Thank you for that. That’s an easy thing to skip over in the manual for somebody like me. I just tried that however and it still does not appear that the restraints are released as the restrained residue/small molecule is still maintaining a stiff conformation and the protein does not begin to diffuse around after the step where the restraints are completely released.
I’ve just deleted the “restraint_wt=1.0” option and started a new run to see what happens.
I’ve pasted in the input that I just used on the last run.
Thanks again.
prod
&cntrl
imin=0, irest=1, ntx=5, iwrap=1,
nstlim=15000000, dt=0.002,
ntc=2, ntf=2,
cut=10.0, ntb=2, ntp=1, taup=1.0,
ntpr=2000, ntwx=2000, ntwr= 2000,
ntt=3, gamma_ln=2.0, temp0=303.15,
ntr = 1, restraintmask =":479<:5&!.H=",
restraint_wt = 1.0, nmropt=1,
&end
&wt type='REST', istep1=0, istep2=10000000, value1=1.0, value2=0.0, &end
&wt type='REST', istep1=10000001, istep2=15000000, value1=0.0, value2=0.0, &end
&wt type='END' &end
Dan
> On Jan 14, 2022, at 4:24 AM, Rafał Madaj <rmadaj.cbmm.lodz.pl> wrote:
>
> Don't you have to use nmropt=1?
>
> Regards,
>
> Rafal
>
> On 13.01.2022 16:30, Daniel Burns wrote:
>> That's just a pasting error, sorry. The typo is not in the actual input
>> file.
>>
>> On Thu, Jan 13, 2022 at 8:03 AM David A Case <david.case.rutgers.edu> wrote:
>>
>>> On Wed, Jan 12, 2022, Daniel Burns wrote:
>>>
>>>> &owt type='REST', istep1=50000001, istep2=100000000, value1=0.0,
>>> value2=0.0, &end
>>>
>>> Looks like you have typo in your input: "owt" rather than "wt"
>>>
>>> ....dac
>>>
>>>
>>> _______________________________________________
>>> AMBER mailing list
>>> AMBER.ambermd.org
>>> http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
>>>
>> _______________________________________________
>> AMBER mailing list
>> AMBER.ambermd.org
>> http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
>
> --
> dr inż. Rafał Madaj
> Dział Chemii Bioorganicznej
> Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN
> ----------------------------------------------------
> "Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych Polskiej Akademii Nauk, ul. Sienkiewicza 112, 90-363 Łódź. Przetwarzamy dane osobowe w celu wykonywania działalności Instytutu, w szczególności w zakresie prowadzenia badań naukowych w zakresie nauk chemicznych, fizycznych i technicznych oraz upowszechniania wyników tych badań czy też wykonywania umów w zakresie realizowania projektów badawczych, praktyk, staży, konferencji naukowych, stypendiów, przeprowadzanych przewodów doktorskich/habilitacyjnych. Przechowujemy dane przez okres niezbędny do realizacji ww. celów, dochodzenia lub obrony roszczeń oraz przez czas wymagany przepisami prawa. Ma Pani/Pan prawo dostępu do informacji o przetwarzaniu danych, prawo żądania ich sprostowania, usunięcia, prawo do sprzeciwu wobec przetwarzania, prawo do przenoszenia danych oraz prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych. Decyzji wobec Pani/Pana danych osobowych nie podejmujemy w sposób zautomatyzowany, w tym nie dokonujemy profilowania. Szczegółowe informacje o ochronie danych osobowych zgodnie z RODO znajdują się na stronie www.cbmm.lodz.pl. W sprawach ochrony danych osobowych prosimy o kontakt z naszym Inspektorem Ochrony Danych pod adresem: e-mail: iod.cbmm.lodz.pl".
>
>
>
> _______________________________________________
> AMBER mailing list
> AMBER.ambermd.org
> http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Fri Jan 14 2022 - 17:30:02 PST
