Re: [AMBER] Atom does not have a type.

From: Javier Alejandro Rendon Carrillo <biotecnologo.rendon.gmail.com>
Date: Thu, 20 Feb 2014 09:09:52 -0600

Hi DAC!

I´ve working in the MMPBSA.py method using a DNA-Protein complex, im
following this tutorial
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/section2.htm , now i have a
question after execute the pruduction
run.x how i get the plots of the the
density<http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/files/prod_summary.DENSITY>
, temperature<http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/files/prod_summary.TEMP>
, total energy<http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/files/prod_summary.ETOT>
and
backbone RMSD<http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/files/measure_prod_rmsd.ptraj>
.
should i use the same command line used before ./process_mdout.pl heat.out
density.out equil.out
what is the command line need to get the plots?

greetings! 






-- 
  LBG Javier Alejandro Rendón Carrillo
Laboratorio de Investigación y Desarrollo
            Tel. (044) 81-80-52-05-76
El control del espacio y el estricto manejo
del  tiempo  son  factores  determinantes
para  aquellas  personas  que  pretendan
alcanzar   y   sostener   un   desempeño
eficiente.
CONTROL DEL ESPACIO: Orden   en   las
cosas, en los archivos y en los registros.
ESTRICTO MANEJO DEL TIEMPO: Ser
puntual y saber fijar prioridades y
cantidades de tiempo
M. Kant
Año-1780
_______________________________________________
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AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Thu Feb 20 2014 - 07:30:07 PST
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