Date: Fri, 24 Apr 2026 16:29:32 +0000
so what could be your recommendation ? is there a way to adjust for the close contacts ?
Best,
Abdulrahman
Abdulrahman Walid Attia Ibrahim ElBagoury
Antivirale und Antivirulenz-Wirkstoffe
Helmholtz-Institut für Pharmazeutische Forschung Saarland
University Campus E8.1, 66123 Saarbrücken
[cid:Helmholtz_Submarke_HIPS_DE_RGB_ab888326-d1f3-4691-8fd5-14b7f77ded78.jpg]<https://www.helmholtz-hips.de/de/>
Ein Standort des Helmholtz-Zentrums für Infektionsforschung GmbH (HZI), Braunschweig, in Kooperation
mit der Universität des Saarlandes
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Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung GmbH | Inhoffenstraße 7 | 38124 Braunschweig | www.helmholtz-hzi.de
Vorsitzende des Aufsichtsrates: Frau MinDir'in Prof. Dr. Veronika von Messling, Bundesministerium für Forschung, Technologie und Raumfahrt
Stellvertreter: MinDirig Rüdiger Eichel, Niedersächsisches Ministerium für Wissenschaft und Kultur
Wissenschaftlicher Geschäftsführer: Prof. Dr. Josef Penninger - Administrativer Geschäftsführer: Christian Scherf
Gesellschaft mit beschränkter Haftung (GmbH)
Sitz der Gesellschaft: Braunschweig
Handelsregister: Amtsgericht Braunschweig, HRB 477
Unsere Hinweise zum Datenschutz finden Sie hier: https://www.helmholtz-hzi.de/de/service/datenschutz/ <https://www.helmholtz-hzi.de/de/service/datenschutz/>
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From: Adrian Roitberg via AMBER <amber.ambermd.org>
Sent: Friday, April 24, 2026 5:59 PM
To: ElBagoury, Abdulrahman Walid Attia Ibrahim via AMBER
Subject: [EXTERN] Re: [AMBER] Need help in proceeding with md sim
I know nothing about pdbfixer, but by the looks of it, there seemed to
have done quite a bit of work trying to make sure there are no close
contacts between residues, etc.
Now, tleap is telling you that there are some serious close contacts.
So, either pdbfixer did not do a good job, or it did, but then when you
use reduce, the hydrogens mess things up.
I am not sure if you can start your minimization with these coordinates,
some of the contacts are too close.
If you do minimize, you need to use some big restraints and let them go
slowly.
Adrian
On 4/24/26 11:05 AM, ElBagoury, Abdulrahman Walid Attia Ibrahim via
AMBER wrote:
> [External Email]
>
> Dear all,
>
> So I am doing some work related to my thesis and would like to acknowledge whether I am doing is correct and later on proceed with the MD sim, I am working with 3POV as the PDB file, and I fixed the missing chains or residues which is normal using chimerax ( modeler ) , and then I used pdb fixer to make sure everything is fixed and then its converted using pdb4amber, after this I had used reduce in the command line, and then preceded to tleap.
>
> However , when I had used I get warnings when its loaded into tleap , so is this fine ? , and I know that I will get to energy minimization prior to the actual simulation itself.
>
> Best,
> Abdulrahman
>
>
>
> Abdulrahman Walid Attia Ibrahim ElBagoury
> Antivirale und Antivirulenz-Wirkstoffe
>
> Helmholtz-Institut für Pharmazeutische Forschung Saarland
>
> University Campus E8.1, 66123 Saarbrücken
>
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>
> Ein Standort des Helmholtz-Zentrums für Infektionsforschung GmbH (HZI), Braunschweig, in Kooperation
> mit der Universität des Saarlandes
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