Hi Kankana,
As briefly mentioned in the manual, packmol-memgen supports some functionalities for automatically using the SIRAH forcefield and optionally parameterizing the system. Any other CG model would have to be done manually by you. You should just give it a try.
Best regards,
Stephan Schott Verdugo
Biochemist
Computational Biophysical Chemistry
Institut für Bio- und Geowissenschaften / Bioinformatik (IBG-4)
Forschungszentrum Jülich GmbH
Wilhelm-Johnen-Straße, 52425 Jülich
Germany
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Forschungszentrum Jülich GmbH
52425 Jülich
Sitz der Gesellschaft: Jülich
Eingetragen im Handelsregister des Amtsgerichts Düren Nr. HR B 3498
Vorsitzender des Aufsichtsrats: MinDir Stefan Müller
Geschäftsführung: Prof. Dr. Astrid Lambrecht (Vorsitzende),
Karsten Beneke (stellv. Vorsitzender), Dr. Ir. Pieter Jansens
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El mar, 28 may 2024 a la(s) 2:33 p.m., Kankana Bhattacharjee (kankana.bhattacharjee_phd21.ashoka.edu.in<mailto:kankana.bhattacharjee_phd21.ashoka.edu.in>) escribió:
Dear Sir,
I would like to insert a CG protein into a CG bilayer system. The CG is not based on Martini type. Can I do this job using Packmol-Memgen tool ?
Your suggestions would be highly appreciated.
Thanks & Regards
Kankana Bhattacharjee
Ph.D. Scholar
Department of Chemistry
Ashoka University
Sonipat, Haryana
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AMBER.ambermd.org
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Received on Tue May 28 2024 - 06:30:02 PDT
