Hi,
tleap will add whatever atoms are missing for a given residue name, according to the loaded force field. If MOE changes residue names to the "correct" protonation states following AMBER names, then hydrogens will be added. Otherwise, you have to rename them. An alternative is to use pdb2pqr with ffout and pdb-output.
Best regards,
Stephan Schott Verdugo
Biochemist
Computational Biophysical Chemistry
Institut für Bio- und Geowissenschaften / Bioinformatik (IBG-4)
Forschungszentrum Jülich GmbH
Wilhelm-Johnen-Straße, 52425 Jülich
Germany
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Forschungszentrum Jülich GmbH
52425 Jülich
Sitz der Gesellschaft: Jülich
Eingetragen im Handelsregister des Amtsgerichts Düren Nr. HR B 3498
Vorsitzender des Aufsichtsrats: MinDir Stefan Müller
Geschäftsführung: Prof. Dr. Astrid Lambrecht (Vorsitzende),
Dr. Stephanie Bauer (stellvertretende Vorsitzende),
Prof. Dr. Ir. Pieter Jansens, Prof. Dr. Laurens Kuipers
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El lun, 4 may 2026 a la(s) 7:58 p.m., ElBagoury, Abdulrahman Walid Attia Ibrahim via AMBER (amber.ambermd.org<mailto:amber.ambermd.org>) escribió:
Hello amber members,
I have a question , if I have protonated using MOE and want to use the ambertools to solvate my protein , if i used pdb4amber and then used --nodry to remove the hydrogens , after getting to to tleap ,will it re-add the the hydrogens in the same manner as did in MOE but written in amber naming convention ?
Best Regards,
Abdulrahman
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AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org<mailto:
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http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
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Received on Tue May 05 2026 - 02:00:02 PDT
