Hi,
On Mon, Oct 9, 2023 at 11:50 AM Myriam Torres Rico
<myriam.torres.ifth.es> wrote:
>
> What I was expecting was to get two lines in the graph, one for the reference structure and one for the final structure...but I only got one line.
It was not clear that this is what you wanted from your previous
emails. I should have asked instead of guessing what you wanted to do
from the input picture you posted. :-)
If you want to calculate the RMSD to a specified reference and the
last frame, you can do the following:
parm complex-verapamil-cav1.2sinH.top
reference complex-verapamil-cav1.2_min_wat.rst [REF]
reference complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd lastframe [LAST]
rms ToMember1 :1-2340&!.H= ref [REF] out prueba-ambertools.agr
rms ToLast :1-2340&!.H= ref [LAST] out prueba-ambertools.agr
>
> I wanted to take the opportunity to ask you in the following script for RMSF calculations where and how I can put the interval of the protein residues (my interval is :1-2339) :
>
> parm complex-verapamil-cav1.2sinH.top
> trajin complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd
> rms first
> average crdset MyAvg
> run
> rms ref MyAvg
> atomicfluct out fluct11.agr
You'll want to put that mask in both 'rms' commands and in the
'atomicfluct' command. Be aware that you don't necessarily have to use
the same mask for fitting/calculating fluctutations. For example, you
may want to fit on the alpha carbons or backbone atoms, and then
calculate the fluctuations for all atoms. It all depends on what you
want the frame of reference to be. I highly suggest reading the manual
entries for all of these commands to become familiar with what
keywords are available and what they do.
Hope this helps,
-Dan
>
> Thanks in advance
>
> Myriam
>
> El vie, 6 oct 2023 a las 16:28, Daniel Roe (<daniel.r.roe.gmail.com>) escribió:
>>
>> Hi,
>>
>> So I forgot to mention, for the 'trajin' command if you want only the last frame the keyword is 'lastframe' (not 'last'). So try something like:
>>
>> parm refparm.parm7
>> reference ref.rst7
>> trajin mytraj.nc lastframe
>> rms reference <additional arguments>
>>
>> I also recommend reading the manual entries for these commands so you have a better idea of what each keyword is doing. Hope this helps,
>>
>> -Dan
>>
>> On Fri, Oct 6, 2023 at 3:42 AM Myriam Torres Rico <myriam.torres.ifth.es> wrote:
>>>
>>> Hi Dan,
>>>
>>> Thanks you a lot for your answer. I have tried to make the change you tell me, but I get the following error:
>>>
>>> Error: [trajin] Not all arguments handled: [ [last] ] ]
>>>
>>> I have also tried to change the two "references" for "trajin" but I just get this error, which at least I didn't get before:
>>>
>>> Error: Reference index 0 not found.
>>> Error: Could not initialize action [rms] Error: Reference index 0 not found.
>>>
>>> Could it be an error in my input files?
>>>
>>> Thanks in advance
>>>
>>> Myriam
>>>
>>> El jue, 5 oct 2023 a las 18:05, Daniel Roe (<daniel.r.roe.gmail.com>) escribió:
>>>>
>>>> As the warning says you havent specified an input trajectory. Change the second ‘reference’ to ‘trajin’.
>>>>
>>>> -Dan
>>>>
>>>> On Thu, Oct 5, 2023 at 11:54 AM Myriam Torres Rico <myriam.torres.ifth.es> wrote:
>>>>>
>>>>> Dear Amber experts,
>>>>>
>>>>> I am trying to calculate the RMSD of my MD files but when I try to calculate it by putting the reference structure, I get an empty file. I'm attaching an image to see if you can help me.
>>>>>
>>>>> all the best
>>>>> --
>>>>>
>>>>> Myriam Torres Rico, PhD
>>>>>
>>>>> Postdoctoral Scientist
>>>>>
>>>>>
>>>>> myriam.torres.ifth.es
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
>>>>>
>>>>> Facultad de Medicina, UAM
>>>>>
>>>>> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> www.ifth.es
>>>>>
>>>>>
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>>>>>
>>>>> Este mensaje, o sus anexos, pueden contener información confidencial, en especial datos de carácter personal, y se dirigen exclusivamente al destinatario del mismo que está obligado al secreto profesional respecto de la información y los datos contenidos en el mensaje. Si usted lo ha recibido por error, por favor, comuníquenoslo por este medio y proceda a destruirlo o borrarlo, y en todo caso absténgase de utilizar, reproducir, alterar, archivar o comunicar a terceros el presente mensaje y/o ficheros anexos, pudiendo incurrir, en caso de llevar a cabo tales acciones, en responsabilidades legales. En cualquier caso, la reproducción o comunicación a terceros de la información contenida en el presente mensaje o en sus anexos debe estar previamente autorizada por el emisor. El emisor no garantiza la integridad, rapidez o seguridad del presente correo, ni se responsabiliza de posibles perjuicios derivados de la captura, incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones efectuadas por terceros."
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es necesario hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
>>>
>>>
>>>
>>> --
>>>
>>> Myriam Torres Rico, PhD
>>>
>>> Postdoctoral Scientist
>>>
>>>
>>> myriam.torres.ifth.es
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>>>
>>> Facultad de Medicina, UAM
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Received on Tue Oct 10 2023 - 06:30:06 PDT
