Hi,
There isn't too much more I can help you with without actually seeing your
system. An RMSD that is in the range of 20-30 Angstroms does seem like an
issue with how the analysis is being conducted, rather than reflecting
actual behavior of the system. Simply changing the residue range to 1-13
because the values look better isn't a good solution.
If you haven't already, visualize your trajectory - there is really no
substitute for seeing what your system is doing. That will make it
immediately apparent if there are imaging issues or two domains are
dissociating, etc.
If you haven't gone through some of the beginning analysis tutorials, that
may be useful as well:
http://ambermd.org/tutorials/analysis/tutorial0/index.php
http://ambermd.org/tutorials/analysis/tutorial1/index.php
-Dan
On Wed, Oct 11, 2023 at 9:51 AM Myriam Torres Rico <myriam.torres.ifth.es>
wrote:
> Hi Dan,
>
> I just tried that, but I keep getting high values (20-30 amstrong...).
> Maybe it's the numerical range I have set from 1-2340? (I have set that
> range because it picks up my protein and the ligand, discarding the water),
> because I try with the interval that appears in AMBER tutorial (:1-13) and
> the values are good.
>
> Thanks in advance
>
> El mié, 11 oct 2023 a las 15:28, Daniel Roe (<daniel.r.roe.gmail.com>)
> escribió:
>
>> Hi,
>>
>> On Wed, Oct 11, 2023 at 7:13 AM Myriam Torres Rico
>> <myriam.torres.ifth.es> wrote:
>> >
>> > ...Regarding the previous email and the question I was asking, it is
>> precisely because the Y-axis values are between 30-50 (Amstrong?) and I had
>> read that a good RMSD value is between 1-2,5 amstrong. But when I visualise
>> in VMD my molecular dynamics, the ligand remains bound to the protein at
>> all times. So my question is:
>>
>> Sounds like an imaging artifact. Try using 'autoimage' before your
>> 'trajin' command to try and fix that.
>>
>> And yes, RMSDs are in Angstroms.
>>
>> -Dan
>>
>> >
>> > Is a high RMSD related to the fact that my ligand is far away from the
>> protein? Is my ligand far away from the active site but it is bound to
>> another part of the protein? Or do I have to change the simulation
>> parameters because the simulation is not well done?
>> >
>> > Sorry for the insistence, I am a bit new in this field and some
>> theoretical concepts escape me...
>> >
>> > Thanks in advance
>> >
>> > El mié, 11 oct 2023 a las 12:29, Myriam Torres Rico (<
>> myriam.torres.ifth.es>) escribió:
>> >>
>> >> Okei Dan, thank you so much again. Now I can launch the calculation
>> without problems! :)
>> >> One last question...the units of the results I get with this
>> calculation in the Y axis are always Amstrongs?
>> >>
>> >> Thanks in advance
>> >>
>> >> El mar, 10 oct 2023 a las 17:56, Daniel Roe (<daniel.r.roe.gmail.com>)
>> escribió:
>> >>>
>> >>> I left out the 'trajin'.
>> >>>
>> >>> parm complex-verapamil-cav1.2sinH.top
>> >>> reference complex-verapamil-cav1.2_min_wat.rst [REF]
>> >>> reference complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd lastframe [LAST]
>> >>> trajin complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd
>> >>> rms ToMember1 :1-2340&!.H= ref [REF] out prueba-ambertools.agr
>> >>> rms ToLast :1-2340&!.H= ref [LAST] out prueba-ambertools.agr
>> >>>
>> >>> -Dan
>> >>>
>> >>> On Tue, Oct 10, 2023 at 11:52 AM Myriam Torres Rico <
>> myriam.torres.ifth.es> wrote:
>> >>>>
>> >>>> Thank you very much Dan, I will keep reading about the RMSF
>> calculation and see what results I get.
>> >>>>
>> >>>> I have tried the script you have given me but I get this again:
>> >>>>
>> >>>> ---------- RUN BEGIN
>> -------------------------------------------------
>> >>>> Warning: No input trajectories specified.
>> >>>> TIME: Analyses took 0.0000 seconds.
>> >>>>
>> >>>> DATASETS (2 total):
>> >>>> ToMember1 "ToMember1" (double, rms), size is 0
>> >>>> ToLast "ToLast" (double, rms), size is 0
>> >>>> Total data set memory usage is at least 0.000 kB
>> >>>>
>> >>>> DATAFILES (2 total):
>> >>>> prueba-ambertools.agr (Grace File): ToMember1
>> >>>> prueba-ambertools.agr (Grace File): ToLast
>> >>>> Warning: Set 'ToMember1' contains no data.
>> >>>> Warning: File 'prueba-ambertools.agr' has no sets containing data.
>> >>>> Warning: Set 'ToLast' contains no data.
>> >>>> Warning: File 'prueba-ambertools.agr' has no sets containing data.
>> >>>>
>> >>>> I changed reference to trajin but I got an error...that's why I'm
>> still stuck at this point :S
>> >>>>
>> >>>> Thanks you so much again
>> >>>>
>> >>>> El mar, 10 oct 2023 a las 15:20, Daniel Roe (<daniel.r.roe.gmail.com>)
>> escribió:
>> >>>>>
>> >>>>> Hi,
>> >>>>>
>> >>>>> On Mon, Oct 9, 2023 at 11:50 AM Myriam Torres Rico
>> >>>>> <myriam.torres.ifth.es> wrote:
>> >>>>> >
>> >>>>> > What I was expecting was to get two lines in the graph, one for
>> the reference structure and one for the final structure...but I only got
>> one line.
>> >>>>>
>> >>>>> It was not clear that this is what you wanted from your previous
>> >>>>> emails. I should have asked instead of guessing what you wanted to
>> do
>> >>>>> from the input picture you posted. :-)
>> >>>>>
>> >>>>> If you want to calculate the RMSD to a specified reference and the
>> >>>>> last frame, you can do the following:
>> >>>>>
>> >>>>> parm complex-verapamil-cav1.2sinH.top
>> >>>>> reference complex-verapamil-cav1.2_min_wat.rst [REF]
>> >>>>> reference complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd lastframe [LAST]
>> >>>>> rms ToMember1 :1-2340&!.H= ref [REF] out prueba-ambertools.agr
>> >>>>> rms ToLast :1-2340&!.H= ref [LAST] out prueba-ambertools.agr
>> >>>>>
>> >>>>> >
>> >>>>> > I wanted to take the opportunity to ask you in the following
>> script for RMSF calculations where and how I can put the interval of the
>> protein residues (my interval is :1-2339) :
>> >>>>> >
>> >>>>> > parm complex-verapamil-cav1.2sinH.top
>> >>>>> > trajin complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd
>> >>>>> > rms first
>> >>>>> > average crdset MyAvg
>> >>>>> > run
>> >>>>> > rms ref MyAvg
>> >>>>> > atomicfluct out fluct11.agr
>> >>>>>
>> >>>>> You'll want to put that mask in both 'rms' commands and in the
>> >>>>> 'atomicfluct' command. Be aware that you don't necessarily have to
>> use
>> >>>>> the same mask for fitting/calculating fluctutations. For example,
>> you
>> >>>>> may want to fit on the alpha carbons or backbone atoms, and then
>> >>>>> calculate the fluctuations for all atoms. It all depends on what you
>> >>>>> want the frame of reference to be. I highly suggest reading the
>> manual
>> >>>>> entries for all of these commands to become familiar with what
>> >>>>> keywords are available and what they do.
>> >>>>>
>> >>>>> Hope this helps,
>> >>>>>
>> >>>>> -Dan
>> >>>>>
>> >>>>> >
>> >>>>> > Thanks in advance
>> >>>>> >
>> >>>>> > Myriam
>> >>>>> >
>> >>>>> > El vie, 6 oct 2023 a las 16:28, Daniel Roe (<
>> daniel.r.roe.gmail.com>) escribió:
>> >>>>> >>
>> >>>>> >> Hi,
>> >>>>> >>
>> >>>>> >> So I forgot to mention, for the 'trajin' command if you want
>> only the last frame the keyword is 'lastframe' (not 'last'). So try
>> something like:
>> >>>>> >>
>> >>>>> >> parm refparm.parm7
>> >>>>> >> reference ref.rst7
>> >>>>> >> trajin mytraj.nc lastframe
>> >>>>> >> rms reference <additional arguments>
>> >>>>> >>
>> >>>>> >> I also recommend reading the manual entries for these commands
>> so you have a better idea of what each keyword is doing. Hope this helps,
>> >>>>> >>
>> >>>>> >> -Dan
>> >>>>> >>
>> >>>>> >> On Fri, Oct 6, 2023 at 3:42 AM Myriam Torres Rico <
>> myriam.torres.ifth.es> wrote:
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> Hi Dan,
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> Thanks you a lot for your answer. I have tried to make the
>> change you tell me, but I get the following error:
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> Error: [trajin] Not all arguments handled: [ [last] ] ]
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> I have also tried to change the two "references" for "trajin"
>> but I just get this error, which at least I didn't get before:
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> Error: Reference index 0 not found.
>> >>>>> >>> Error: Could not initialize action [rms] Error: Reference index
>> 0 not found.
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> Could it be an error in my input files?
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> Thanks in advance
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> Myriam
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> El jue, 5 oct 2023 a las 18:05, Daniel Roe (<
>> daniel.r.roe.gmail.com>) escribió:
>> >>>>> >>>>
>> >>>>> >>>> As the warning says you havent specified an input trajectory.
>> Change the second ‘reference’ to ‘trajin’.
>> >>>>> >>>>
>> >>>>> >>>> -Dan
>> >>>>> >>>>
>> >>>>> >>>> On Thu, Oct 5, 2023 at 11:54 AM Myriam Torres Rico <
>> myriam.torres.ifth.es> wrote:
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>> Dear Amber experts,
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>> I am trying to calculate the RMSD of my MD files but when I
>> try to calculate it by putting the reference structure, I get an empty
>> file. I'm attaching an image to see if you can help me.
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>> all the best
>> >>>>> >>>>> --
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>> Myriam Torres Rico, PhD
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>> Postdoctoral Scientist
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>> myriam.torres.ifth.es
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>> Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>> Facultad de Medicina, UAM
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>> www.ifth.es
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>> Este mensaje, o sus anexos, pueden contener información
>> confidencial, en especial datos de carácter personal, y se dirigen
>> exclusivamente al destinatario del mismo que está obligado al secreto
>> profesional respecto de la información y los datos contenidos en el
>> mensaje. Si usted lo ha recibido por error, por favor, comuníquenoslo por
>> este medio y proceda a destruirlo o borrarlo, y en todo caso absténgase de
>> utilizar, reproducir, alterar, archivar o comunicar a terceros el presente
>> mensaje y/o ficheros anexos, pudiendo incurrir, en caso de llevar a cabo
>> tales acciones, en responsabilidades legales. En cualquier caso, la
>> reproducción o comunicación a terceros de la información contenida en el
>> presente mensaje o en sus anexos debe estar previamente autorizada por el
>> emisor. El emisor no garantiza la integridad, rapidez o seguridad del
>> presente correo, ni se responsabiliza de posibles perjuicios derivados de
>> la captura, incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones
>> efectuadas por terceros."
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>>
>> >>>>> >>>>> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es
>> necesario hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> --
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> Myriam Torres Rico, PhD
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> Postdoctoral Scientist
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> myriam.torres.ifth.es
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>> >>>>> >>> Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> Facultad de Medicina, UAM
>> >>>>> >>>
>> >>>>> >>> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
>> >>>>> >>>
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>> >>>>> >>> www.ifth.es
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>> >>>>> >>> Este mensaje, o sus anexos, pueden contener información
>> confidencial, en especial datos de carácter personal, y se dirigen
>> exclusivamente al destinatario del mismo que está obligado al secreto
>> profesional respecto de la información y los datos contenidos en el
>> mensaje. Si usted lo ha recibido por error, por favor, comuníquenoslo por
>> este medio y proceda a destruirlo o borrarlo, y en todo caso absténgase de
>> utilizar, reproducir, alterar, archivar o comunicar a terceros el presente
>> mensaje y/o ficheros anexos, pudiendo incurrir, en caso de llevar a cabo
>> tales acciones, en responsabilidades legales. En cualquier caso, la
>> reproducción o comunicación a terceros de la información contenida en el
>> presente mensaje o en sus anexos debe estar previamente autorizada por el
>> emisor. El emisor no garantiza la integridad, rapidez o seguridad del
>> presente correo, ni se responsabiliza de posibles perjuicios derivados de
>> la captura, incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones
>> efectuadas por terceros."
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>> >>>>> >>> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es
>> necesario hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
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>> >>>>> > C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
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>> >>>>> > Este mensaje, o sus anexos, pueden contener información
>> confidencial, en especial datos de carácter personal, y se dirigen
>> exclusivamente al destinatario del mismo que está obligado al secreto
>> profesional respecto de la información y los datos contenidos en el
>> mensaje. Si usted lo ha recibido por error, por favor, comuníquenoslo por
>> este medio y proceda a destruirlo o borrarlo, y en todo caso absténgase de
>> utilizar, reproducir, alterar, archivar o comunicar a terceros el presente
>> mensaje y/o ficheros anexos, pudiendo incurrir, en caso de llevar a cabo
>> tales acciones, en responsabilidades legales. En cualquier caso, la
>> reproducción o comunicación a terceros de la información contenida en el
>> presente mensaje o en sus anexos debe estar previamente autorizada por el
>> emisor. El emisor no garantiza la integridad, rapidez o seguridad del
>> presente correo, ni se responsabiliza de posibles perjuicios derivados de
>> la captura, incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones
>> efectuadas por terceros."
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>> necesario hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
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>> >>>> Este mensaje, o sus anexos, pueden contener información
>> confidencial, en especial datos de carácter personal, y se dirigen
>> exclusivamente al destinatario del mismo que está obligado al secreto
>> profesional respecto de la información y los datos contenidos en el
>> mensaje. Si usted lo ha recibido por error, por favor, comuníquenoslo por
>> este medio y proceda a destruirlo o borrarlo, y en todo caso absténgase de
>> utilizar, reproducir, alterar, archivar o comunicar a terceros el presente
>> mensaje y/o ficheros anexos, pudiendo incurrir, en caso de llevar a cabo
>> tales acciones, en responsabilidades legales. En cualquier caso, la
>> reproducción o comunicación a terceros de la información contenida en el
>> presente mensaje o en sus anexos debe estar previamente autorizada por el
>> emisor. El emisor no garantiza la integridad, rapidez o seguridad del
>> presente correo, ni se responsabiliza de posibles perjuicios derivados de
>> la captura, incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones
>> efectuadas por terceros."
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>> >>>>
>> >>>> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es
>> necesario hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
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>> >> Myriam Torres Rico, PhD
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>> >> Postdoctoral Scientist
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>> >> myriam.torres.ifth.es
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>> >>
>> >> Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
>> >>
>> >> Facultad de Medicina, UAM
>> >>
>> >> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
>> >>
>> >>
>> >>
>> >> www.ifth.es
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>
>> >> Este mensaje, o sus anexos, pueden contener información confidencial,
>> en especial datos de carácter personal, y se dirigen exclusivamente al
>> destinatario del mismo que está obligado al secreto profesional respecto de
>> la información y los datos contenidos en el mensaje. Si usted lo ha
>> recibido por error, por favor, comuníquenoslo por este medio y proceda a
>> destruirlo o borrarlo, y en todo caso absténgase de utilizar, reproducir,
>> alterar, archivar o comunicar a terceros el presente mensaje y/o ficheros
>> anexos, pudiendo incurrir, en caso de llevar a cabo tales acciones, en
>> responsabilidades legales. En cualquier caso, la reproducción o
>> comunicación a terceros de la información contenida en el presente mensaje
>> o en sus anexos debe estar previamente autorizada por el emisor. El emisor
>> no garantiza la integridad, rapidez o seguridad del presente correo, ni se
>> responsabiliza de posibles perjuicios derivados de la captura,
>> incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones efectuadas por
>> terceros."
>> >>
>> >>
>> >>
>> >> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es necesario
>> hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
>> >
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>> > --
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>> > Myriam Torres Rico, PhD
>> >
>> > Postdoctoral Scientist
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>> > myriam.torres.ifth.es
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>> >
>> >
>> > Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
>> >
>> > Facultad de Medicina, UAM
>> >
>> > C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
>> >
>> >
>> >
>> > www.ifth.es
>> >
>> >
>> >
>> >
>> >
>> > Este mensaje, o sus anexos, pueden contener información confidencial,
>> en especial datos de carácter personal, y se dirigen exclusivamente al
>> destinatario del mismo que está obligado al secreto profesional respecto de
>> la información y los datos contenidos en el mensaje. Si usted lo ha
>> recibido por error, por favor, comuníquenoslo por este medio y proceda a
>> destruirlo o borrarlo, y en todo caso absténgase de utilizar, reproducir,
>> alterar, archivar o comunicar a terceros el presente mensaje y/o ficheros
>> anexos, pudiendo incurrir, en caso de llevar a cabo tales acciones, en
>> responsabilidades legales. En cualquier caso, la reproducción o
>> comunicación a terceros de la información contenida en el presente mensaje
>> o en sus anexos debe estar previamente autorizada por el emisor. El emisor
>> no garantiza la integridad, rapidez o seguridad del presente correo, ni se
>> responsabiliza de posibles perjuicios derivados de la captura,
>> incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones efectuadas por
>> terceros."
>> >
>> >
>> >
>> > Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es necesario
>> hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
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> --
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> Myriam Torres Rico, PhD
>
> Postdoctoral Scientist
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>
> *myriam.torres.ifth.es <adrian.gironda.ifth.es>*
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> Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
>
> Facultad de Medicina, UAM
>
> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
>
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>
> www.ifth.es
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>
> Este mensaje, o sus anexos, pueden contener información confidencial, en
> especial datos de carácter personal, y se dirigen exclusivamente al
> destinatario del mismo que está obligado al secreto profesional respecto de
> la información y los datos contenidos en el mensaje. Si usted lo ha
> recibido por error, por favor, comuníquenoslo por este medio y proceda a
> destruirlo o borrarlo, y en todo caso absténgase de utilizar, reproducir,
> alterar, archivar o comunicar a terceros el presente mensaje y/o ficheros
> anexos, pudiendo incurrir, en caso de llevar a cabo tales acciones, en
> responsabilidades legales. En cualquier caso, la reproducción o
> comunicación a terceros de la información contenida en el presente mensaje
> o en sus anexos debe estar previamente autorizada por el emisor. El emisor
> no garantiza la integridad, rapidez o seguridad del presente correo, ni se
> responsabiliza de posibles perjuicios derivados de la captura,
> incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones efectuadas por
> terceros."
>
>
>
> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es necesario
> hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
>
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Thu Oct 12 2023 - 06:00:02 PDT
