Hi,
in addition to Dan's advice (always visualize your trajectory!):
A potential hint for an imaging problem of a system's trajectory
containing more than one molecule is, when the RMSD values in the plot
exhibit large "jumps" of e.g. a difference of 8-10 Angstroems between
two single snapshots.
Best,
Anselm
Bioinformatik | NHR.FAU
Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg (FAU)
Germany
Am 12.10.2023 um 14:57 schrieb Daniel Roe via AMBER:
> Hi,
>
> There isn't too much more I can help you with without actually seeing your
> system. An RMSD that is in the range of 20-30 Angstroms does seem like an
> issue with how the analysis is being conducted, rather than reflecting
> actual behavior of the system. Simply changing the residue range to 1-13
> because the values look better isn't a good solution.
>
> If you haven't already, visualize your trajectory - there is really no
> substitute for seeing what your system is doing. That will make it
> immediately apparent if there are imaging issues or two domains are
> dissociating, etc.
>
> If you haven't gone through some of the beginning analysis tutorials, that
> may be useful as well:
>
> http://ambermd.org/tutorials/analysis/tutorial0/index.php
> http://ambermd.org/tutorials/analysis/tutorial1/index.php
>
> -Dan
>
> On Wed, Oct 11, 2023 at 9:51 AM Myriam Torres Rico <myriam.torres.ifth.es>
> wrote:
>
>> Hi Dan,
>>
>> I just tried that, but I keep getting high values (20-30 amstrong...).
>> Maybe it's the numerical range I have set from 1-2340? (I have set that
>> range because it picks up my protein and the ligand, discarding the water),
>> because I try with the interval that appears in AMBER tutorial (:1-13) and
>> the values are good.
>>
>> Thanks in advance
>>
>> El mié, 11 oct 2023 a las 15:28, Daniel Roe (<daniel.r.roe.gmail.com>)
>> escribió:
>>
>>> Hi,
>>>
>>> On Wed, Oct 11, 2023 at 7:13 AM Myriam Torres Rico
>>> <myriam.torres.ifth.es> wrote:
>>>>
>>>> ...Regarding the previous email and the question I was asking, it is
>>> precisely because the Y-axis values are between 30-50 (Amstrong?) and I had
>>> read that a good RMSD value is between 1-2,5 amstrong. But when I visualise
>>> in VMD my molecular dynamics, the ligand remains bound to the protein at
>>> all times. So my question is:
>>>
>>> Sounds like an imaging artifact. Try using 'autoimage' before your
>>> 'trajin' command to try and fix that.
>>>
>>> And yes, RMSDs are in Angstroms.
>>>
>>> -Dan
>>>
>>>>
>>>> Is a high RMSD related to the fact that my ligand is far away from the
>>> protein? Is my ligand far away from the active site but it is bound to
>>> another part of the protein? Or do I have to change the simulation
>>> parameters because the simulation is not well done?
>>>>
>>>> Sorry for the insistence, I am a bit new in this field and some
>>> theoretical concepts escape me...
>>>>
>>>> Thanks in advance
>>>>
>>>> El mié, 11 oct 2023 a las 12:29, Myriam Torres Rico (<
>>> myriam.torres.ifth.es>) escribió:
>>>>>
>>>>> Okei Dan, thank you so much again. Now I can launch the calculation
>>> without problems! :)
>>>>> One last question...the units of the results I get with this
>>> calculation in the Y axis are always Amstrongs?
>>>>>
>>>>> Thanks in advance
>>>>>
>>>>> El mar, 10 oct 2023 a las 17:56, Daniel Roe (<daniel.r.roe.gmail.com>)
>>> escribió:
>>>>>>
>>>>>> I left out the 'trajin'.
>>>>>>
>>>>>> parm complex-verapamil-cav1.2sinH.top
>>>>>> reference complex-verapamil-cav1.2_min_wat.rst [REF]
>>>>>> reference complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd lastframe [LAST]
>>>>>> trajin complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd
>>>>>> rms ToMember1 :1-2340&!.H= ref [REF] out prueba-ambertools.agr
>>>>>> rms ToLast :1-2340&!.H= ref [LAST] out prueba-ambertools.agr
>>>>>>
>>>>>> -Dan
>>>>>>
>>>>>> On Tue, Oct 10, 2023 at 11:52 AM Myriam Torres Rico <
>>> myriam.torres.ifth.es> wrote:
>>>>>>>
>>>>>>> Thank you very much Dan, I will keep reading about the RMSF
>>> calculation and see what results I get.
>>>>>>>
>>>>>>> I have tried the script you have given me but I get this again:
>>>>>>>
>>>>>>> ---------- RUN BEGIN
>>> -------------------------------------------------
>>>>>>> Warning: No input trajectories specified.
>>>>>>> TIME: Analyses took 0.0000 seconds.
>>>>>>>
>>>>>>> DATASETS (2 total):
>>>>>>> ToMember1 "ToMember1" (double, rms), size is 0
>>>>>>> ToLast "ToLast" (double, rms), size is 0
>>>>>>> Total data set memory usage is at least 0.000 kB
>>>>>>>
>>>>>>> DATAFILES (2 total):
>>>>>>> prueba-ambertools.agr (Grace File): ToMember1
>>>>>>> prueba-ambertools.agr (Grace File): ToLast
>>>>>>> Warning: Set 'ToMember1' contains no data.
>>>>>>> Warning: File 'prueba-ambertools.agr' has no sets containing data.
>>>>>>> Warning: Set 'ToLast' contains no data.
>>>>>>> Warning: File 'prueba-ambertools.agr' has no sets containing data.
>>>>>>>
>>>>>>> I changed reference to trajin but I got an error...that's why I'm
>>> still stuck at this point :S
>>>>>>>
>>>>>>> Thanks you so much again
>>>>>>>
>>>>>>> El mar, 10 oct 2023 a las 15:20, Daniel Roe (<daniel.r.roe.gmail.com>)
>>> escribió:
>>>>>>>>
>>>>>>>> Hi,
>>>>>>>>
>>>>>>>> On Mon, Oct 9, 2023 at 11:50 AM Myriam Torres Rico
>>>>>>>> <myriam.torres.ifth.es> wrote:
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> What I was expecting was to get two lines in the graph, one for
>>> the reference structure and one for the final structure...but I only got
>>> one line.
>>>>>>>>
>>>>>>>> It was not clear that this is what you wanted from your previous
>>>>>>>> emails. I should have asked instead of guessing what you wanted to
>>> do
>>>>>>>> from the input picture you posted. :-)
>>>>>>>>
>>>>>>>> If you want to calculate the RMSD to a specified reference and the
>>>>>>>> last frame, you can do the following:
>>>>>>>>
>>>>>>>> parm complex-verapamil-cav1.2sinH.top
>>>>>>>> reference complex-verapamil-cav1.2_min_wat.rst [REF]
>>>>>>>> reference complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd lastframe [LAST]
>>>>>>>> rms ToMember1 :1-2340&!.H= ref [REF] out prueba-ambertools.agr
>>>>>>>> rms ToLast :1-2340&!.H= ref [LAST] out prueba-ambertools.agr
>>>>>>>>
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> I wanted to take the opportunity to ask you in the following
>>> script for RMSF calculations where and how I can put the interval of the
>>> protein residues (my interval is :1-2339) :
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> parm complex-verapamil-cav1.2sinH.top
>>>>>>>>> trajin complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd
>>>>>>>>> rms first
>>>>>>>>> average crdset MyAvg
>>>>>>>>> run
>>>>>>>>> rms ref MyAvg
>>>>>>>>> atomicfluct out fluct11.agr
>>>>>>>>
>>>>>>>> You'll want to put that mask in both 'rms' commands and in the
>>>>>>>> 'atomicfluct' command. Be aware that you don't necessarily have to
>>> use
>>>>>>>> the same mask for fitting/calculating fluctutations. For example,
>>> you
>>>>>>>> may want to fit on the alpha carbons or backbone atoms, and then
>>>>>>>> calculate the fluctuations for all atoms. It all depends on what you
>>>>>>>> want the frame of reference to be. I highly suggest reading the
>>> manual
>>>>>>>> entries for all of these commands to become familiar with what
>>>>>>>> keywords are available and what they do.
>>>>>>>>
>>>>>>>> Hope this helps,
>>>>>>>>
>>>>>>>> -Dan
>>>>>>>>
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Thanks in advance
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Myriam
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> El vie, 6 oct 2023 a las 16:28, Daniel Roe (<
>>> daniel.r.roe.gmail.com>) escribió:
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> Hi,
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> So I forgot to mention, for the 'trajin' command if you want
>>> only the last frame the keyword is 'lastframe' (not 'last'). So try
>>> something like:
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> parm refparm.parm7
>>>>>>>>>> reference ref.rst7
>>>>>>>>>> trajin mytraj.nc lastframe
>>>>>>>>>> rms reference <additional arguments>
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> I also recommend reading the manual entries for these commands
>>> so you have a better idea of what each keyword is doing. Hope this helps,
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> -Dan
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>> On Fri, Oct 6, 2023 at 3:42 AM Myriam Torres Rico <
>>> myriam.torres.ifth.es> wrote:
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Hi Dan,
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Thanks you a lot for your answer. I have tried to make the
>>> change you tell me, but I get the following error:
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Error: [trajin] Not all arguments handled: [ [last] ] ]
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> I have also tried to change the two "references" for "trajin"
>>> but I just get this error, which at least I didn't get before:
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Error: Reference index 0 not found.
>>>>>>>>>>> Error: Could not initialize action [rms] Error: Reference index
>>> 0 not found.
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Could it be an error in my input files?
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Thanks in advance
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Myriam
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> El jue, 5 oct 2023 a las 18:05, Daniel Roe (<
>>> daniel.r.roe.gmail.com>) escribió:
>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>> As the warning says you havent specified an input trajectory.
>>> Change the second ‘reference’ to ‘trajin’.
>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>> -Dan
>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>> On Thu, Oct 5, 2023 at 11:54 AM Myriam Torres Rico <
>>> myriam.torres.ifth.es> wrote:
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>> Dear Amber experts,
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>> I am trying to calculate the RMSD of my MD files but when I
>>> try to calculate it by putting the reference structure, I get an empty
>>> file. I'm attaching an image to see if you can help me.
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>> all the best
>>>>>>>>>>>>> --
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>> Myriam Torres Rico, PhD
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>> Postdoctoral Scientist
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>> myriam.torres.ifth.es
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>> Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>> Facultad de Medicina, UAM
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>> www.ifth.es
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>> Este mensaje, o sus anexos, pueden contener información
>>> confidencial, en especial datos de carácter personal, y se dirigen
>>> exclusivamente al destinatario del mismo que está obligado al secreto
>>> profesional respecto de la información y los datos contenidos en el
>>> mensaje. Si usted lo ha recibido por error, por favor, comuníquenoslo por
>>> este medio y proceda a destruirlo o borrarlo, y en todo caso absténgase de
>>> utilizar, reproducir, alterar, archivar o comunicar a terceros el presente
>>> mensaje y/o ficheros anexos, pudiendo incurrir, en caso de llevar a cabo
>>> tales acciones, en responsabilidades legales. En cualquier caso, la
>>> reproducción o comunicación a terceros de la información contenida en el
>>> presente mensaje o en sus anexos debe estar previamente autorizada por el
>>> emisor. El emisor no garantiza la integridad, rapidez o seguridad del
>>> presente correo, ni se responsabiliza de posibles perjuicios derivados de
>>> la captura, incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones
>>> efectuadas por terceros."
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es
>>> necesario hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> --
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Myriam Torres Rico, PhD
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> Postdoctoral Scientist
>>>>>>>>>>>
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>>>>>>>>>>> myriam.torres.ifth.es
>>>>>>>>>>>
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>>>>>>>>>>> Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
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>>>>>>>>>>> Facultad de Medicina, UAM
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>>>>>>>>>>> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
>>>>>>>>>>>
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>>>>>>>>>>> www.ifth.es
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>>> confidencial, en especial datos de carácter personal, y se dirigen
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>>> tales acciones, en responsabilidades legales. En cualquier caso, la
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>>> presente mensaje o en sus anexos debe estar previamente autorizada por el
>>> emisor. El emisor no garantiza la integridad, rapidez o seguridad del
>>> presente correo, ni se responsabiliza de posibles perjuicios derivados de
>>> la captura, incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones
>>> efectuadas por terceros."
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>>>>>>>>>>> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es
>>> necesario hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
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>>>>>>>>> Myriam Torres Rico, PhD
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>>>>>>>>> Postdoctoral Scientist
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>>>>>>>>> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
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>>> efectuadas por terceros."
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>>> necesario hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
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>>>>>>> Myriam Torres Rico, PhD
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>>>>> Facultad de Medicina, UAM
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>>> incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones efectuadas por
>>> terceros."
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>>>> Myriam Torres Rico, PhD
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>>>> Postdoctoral Scientist
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>>>> Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
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>>>> Facultad de Medicina, UAM
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>>>> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
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>>>> Este mensaje, o sus anexos, pueden contener información confidencial,
>>> en especial datos de carácter personal, y se dirigen exclusivamente al
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>>> terceros."
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>>>> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es necesario
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>> Myriam Torres Rico, PhD
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>> *myriam.torres.ifth.es <adrian.gironda.ifth.es>*
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>> Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
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>> Facultad de Medicina, UAM
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>> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
>>
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>> www.ifth.es
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>> incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones efectuadas por
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>> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es necesario
>> hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
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> AMBER mailing list
> AMBER.ambermd.org
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Received on Fri Oct 13 2023 - 01:00:03 PDT
