Hi,
On Tue, Sep 21, 2021 at 8:17 AM Rafał Madaj <rmadaj.cbmm.lodz.pl> wrote:
>
> I tried truncating reference rst7 file by these several solvent
> molecules using CPPTRAJ, but then in prod.out it yields:
What exactly did you try? I.e. what was the exact cpptraj input you
used, how many atoms/residues are in your original and new topologies,
etc?
-Dan
>
> 5. REFERENCE ATOM COORDINATES
>
>
> ----- READING GROUP 1; TITLE:
>
>
> * rfree: End of file on unit 5*
>
>
> How can I generate two rst7 files containing different conformations of
> one protein from pdb files that will match one topology file?
>
> Regards,
>
> Rafal
>
> --
> dr inż. Rafał Madaj
> Dział Chemii Bioorganicznej
> Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN
> ----------------------------------------------------
> "Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych Polskiej Akademii Nauk, ul. Sienkiewicza 112, 90-363 Łódź. Przetwarzamy dane osobowe w celu wykonywania działalności Instytutu, w szczególności w zakresie prowadzenia badań naukowych w zakresie nauk chemicznych, fizycznych i technicznych oraz upowszechniania wyników tych badań czy też wykonywania umów w zakresie realizowania projektów badawczych, praktyk, staży, konferencji naukowych, stypendiów, przeprowadzanych przewodów doktorskich/habilitacyjnych. Przechowujemy dane przez okres niezbędny do realizacji ww. celów, dochodzenia lub obrony roszczeń oraz przez czas wymagany przepisami prawa. Ma Pani/Pan prawo dostępu do informacji o przetwarzaniu danych, prawo żądania ich sprostowania, usunięcia, prawo do sprzeciwu wobec przetwarzania, prawo do przenoszenia danych oraz prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych. Decyzji wobec Pani/Pana danych osobowych nie podejmujemy w sposób zautomatyzowany, w tym nie dokonujemy profilowania. Szczegółowe informacje o ochronie danych osobowych zgodnie z RODO znajdują się na stronie www.cbmm.lodz.pl. W sprawach ochrony danych osobowych prosimy o kontakt z naszym Inspektorem Ochrony Danych pod adresem: e-mail: iod.cbmm.lodz.pl".
>
> _______________________________________________
> AMBER mailing list
> AMBER.ambermd.org
> http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Tue Oct 05 2021 - 06:00:04 PDT
