Date: Fri, 24 Apr 2026 15:05:39 +0000
Dear all,
So I am doing some work related to my thesis and would like to acknowledge whether I am doing is correct and later on proceed with the MD sim, I am working with 3POV as the PDB file, and I fixed the missing chains or residues which is normal using chimerax ( modeler ) , and then I used pdb fixer to make sure everything is fixed and then its converted using pdb4amber, after this I had used reduce in the command line, and then preceded to tleap.
However , when I had used I get warnings when its loaded into tleap , so is this fine ? , and I know that I will get to energy minimization prior to the actual simulation itself.
Best,
Abdulrahman
Abdulrahman Walid Attia Ibrahim ElBagoury
Antivirale und Antivirulenz-Wirkstoffe
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