Hi,
It came out that problem lied in input files for simulation, cpptraj
worked as it should have.
Classical stripping with strip command, knowing exact number of atoms
present in simulated system, performed well. The error:
* rfree: End of file on unit 5*
Was caused solely by wrong ntr&restraint_mask flags in production input.
Best,
Rafał
On 05.10.2021 14:47, Daniel Roe wrote:
> Hi,
>
> On Tue, Sep 21, 2021 at 8:17 AM Rafał Madaj <rmadaj.cbmm.lodz.pl> wrote:
>> I tried truncating reference rst7 file by these several solvent
>> molecules using CPPTRAJ, but then in prod.out it yields:
> What exactly did you try? I.e. what was the exact cpptraj input you
> used, how many atoms/residues are in your original and new topologies,
> etc?
>
> -Dan
>
>> 5. REFERENCE ATOM COORDINATES
>>
>>
>> ----- READING GROUP 1; TITLE:
>>
>>
>> * rfree: End of file on unit 5*
>>
>>
>> How can I generate two rst7 files containing different conformations of
>> one protein from pdb files that will match one topology file?
>>
>> Regards,
>>
>> Rafal
>>
>> --
>> dr inż. Rafał Madaj
>> Dział Chemii Bioorganicznej
>> Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN
>> ----------------------------------------------------
>> "Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych Polskiej Akademii Nauk, ul. Sienkiewicza 112, 90-363 Łódź. Przetwarzamy dane osobowe w celu wykonywania działalności Instytutu, w szczególności w zakresie prowadzenia badań naukowych w zakresie nauk chemicznych, fizycznych i technicznych oraz upowszechniania wyników tych badań czy też wykonywania umów w zakresie realizowania projektów badawczych, praktyk, staży, konferencji naukowych, stypendiów, przeprowadzanych przewodów doktorskich/habilitacyjnych. Przechowujemy dane przez okres niezbędny do realizacji ww. celów, dochodzenia lub obrony roszczeń oraz przez czas wymagany przepisami prawa. Ma Pani/Pan prawo dostępu do informacji o przetwarzaniu danych, prawo żądania ich sprostowania, usunięcia, prawo do sprzeciwu wobec przetwarzania, prawo do przenoszenia danych oraz prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych. Decyzji wobec Pani/Pana danych osobowych nie podejmujemy w sposób zautomatyzowany, w tym nie dokonujemy profilowania. Szczegółowe informacje o ochronie danych osobowych zgodnie z RODO znajdują się na stronie www.cbmm.lodz.pl. W sprawach ochrony danych osobowych prosimy o kontakt z naszym Inspektorem Ochrony Danych pod adresem: e-mail: iod.cbmm.lodz.pl".
>>
>> _______________________________________________
>> AMBER mailing list
>> AMBER.ambermd.org
>> http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
> _______________________________________________
> AMBER mailing list
> AMBER.ambermd.org
> http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
--
dr inż. Rafał Madaj
Dział Chemii Bioorganicznej
Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN
----------------------------------------------------
"Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych Polskiej Akademii Nauk, ul. Sienkiewicza 112, 90-363 Łódź. Przetwarzamy dane osobowe w celu wykonywania działalności Instytutu, w szczególności w zakresie prowadzenia badań naukowych w zakresie nauk chemicznych, fizycznych i technicznych oraz upowszechniania wyników tych badań czy też wykonywania umów w zakresie realizowania projektów badawczych, praktyk, staży, konferencji naukowych, stypendiów, przeprowadzanych przewodów doktorskich/habilitacyjnych. Przechowujemy dane przez okres niezbędny do realizacji ww. celów, dochodzenia lub obrony roszczeń oraz przez czas wymagany przepisami prawa. Ma Pani/Pan prawo dostępu do informacji o przetwarzaniu danych, prawo żądania ich sprostowania, usunięcia, prawo do sprzeciwu wobec przetwarzania, prawo do przenoszenia danych oraz prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych. Decyzji wobec Pani/Pana danych osobowych nie podejmujemy w sposób zautomatyzowany, w tym nie dokonujemy profilowania. Szczegółowe informacje o ochronie danych osobowych zgodnie z RODO znajdują się na stronie www.cbmm.lodz.pl. W sprawach ochrony danych osobowych prosimy o kontakt z naszym Inspektorem Ochrony Danych pod adresem: e-mail: iod.cbmm.lodz.pl".
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Tue Oct 05 2021 - 06:30:02 PDT
