Hi,
I believe your command would take the average position of the SIA residues and thus distance correspond to the distance of "average" SIA to the backbone.
Try to define them with their indeces, not resnames.
MJ
-----Original Message-----
From: Alexander Hung Lee via AMBER <amber.ambermd.org>
Sent: Monday, May 6, 2024 3:47 PM
To: Alexander Hung Lee via AMBER <amber.ambermd.org>
Subject: [AMBER] Cpptraj distance for multiple copies of ligand vs protein
[EXTERNAL EMAIL]
In my system, I have 45 copies of a ligand (all with resname SIA but with different resid's) floating around a receptor. I'm trying to track what's the closest distance between any of those ligands and the backbone. Is there something I'm missing? It seems to be tracking only one of the 45.
Input:
parm ../2_md/CPLX_Neut_Sol.parm7
trajin ../2_md/10.1.produ.nc
distance :SIA .CA,C,O,N,H out distance.txt run
Ouput:
#Frame Dis_00001
1 8.5270
2 8.5101
3 8.4704
...
138 13.1068
139 13.2145
140 13.5623
141 13.5264
Alex Lee
PhD Student
Woods Research Group<
https://woodsgroup.franklinresearch.uga.edu/>
Department of Biochemistry & Molecular Biology Complex Carbohydrate Research Center University of Georgia
315 Riverbend Rd.
Athens, GA 30602
Email: ahl63010.uga.edu
Mobile: (470) 641-3884
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Upozornění: Není-li v této zprávě výslovně uvedeno jinak, má tato e-mailová zpráva nebo její přílohy pouze informativní charakter. Tato zpráva ani její přílohy v žádném ohledu Univerzitu Karlovu k ničemu nezavazují. Text této zprávy nebo jejích příloh není návrhem na uzavření smlouvy, ani přijetím případného návrhu na uzavření smlouvy, ani jiným právním jednáním směřujícím k uzavření jakékoliv smlouvy a nezakládá předsmluvní odpovědnost Univerzity Karlovy. Obsahuje-li tento e-mail nebo některá z jeho příloh osobní údaje, dbejte při jeho dalším zpracování (zejména při archivaci) souladu s pravidly evropského nařízení GDPR.
Disclaimer: If not expressly stated otherwise, this e-mail message (including any attached files) is intended purely for informational purposes and does not represent a binding agreement on the part of Charles University. The text of this message and its attachments cannot be considered as a proposal to conclude a contract, nor the acceptance of a proposal to conclude a contract, nor any other legal act leading to concluding any contract; nor does it create any pre-contractual liability on the part of Charles University. If this e-mail or any of its attachments contains personal data, please be aware of data processing (particularly document management and archival policy) in accordance with Regulation (EU) 2016/679 of the European Parliament and of the Council on GDPR.
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Mon May 06 2024 - 07:30:02 PDT
