Date: Mon, 27 Apr 2026 15:36:38 +0000
Hello amber memebers,
I previously posted about fixing steric clashes in my protein to get it into a better state. Right now I wantt like to verify my current workflow and hear any recommendations you might have.
I'm working with 3POV, and here's what I've done so far:
1. Rebuilt the missing loops using Modeller
2. Ran pdbfixer as a double check on the PDB (I could probably skip this step, but I use it for extra validation)
3. Processed with pdb4amber (with reduce included for protonation)
4. Generated the prmtop and inpcrd files using tleap and then ran on a Python/OpenMM script
5. Ran a quick 50 ps test simulation
My main question: is there a way to check whether this short test run is somehow converged, or at least heading in the right direction? And does this overall workflow look reasonable?
Best,
Abdulrahman
Abdulrahman Walid Attia Ibrahim ElBagoury
Antivirale und Antivirulenz-Wirkstoffe
Helmholtz-Institut für Pharmazeutische Forschung Saarland
University Campus E8.1, 66123 Saarbrücken
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