Re: [AMBER] broken iodine bond problem in NEWPDB.PDB file.

From: Saman Yousuf ali <saman.yousufali64.yahoo.com>
Date: Sat, 13 Feb 2016 07:04:20 +0000 (UTC)

Dear Bill,
Thank you for your prompt and kind response. As you recommended me, I did the same. I have loaded prmtop and NEWPDB.PDB file on vmd then it shows all connection of iodine atoms. But my question is why it is not showing connection of iodine atoms with out loading prmtop file. I want connected iodine atoms in NEWPDB.PDB for any other purpose. Kindly help me in this regard.
Thank you. 
 Best Regards, Saman Yousuf AliJunior Research Fellow,
| Lab No. P-133, Computational Chemistry Laboratory
Dr. Panjwani Center for Molecular Medicine & Drug Research,
International Center for Chemical & Biological Sciences,
University of Karachi – 75270.Karachi-Pakistan.

Contact No:
Office (92-21) 111222292 (Ext 309)
Email ID: saman.yousufali64.yahoo.com
 saman.ali.iccs.edu

   |

 

    On Saturday, February 13, 2016 11:48 AM, Bill Ross <ross.cgl.ucsf.edu> wrote:
 

 If vmd will take a prmtop as input, that would tell it to draw the bond.

Bill

On 2/12/16 10:30 PM, Saman Yousuf ali wrote:
> Dear All,I have sketched my ligand via chem draw then minimize it via MOE run docking. After docking I have prepared topology files of my ligand using antechamber then I check my structure on xleap after loading prepin and frcmod it is perfectly fine and all iodine atoms are connected with benzene moiety, but the problem is when I visualize this NEWPDB.PDb file on vmd, it shows broken iodine bond. I have pasted my NEWPDB.PDB file with frcmod and prepin below.> NEWPDB
> ATOM      1  C  LIG    1      -5.645 -11.299  8.597 -0.014200
> ATOM      2  C1  LIG    1      -6.557 -10.878  7.605  0.053900
> ATOM      3  I  LIG    1      -8.291  -9.807  8.174 -0.097900
> ATOM      4  C3  LIG    1      -6.364 -11.375  6.280  0.075900
> ATOM      5  I1  LIG    1      -7.480 -10.500  4.647 -0.085900
> ATOM      6  C4  LIG    1      -5.466 -12.439  6.024  0.040900
> ATOM      7  I2  LIG    1      -5.178 -13.233  4.028 -0.085900
> ATOM      8  C5  LIG    1      -4.764 -13.020  7.098  0.112900
> ATOM      9  I3  LIG    1      -3.743 -14.874  6.988 -0.076900
> ATOM    10  C6  LIG    1      -4.789 -12.379  8.357  0.096400
> ATOM    11  N  LIG    1      -4.070 -12.693  9.482 -0.546100
> ATOM    12  C7  LIG    1      -4.394 -11.792  10.370  0.434700
> ATOM    13  H7  LIG    1      -4.010 -11.739  11.236  0.074800
> ATOM    14  N1  LIG    1      -5.351 -10.934  9.906 -0.183300
> ATOM    15  C10 LIG    1      -5.893  -9.847  10.710  0.233800
> ATOM    16  C9  LIG    1      -6.995 -10.289  11.669 -0.114400
> ATOM    17  C8  LIG    1      -6.300 -10.307  13.012  0.122100
> ATOM    18  O  LIG    1      -7.204 -10.145  14.086 -0.585800
> ATOM    19  H  LIG    1      -6.722 -10.162  14.916  0.414000
> ATOM    20  H8  LIG    1      -5.815 -11.116  13.115  0.059700
> ATOM    21  H92 LIG    1      -7.715  -9.671  11.667  0.097700
> ATOM    22  H93 LIG    1      -7.303 -11.158  11.443  0.079700
> ATOM    23  H10 LIG    1      -6.239  -9.180  10.131  0.119700
> ATOM    24  O1  LIG    1      -4.843  -9.266  11.518 -0.404600
> ATOM    25  C11 LIG    1      -5.340  -9.142  12.862  0.057100
> ATOM    26  H11 LIG    1      -5.817  -8.326  12.949  0.081700
> ATOM    27  C2  LIG    1      -4.187  -9.164  13.852  0.108400
> ATOM    28  H22 LIG    1      -4.521  -9.352  14.720  0.069700
> ATOM    29  H23 LIG    1      -3.567  -9.837  13.600  0.056700
> ATOM    30  O23 LIG    1      -3.535  -7.898  13.860 -0.596800
> ATOM    31  H231LIG    1      -2.808  -7.916  14.486  0.404000
>  > prepin file
>    0    0    2
>
> This is a remark line
> molecule.res
> LIG  XYZ  0
> CHANGE    OMIT DU  BEG
>    0.0000
>    1  DUMM  DU    M        999.000    999.0      -999.0          .00000
>    2  DUMM  DU    M        999.000    -999.0      999.0          .00000
>    3  DUMM  DU    M      -999.000    999.0      999.0          .00000
>    4  C    ca    M        -5.645000  -11.299000    8.597000  -0.014200
>    5  C1    ca    M        -6.557000  -10.878000    7.605000    0.053900
>    6  I    i    E        -8.291000  -9.807000    8.174000  -0.097900
>    7  C3    ca    M        -6.364000  -11.375000    6.280000    0.075900
>    8  I1    i    E        -7.480000  -10.500000    4.647000  -0.085900
>    9  C4    ca    M        -5.466000  -12.439000    6.024000    0.040900
>    10  I2    i    E        -5.178000  -13.233000    4.028000  -0.085900
>    11  C5    ca    M        -4.764000  -13.020000    7.098000    0.112900
>    12  I3    i    E        -3.743000  -14.874000    6.988000  -0.076900
>    13  C6    ca    M        -4.789000  -12.379000    8.357000    0.096400
>    14  N    nc    M        -4.070000  -12.693000    9.482000  -0.546100
>    15  C7    cd    M        -4.394000  -11.792000  10.370000    0.434700
>    16  H7    h5    E        -4.010000  -11.739000  11.236000    0.074800
>    17  N1    na    M        -5.351000  -10.934000    9.906000  -0.183300
>    18  C10  c3    M        -5.893000  -9.847000  10.710000    0.233800
>    19  C9    c3    3        -6.995000  -10.289000  11.669000  -0.114400
>    20  C8    c3    B        -6.300000  -10.307000  13.012000    0.122100
>    21  O    oh    S        -7.204000  -10.145000  14.086000  -0.585800
>    22  H    ho    E        -6.722000  -10.162000  14.916000    0.414000
>    23  H8    h1    E        -5.815000  -11.116000  13.115000    0.059700
>    24  H92  hc    E        -7.715000  -9.671000  11.667000    0.097700
>    25  H93  hc    E        -7.303000  -11.158000  11.443000    0.079700
>    26  H10  h2    E        -6.239000  -9.180000  10.131000    0.119700
>    27  O1    os    M        -4.843000  -9.266000  11.518000  -0.404600
>    28  C11  c3    M        -5.340000  -9.142000  12.862000    0.057100
>    29  H11  h1    E        -5.817000  -8.326000  12.949000    0.081700
>    30  C2    c3    M        -4.187000  -9.164000  13.852000    0.108400
>    31  H22  h1    E        -4.521000  -9.352000  14.720000    0.069700
>    32  H23  h1    E        -3.567000  -9.837000  13.600000    0.056700
>    33  O23  oh    M        -3.535000  -7.898000  13.860000  -0.596800
>    34  H231  ho    E        -2.808000  -7.916000  14.486000    0.404000
>
>
> LOOP
>    C6    C
>    N1    C
>    C11  C8
>
> IMPROPER
>    C6  C1    C  N1
>      C  C3  C1    I
>    C1  C4  C3  I1
>    C5  C3  C4  I2
>    C6  C4  C5  I3
>    C5    C  C6    N
>    H7  N1  C7    N
>    C10    C  N1  C7
>
> DONE
> STOP
>
>> frcmodremark goes here
> MASS
>
> BOND
>
> ANGLE
>
> DIHE
>
> IMPROPER
> ca-ca-ca-na        1.1          180.0        2.0          Using default value
> ca-ca-ca-nc        1.1          180.0        2.0          Using default value
> h5-na-cd-nc        1.1          180.0        2.0          Using default value
> c3-ca-na-cd        1.1          180.0        2.0          Using default value
>
> NONBON
>
>
> I would greatly appreciate it if anyone help me in this regard.
> Thank you.
> Best Regards, Saman Yousuf AliJunior Research Fellow,
> | Lab No. P-133, Computational Chemistry Laboratory
> Dr. Panjwani Center for Molecular Medicine & Drug Research,
> International Center for Chemical & Biological Sciences,
> University of Karachi – 75270.Karachi-Pakistan.
>
> Contact No:
> Office (92-21) 111222292 (Ext 309)
> Email ID: saman.yousufali64.yahoo.com
>  saman.ali.iccs.edu
>
>    |
>
> _______________________________________________
> AMBER mailing list
> AMBER.ambermd.org
> http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
>



  
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Fri Feb 12 2016 - 23:30:03 PST
Custom Search