Hi,
I left out the 'trajin'.
parm complex-verapamil-cav1.2sinH.top
reference complex-verapamil-cav1.2_min_wat.rst [REF]
reference complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd lastframe [LAST]
trajin complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd
rms ToMember1 :1-2340&!.H= ref [REF] out prueba-ambertools.agr
rms ToLast :1-2340&!.H= ref [LAST] out prueba-ambertools.agr
-Dan
On Tue, Oct 10, 2023 at 9:19 AM Daniel Roe <daniel.r.roe.gmail.com> wrote:
>
> Hi,
>
> On Mon, Oct 9, 2023 at 11:50 AM Myriam Torres Rico
> <myriam.torres.ifth.es> wrote:
> >
> > What I was expecting was to get two lines in the graph, one for the reference structure and one for the final structure...but I only got one line.
>
> It was not clear that this is what you wanted from your previous
> emails. I should have asked instead of guessing what you wanted to do
> from the input picture you posted. :-)
>
> If you want to calculate the RMSD to a specified reference and the
> last frame, you can do the following:
>
> parm complex-verapamil-cav1.2sinH.top
> reference complex-verapamil-cav1.2_min_wat.rst [REF]
> reference complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd lastframe [LAST]
> rms ToMember1 :1-2340&!.H= ref [REF] out prueba-ambertools.agr
> rms ToLast :1-2340&!.H= ref [LAST] out prueba-ambertools.agr
>
> >
> > I wanted to take the opportunity to ask you in the following script for RMSF calculations where and how I can put the interval of the protein residues (my interval is :1-2339) :
> >
> > parm complex-verapamil-cav1.2sinH.top
> > trajin complex-verapamil-cav1.2_vcon.mdcrd
> > rms first
> > average crdset MyAvg
> > run
> > rms ref MyAvg
> > atomicfluct out fluct11.agr
>
> You'll want to put that mask in both 'rms' commands and in the
> 'atomicfluct' command. Be aware that you don't necessarily have to use
> the same mask for fitting/calculating fluctutations. For example, you
> may want to fit on the alpha carbons or backbone atoms, and then
> calculate the fluctuations for all atoms. It all depends on what you
> want the frame of reference to be. I highly suggest reading the manual
> entries for all of these commands to become familiar with what
> keywords are available and what they do.
>
> Hope this helps,
>
> -Dan
>
> >
> > Thanks in advance
> >
> > Myriam
> >
> > El vie, 6 oct 2023 a las 16:28, Daniel Roe (<daniel.r.roe.gmail.com>) escribió:
> >>
> >> Hi,
> >>
> >> So I forgot to mention, for the 'trajin' command if you want only the last frame the keyword is 'lastframe' (not 'last'). So try something like:
> >>
> >> parm refparm.parm7
> >> reference ref.rst7
> >> trajin mytraj.nc lastframe
> >> rms reference <additional arguments>
> >>
> >> I also recommend reading the manual entries for these commands so you have a better idea of what each keyword is doing. Hope this helps,
> >>
> >> -Dan
> >>
> >> On Fri, Oct 6, 2023 at 3:42 AM Myriam Torres Rico <myriam.torres.ifth.es> wrote:
> >>>
> >>> Hi Dan,
> >>>
> >>> Thanks you a lot for your answer. I have tried to make the change you tell me, but I get the following error:
> >>>
> >>> Error: [trajin] Not all arguments handled: [ [last] ] ]
> >>>
> >>> I have also tried to change the two "references" for "trajin" but I just get this error, which at least I didn't get before:
> >>>
> >>> Error: Reference index 0 not found.
> >>> Error: Could not initialize action [rms] Error: Reference index 0 not found.
> >>>
> >>> Could it be an error in my input files?
> >>>
> >>> Thanks in advance
> >>>
> >>> Myriam
> >>>
> >>> El jue, 5 oct 2023 a las 18:05, Daniel Roe (<daniel.r.roe.gmail.com>) escribió:
> >>>>
> >>>> As the warning says you havent specified an input trajectory. Change the second ‘reference’ to ‘trajin’.
> >>>>
> >>>> -Dan
> >>>>
> >>>> On Thu, Oct 5, 2023 at 11:54 AM Myriam Torres Rico <myriam.torres.ifth.es> wrote:
> >>>>>
> >>>>> Dear Amber experts,
> >>>>>
> >>>>> I am trying to calculate the RMSD of my MD files but when I try to calculate it by putting the reference structure, I get an empty file. I'm attaching an image to see if you can help me.
> >>>>>
> >>>>> all the best
> >>>>> --
> >>>>>
> >>>>> Myriam Torres Rico, PhD
> >>>>>
> >>>>> Postdoctoral Scientist
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>> myriam.torres.ifth.es
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>> Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
> >>>>>
> >>>>> Facultad de Medicina, UAM
> >>>>>
> >>>>> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>> www.ifth.es
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>> Este mensaje, o sus anexos, pueden contener información confidencial, en especial datos de carácter personal, y se dirigen exclusivamente al destinatario del mismo que está obligado al secreto profesional respecto de la información y los datos contenidos en el mensaje. Si usted lo ha recibido por error, por favor, comuníquenoslo por este medio y proceda a destruirlo o borrarlo, y en todo caso absténgase de utilizar, reproducir, alterar, archivar o comunicar a terceros el presente mensaje y/o ficheros anexos, pudiendo incurrir, en caso de llevar a cabo tales acciones, en responsabilidades legales. En cualquier caso, la reproducción o comunicación a terceros de la información contenida en el presente mensaje o en sus anexos debe estar previamente autorizada por el emisor. El emisor no garantiza la integridad, rapidez o seguridad del presente correo, ni se responsabiliza de posibles perjuicios derivados de la captura, incorporaciones de virus o cualesquiera otras manipulaciones efectuadas por terceros."
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es necesario hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
> >>>
> >>>
> >>>
> >>> --
> >>>
> >>> Myriam Torres Rico, PhD
> >>>
> >>> Postdoctoral Scientist
> >>>
> >>>
> >>> myriam.torres.ifth.es
> >>>
> >>>
> >>>
> >>> Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
> >>>
> >>> Facultad de Medicina, UAM
> >>>
> >>> C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
> >>>
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> >>> www.ifth.es
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> >>> Antes de imprimir este correo electrónico piense bien si es necesario hacerlo: el medio ambiente es cosa de todos.
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> > myriam.torres.ifth.es
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> > Laboratorio 1, Departamento de Farmacología y Terapéutica
> >
> > Facultad de Medicina, UAM
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> > C/ Arzobispo Morcillo, 4. 28029 Madrid (Spain)
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Received on Tue Oct 10 2023 - 11:30:03 PDT
