Hi Feng,
Manual addition of coordinates will be extremely painful, as I basically
need to add ALL non-hydrogen atoms to sample conformational changes but,
well, as it looks like it's the only way..
Could you share sample CV file with QUATERNION0-3 variables, that
properly works?
Best,
Rafał
On 04.11.2021 16:44, Feng Pan wrote:
> Hi, Rafal
>
> This is the answer from my colleague Ashkan, I hope it can help you
>
> It seems reading coordinates from an inpcrd file has a bug. Currently, they
> have to explicitly give the coordinates via *cv_r*. In addition, I don't
> recommend one uses 'QUATERNION0' alone as a CV (unless they really know
> what they are doing), instead one should use all four QUATERNION0 to
> QUATERNION3 CVs to build an orientation CV.
>
> Best
> Feng
>
> On Tue, Nov 2, 2021 at 7:04 AM Rafał Madaj <rmadaj.cbmm.lodz.pl> wrote:
>
>> Dear all,
>>
>> I am trying to perform metadynamics simulation using ABMD method in
>> order to sample conformational change of the protein. Like for targeted
>> MD, I have starting and ending conformations in rst7 files.
>>
>> When I try to run simulation having collective variable selected as
>> QUATERNION0, with certain number of atoms chosen, starting of simulation
>> yields:
>>
>> -----
>>
>> pmemd.cuda -O -i tmd.in -o tmd.out -p common.parm7 -c
>> initial_equilibrated.rst7 -r tmd.rst7 -inf info.inf -x tmd.nc
>> At line 1750 of file
>> /home/rmadeye/amber20_src/src/pmemd/src/nfe_colvar.F90 (unit = 90, file
>> = 'tmd.rst7')
>> Fortran runtime error: Bad integer for item 1 in list input
>>
>> Error termination. Backtrace:
>> #0 0x7fef660bcd21 in ???
>> #1 0x7fef660bd869 in ???
>> #2 0x7fef660be54f in ???
>> #3 0x7fef662f7f03 in ???
>> #4 0x7fef662fb189 in ???
>> #5 0x7fef662fbdc9 in ???
>> #6 0x5603ab51f47a in ???
>> #7 0x5603ab525c3f in ???
>> #8 0x5603ab54825d in ???
>> #9 0x5603ab5002a6 in ???
>> #10 0x5603ab465d55 in ???
>> #11 0x5603ab3a94be in ???
>> #12 0x7fef65eb40b2 in ???
>> #13 0x5603ab3ba73d in ???
>> #14 0xffffffffffffffff in ???
>> ----
>>
>> In appendix I attached input and cv files.
>>
>> When I tried with another collective variables, like the ones presented
>> in dialanine tutorial (I appended it as cv_def.in) simulation runs
>> smoothly.
>>
>> Any idea what causes the error and how to fix it?
>>
>> Regards,
>>
>> Rafal
>>
>> --
>> dr inż. Rafał Madaj
>> Dział Chemii Bioorganicznej
>> Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN
>> ----------------------------------------------------
>> "Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Centrum Badań
>> Molekularnych i Makromolekularnych Polskiej Akademii Nauk, ul. Sienkiewicza
>> 112, 90-363 Łódź. Przetwarzamy dane osobowe w celu wykonywania działalności
>> Instytutu, w szczególności w zakresie prowadzenia badań naukowych w
>> zakresie nauk chemicznych, fizycznych i technicznych oraz upowszechniania
>> wyników tych badań czy też wykonywania umów w zakresie realizowania
>> projektów badawczych, praktyk, staży, konferencji naukowych, stypendiów,
>> przeprowadzanych przewodów doktorskich/habilitacyjnych. Przechowujemy dane
>> przez okres niezbędny do realizacji ww. celów, dochodzenia lub obrony
>> roszczeń oraz przez czas wymagany przepisami prawa. Ma Pani/Pan prawo
>> dostępu do informacji o przetwarzaniu danych, prawo żądania ich
>> sprostowania, usunięcia, prawo do sprzeciwu wobec przetwarzania, prawo do
>> przenoszenia danych oraz prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony
>> Danych Osobowych. Decyzji wobec Pani/Pana danych osobowych nie podejmujemy
>> w sposób zautomatyzowany, w tym nie dokonujemy profilowania. Szczegółowe
>> informacje o ochronie danych osobowych zgodnie z RODO znajdują się na
>> stronie www.cbmm.lodz.pl. W sprawach ochrony danych osobowych prosimy o
>> kontakt z naszym Inspektorem Ochrony Danych pod adresem: e-mail:
>> iod.cbmm.lodz.pl".
>>
>> _______________________________________________
>> AMBER mailing list
>> AMBER.ambermd.org
>> http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
>>
>
--
dr inż. Rafał Madaj
Dział Chemii Bioorganicznej
Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN
----------------------------------------------------
"Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych Polskiej Akademii Nauk, ul. Sienkiewicza 112, 90-363 Łódź. Przetwarzamy dane osobowe w celu wykonywania działalności Instytutu, w szczególności w zakresie prowadzenia badań naukowych w zakresie nauk chemicznych, fizycznych i technicznych oraz upowszechniania wyników tych badań czy też wykonywania umów w zakresie realizowania projektów badawczych, praktyk, staży, konferencji naukowych, stypendiów, przeprowadzanych przewodów doktorskich/habilitacyjnych. Przechowujemy dane przez okres niezbędny do realizacji ww. celów, dochodzenia lub obrony roszczeń oraz przez czas wymagany przepisami prawa. Ma Pani/Pan prawo dostępu do informacji o przetwarzaniu danych, prawo żądania ich sprostowania, usunięcia, prawo do sprzeciwu wobec przetwarzania, prawo do przenoszenia danych oraz prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych. Decyzji wobec Pani/Pana danych osobowych nie podejmujemy w sposób zautomatyzowany, w tym nie dokonujemy profilowania. Szczegółowe informacje o ochronie danych osobowych zgodnie z RODO znajdują się na stronie www.cbmm.lodz.pl. W sprawach ochrony danych osobowych prosimy o kontakt z naszym Inspektorem Ochrony Danych pod adresem: e-mail: iod.cbmm.lodz.pl".
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Fri Nov 05 2021 - 01:30:02 PDT
