Hi,
So I forgot to mention, for the 'trajin' command if you want only the last
frame the keyword is 'lastframe' (not 'last'). So try something like:
parm refparm.parm7
reference ref.rst7
trajin mytraj.nc lastframe
rms reference <additional arguments>
I also recommend reading the manual entries for these commands so you have
a better idea of what each keyword is doing. Hope this helps,
-Dan
On Fri, Oct 6, 2023 at 3:42 AM Myriam Torres Rico <myriam.torres.ifth.es>
wrote:
> Hi Dan,
>
> Thanks you a lot for your answer. I have tried to make the change you tell
> me, but I get the following error:
>
> *Error: [trajin] Not all arguments handled: [ [last] ] ]*
>
> I have also tried to change the two "references" for "trajin" but I just
> get this error, which at least I didn't get before:
>
>
> *Error: Reference index 0 not found.Error: Could not initialize action
> [rms] Error: Reference index 0 not found.*
>
> Could it be an error in my input files?
>
> Thanks in advance
>
> Myriam
>
> El jue, 5 oct 2023 a las 18:05, Daniel Roe (<daniel.r.roe.gmail.com>)
> escribió:
>
>> As the warning says you havent specified an input trajectory. Change the
>> second ‘reference’ to ‘trajin’.
>>
>> -Dan
>>
>> On Thu, Oct 5, 2023 at 11:54 AM Myriam Torres Rico <myriam.torres.ifth.es>
>> wrote:
>>
>>> Dear Amber experts,
>>>
>>> I am trying to calculate the RMSD of my MD files but when I try to
>>> calculate it by putting the reference structure, I get an empty file. I'm
>>> attaching an image to see if you can help me.
>>>
>>> all the best
>>> --
>>>
>>> Myriam Torres Rico, PhD
>>>
>>> Postdoctoral Scientist
>>>
>>>
>>> *myriam.torres.ifth.es <adrian.gironda.ifth.es>*
>>>
>>>
>>>
>>> Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
>>>
>>> Facultad de Medicina, UAM
>>>
>>> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain
>>> <https://www.google.com/maps/search/C%2F+Arzobispo+Morcillo,+4.+28029+Madrid+(Spain?entry=gmail&source=g>
>>> )
>>>
>>>
>>>
>>> www.ifth.es
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> Este mensaje, o sus anexos, pueden contener información confidencial, en
>>> especial datos de carácter personal, y se dirigen exclusivamente al
>>> destinatario del mismo que está obligado al secreto profesional respecto de
>>> la información y los datos contenidos en el mensaje. Si usted lo ha
>>> recibido por error, por favor, comuníquenoslo por este medio y proceda a
>>> destruirlo o borrarlo, y en todo caso absténgase de utilizar, reproducir,
>>> alterar, archivar o comunicar a terceros el presente mensaje y/o ficheros
>>> anexos, pudiendo incurrir, en caso de llevar a cabo tales acciones, en
>>> responsabilidades legales. En cualquier caso, la reproducción o
>>> comunicación a terceros de la información contenida en el presente mensaje
>>> o en sus anexos debe estar previamente autorizada por el emisor. El emisor
>>> no garantiza la integridad, rapidez o seguridad del presente correo, ni se
>>> responsabiliza de posibles perjuicios derivados de la captura,
>>> incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones efectuadas por
>>> terceros."
>>>
>>>
>>>
>>> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es necesario
>>> hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
>>>
>>
>
> --
>
> Myriam Torres Rico, PhD
>
> Postdoctoral Scientist
>
>
> *myriam.torres.ifth.es <adrian.gironda.ifth.es>*
>
>
>
> Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
>
> Facultad de Medicina, UAM
>
> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
>
>
>
> www.ifth.es
>
>
>
>
>
> Este mensaje, o sus anexos, pueden contener información confidencial, en
> especial datos de carácter personal, y se dirigen exclusivamente al
> destinatario del mismo que está obligado al secreto profesional respecto de
> la información y los datos contenidos en el mensaje. Si usted lo ha
> recibido por error, por favor, comuníquenoslo por este medio y proceda a
> destruirlo o borrarlo, y en todo caso absténgase de utilizar, reproducir,
> alterar, archivar o comunicar a terceros el presente mensaje y/o ficheros
> anexos, pudiendo incurrir, en caso de llevar a cabo tales acciones, en
> responsabilidades legales. En cualquier caso, la reproducción o
> comunicación a terceros de la información contenida en el presente mensaje
> o en sus anexos debe estar previamente autorizada por el emisor. El emisor
> no garantiza la integridad, rapidez o seguridad del presente correo, ni se
> responsabiliza de posibles perjuicios derivados de la captura,
> incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones efectuadas por
> terceros."
>
>
>
> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es necesario
> hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
>
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AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Fri Oct 06 2023 - 07:30:02 PDT
