo do przenoszenia danych oraz prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych. Decyzji wobec Pani/Pana danych osobowych nie podejmujemy w sposób zautomatyzowany, w tym nie dokonujemy profilowania. Szczegółowe informacje o ochronie danych osobowych zgodnie z RODO znajdują się na stronie www.cbmm.lodz.pl. W sprawach ochrony danych osobowych prosimy o kontakt z naszym Inspektorem Ochrony Danych pod adresem: e-mail: iod.cbmm.lodz.pl".
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
- text/plain attachment: cv.in
Received on Tue Nov 02 2021 - 04:30:03 PDT