Date: Mon, 30 Mar 2026 07:49:03 +0000
Hello ,
I am currently working on a project that involves docking a ligand into an enzyme. I performed the docking using MOE, and afterward I used AMBER Tools for system preparation, including protonation, tleap setup, and running everything through Bash.
However, when I use the PDB file that contains the docked ligand (after removing the original ligand), I encounter errors such as missing chains or missing residues. Interestingly, when I use the original unmodified PDB file, everything works correctly without errors.
To work around this issue, I used PyMOL to copy the docked ligand coordinates and insert them into the original unmodified PDB structure. This way, I keep the original protein structure intact while replacing only the ligand coordinates.
I would like to know if this is a valid approach. If not, how can I properly fix the issue with the MOE-generated PDB file so that AMBER Tools can process it without errors?
Abdulrahman Walid Attia Ibrahim ElBagoury
Antivirale und Antivirulenz-Wirkstoffe
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