Date: Thu, 9 Aug 2018 09:21:14 +0300 (EEST)
Dear Amber users,
I am calculating the PMF of ratation around the N - C (from the phenyl ring) bond in
acetanilide ( C 6 H 5 NHCOCH 3 ). My results
produce a very strange PMF curve. First, the energy barrier at 0 and 180
degrees is very different, whereas those structures are mirror images
of each other and the energies should be exactly the same. Second, 0 and
-180 degrees are the exact same angle (0 and 360 degrees), but the
barriers are again different. I am using WHAM to calculate the PMF:
/home/stefan/Downloads/wham/wham/wham P -180 180 121 0.01 303 0 meta.dat result.dat
The results are the same with gaff and gaff2, parmchk and parmchk2.
I am using here a simplified protocol with only 1 ns of MD per window in vacuo (windows are 3 degrees apart),
but the results are the same even when running in solution, with
minimization, heating, equilibration, long production runs, etc. Something is clearly wrong.
Any advice is very welcome.
I am attaching the topology and starting .rst7 file. If someone wants to rerun my analysis, all input files can be created with:
for i in {-180..180..3}
do
cat heat$i.in
&cntrl
imin = 0, irest = 0, ntx = 1,
nstlim = 25000, dt = 0.001,
ntc = 1, ntf = 1,
cut = 12,
igb = 0,
ntpr = 1000, ntwr = 1000, ntwx = 1000,
ntt = 1,
temp0 = 303.0,tempi = 303.0,
ioutfm = 1, nmropt = 1,
/
&wt TYPE='TEMP0', istep1=0, istep2=25000,
value1=0.1, value2=303.0, /
&end
&wt
type='END',
&end
DISANG=disang.$i
END
cat prod$i.in
&cntrl
imin = 0, irest = 0, ntx = 1,
nstlim = 1000000, dt = 0.001,
ntc = 1, ntf = 1,
cut = 12,
igb = 0,
ntpr = 1000, ntwr = 1000, ntwx = 1000,
ntt = 1,
temp0 = 303.0,tempi = 303.0,
ioutfm = 1, nmropt = 1,
&end
&wt
type='DUMPFREQ', istep1=1000,
&end
&wt
type='END',
&end
DISANG=disang.$i
DUMPAVE=dihedral_$i.dat
END
y=$(($i-180))
z=$(($i+180))
cat disang.$i
Harmonic restraints for $i deg
&rst
iat=2,1,7,8,
r1=$y, r2=$i, r3=$i, r4=$z,
rk2=1000.0, rk3=1000.0,
/
END
done
My commands are:
pmemd.cuda -O -i heat-54.in -o heat.-54.out -p z.parm7 -c x.rst7 -r heat.-54.rst7 -x heat.-54.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-54.in -o prod.-54.out -p z.parm7 -c heat.-54.rst7 -r prod.-54.rst7 -x prod.-54.nc
pmemd.cuda -O -i heat-57.in -o heat.-57.out -p z.parm7 -c prod.-54.rst7 -r heat.-57.rst7 -x heat.-57.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-57.in -o prod.-57.out -p z.parm7 -c heat.-57.rst7 -r prod.-57.rst7 -x prod.-57.nc
pmemd.cuda -O -i heat-60.in -o heat.-60.out -p z.parm7 -c prod.-57.rst7 -r heat.-60.rst7 -x heat.-60.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-60.in -o prod.-60.out -p z.parm7 -c heat.-60.rst7 -r prod.-60.rst7 -x prod.-60.nc
pmemd.cuda -O -i heat-63.in -o heat.-63.out -p z.parm7 -c prod.-60.rst7 -r heat.-63.rst7 -x heat.-63.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-63.in -o prod.-63.out -p z.parm7 -c heat.-63.rst7 -r prod.-63.rst7 -x prod.-63.nc
pmemd.cuda -O -i heat-66.in -o heat.-66.out -p z.parm7 -c prod.-63.rst7 -r heat.-66.rst7 -x heat.-66.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-66.in -o prod.-66.out -p z.parm7 -c heat.-66.rst7 -r prod.-66.rst7 -x prod.-66.nc
pmemd.cuda -O -i heat-69.in -o heat.-69.out -p z.parm7 -c prod.-66.rst7 -r heat.-69.rst7 -x heat.-69.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-69.in -o prod.-69.out -p z.parm7 -c heat.-69.rst7 -r prod.-69.rst7 -x prod.-69.nc
pmemd.cuda -O -i heat-72.in -o heat.-72.out -p z.parm7 -c prod.-69.rst7 -r heat.-72.rst7 -x heat.-72.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-72.in -o prod.-72.out -p z.parm7 -c heat.-72.rst7 -r prod.-72.rst7 -x prod.-72.nc
pmemd.cuda -O -i heat-75.in -o heat.-75.out -p z.parm7 -c prod.-72.rst7 -r heat.-75.rst7 -x heat.-75.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-75.in -o prod.-75.out -p z.parm7 -c heat.-75.rst7 -r prod.-75.rst7 -x prod.-75.nc
pmemd.cuda -O -i heat-78.in -o heat.-78.out -p z.parm7 -c prod.-75.rst7 -r heat.-78.rst7 -x heat.-78.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-78.in -o prod.-78.out -p z.parm7 -c heat.-78.rst7 -r prod.-78.rst7 -x prod.-78.nc
pmemd.cuda -O -i heat-81.in -o heat.-81.out -p z.parm7 -c prod.-78.rst7 -r heat.-81.rst7 -x heat.-81.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-81.in -o prod.-81.out -p z.parm7 -c heat.-81.rst7 -r prod.-81.rst7 -x prod.-81.nc
pmemd.cuda -O -i heat-84.in -o heat.-84.out -p z.parm7 -c prod.-81.rst7 -r heat.-84.rst7 -x heat.-84.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-84.in -o prod.-84.out -p z.parm7 -c heat.-84.rst7 -r prod.-84.rst7 -x prod.-84.nc
pmemd.cuda -O -i heat-87.in -o heat.-87.out -p z.parm7 -c prod.-84.rst7 -r heat.-87.rst7 -x heat.-87.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-87.in -o prod.-87.out -p z.parm7 -c heat.-87.rst7 -r prod.-87.rst7 -x prod.-87.nc
pmemd.cuda -O -i heat-90.in -o heat.-90.out -p z.parm7 -c prod.-87.rst7 -r heat.-90.rst7 -x heat.-90.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-90.in -o prod.-90.out -p z.parm7 -c heat.-90.rst7 -r prod.-90.rst7 -x prod.-90.nc
pmemd.cuda -O -i heat-93.in -o heat.-93.out -p z.parm7 -c prod.-90.rst7 -r heat.-93.rst7 -x heat.-93.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-93.in -o prod.-93.out -p z.parm7 -c heat.-93.rst7 -r prod.-93.rst7 -x prod.-93.nc
pmemd.cuda -O -i heat-96.in -o heat.-96.out -p z.parm7 -c prod.-93.rst7 -r heat.-96.rst7 -x heat.-96.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-96.in -o prod.-96.out -p z.parm7 -c heat.-96.rst7 -r prod.-96.rst7 -x prod.-96.nc
pmemd.cuda -O -i heat-99.in -o heat.-99.out -p z.parm7 -c prod.-96.rst7 -r heat.-99.rst7 -x heat.-99.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-99.in -o prod.-99.out -p z.parm7 -c heat.-99.rst7 -r prod.-99.rst7 -x prod.-99.nc
pmemd.cuda -O -i heat-102.in -o heat.-102.out -p z.parm7 -c prod.-99.rst7 -r heat.-102.rst7 -x heat.-102.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-102.in -o prod.-102.out -p z.parm7 -c heat.-102.rst7 -r prod.-102.rst7 -x prod.-102.nc
pmemd.cuda -O -i heat-105.in -o heat.-105.out -p z.parm7 -c prod.-102.rst7 -r heat.-105.rst7 -x heat.-105.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-105.in -o prod.-105.out -p z.parm7 -c heat.-105.rst7 -r prod.-105.rst7 -x prod.-105.nc
pmemd.cuda -O -i heat-108.in -o heat.-108.out -p z.parm7 -c prod.-105.rst7 -r heat.-108.rst7 -x heat.-108.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-108.in -o prod.-108.out -p z.parm7 -c heat.-108.rst7 -r prod.-108.rst7 -x prod.-108.nc
pmemd.cuda -O -i heat-111.in -o heat.-111.out -p z.parm7 -c prod.-108.rst7 -r heat.-111.rst7 -x heat.-111.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-111.in -o prod.-111.out -p z.parm7 -c heat.-111.rst7 -r prod.-111.rst7 -x prod.-111.nc
pmemd.cuda -O -i heat-114.in -o heat.-114.out -p z.parm7 -c prod.-111.rst7 -r heat.-114.rst7 -x heat.-114.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-114.in -o prod.-114.out -p z.parm7 -c heat.-114.rst7 -r prod.-114.rst7 -x prod.-114.nc
pmemd.cuda -O -i heat-117.in -o heat.-117.out -p z.parm7 -c prod.-114.rst7 -r heat.-117.rst7 -x heat.-117.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-117.in -o prod.-117.out -p z.parm7 -c heat.-117.rst7 -r prod.-117.rst7 -x prod.-117.nc
pmemd.cuda -O -i heat-120.in -o heat.-120.out -p z.parm7 -c prod.-117.rst7 -r heat.-120.rst7 -x heat.-120.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-120.in -o prod.-120.out -p z.parm7 -c heat.-120.rst7 -r prod.-120.rst7 -x prod.-120.nc
pmemd.cuda -O -i heat-123.in -o heat.-123.out -p z.parm7 -c prod.-120.rst7 -r heat.-123.rst7 -x heat.-123.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-123.in -o prod.-123.out -p z.parm7 -c heat.-123.rst7 -r prod.-123.rst7 -x prod.-123.nc
pmemd.cuda -O -i heat-126.in -o heat.-126.out -p z.parm7 -c prod.-123.rst7 -r heat.-126.rst7 -x heat.-126.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-126.in -o prod.-126.out -p z.parm7 -c heat.-126.rst7 -r prod.-126.rst7 -x prod.-126.nc
pmemd.cuda -O -i heat-129.in -o heat.-129.out -p z.parm7 -c prod.-126.rst7 -r heat.-129.rst7 -x heat.-129.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-129.in -o prod.-129.out -p z.parm7 -c heat.-129.rst7 -r prod.-129.rst7 -x prod.-129.nc
pmemd.cuda -O -i heat-132.in -o heat.-132.out -p z.parm7 -c prod.-129.rst7 -r heat.-132.rst7 -x heat.-132.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-132.in -o prod.-132.out -p z.parm7 -c heat.-132.rst7 -r prod.-132.rst7 -x prod.-132.nc
pmemd.cuda -O -i heat-135.in -o heat.-135.out -p z.parm7 -c prod.-132.rst7 -r heat.-135.rst7 -x heat.-135.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-135.in -o prod.-135.out -p z.parm7 -c heat.-135.rst7 -r prod.-135.rst7 -x prod.-135.nc
pmemd.cuda -O -i heat-138.in -o heat.-138.out -p z.parm7 -c prod.-135.rst7 -r heat.-138.rst7 -x heat.-138.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-138.in -o prod.-138.out -p z.parm7 -c heat.-138.rst7 -r prod.-138.rst7 -x prod.-138.nc
pmemd.cuda -O -i heat-141.in -o heat.-141.out -p z.parm7 -c prod.-138.rst7 -r heat.-141.rst7 -x heat.-141.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-141.in -o prod.-141.out -p z.parm7 -c heat.-141.rst7 -r prod.-141.rst7 -x prod.-141.nc
pmemd.cuda -O -i heat-144.in -o heat.-144.out -p z.parm7 -c prod.-141.rst7 -r heat.-144.rst7 -x heat.-144.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-144.in -o prod.-144.out -p z.parm7 -c heat.-144.rst7 -r prod.-144.rst7 -x prod.-144.nc
pmemd.cuda -O -i heat-147.in -o heat.-147.out -p z.parm7 -c prod.-144.rst7 -r heat.-147.rst7 -x heat.-147.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-147.in -o prod.-147.out -p z.parm7 -c heat.-147.rst7 -r prod.-147.rst7 -x prod.-147.nc
pmemd.cuda -O -i heat-150.in -o heat.-150.out -p z.parm7 -c prod.-147.rst7 -r heat.-150.rst7 -x heat.-150.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-150.in -o prod.-150.out -p z.parm7 -c heat.-150.rst7 -r prod.-150.rst7 -x prod.-150.nc
pmemd.cuda -O -i heat-153.in -o heat.-153.out -p z.parm7 -c prod.-150.rst7 -r heat.-153.rst7 -x heat.-153.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-153.in -o prod.-153.out -p z.parm7 -c heat.-153.rst7 -r prod.-153.rst7 -x prod.-153.nc
pmemd.cuda -O -i heat-156.in -o heat.-156.out -p z.parm7 -c prod.-153.rst7 -r heat.-156.rst7 -x heat.-156.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-156.in -o prod.-156.out -p z.parm7 -c heat.-156.rst7 -r prod.-156.rst7 -x prod.-156.nc
pmemd.cuda -O -i heat-159.in -o heat.-159.out -p z.parm7 -c prod.-156.rst7 -r heat.-159.rst7 -x heat.-159.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-159.in -o prod.-159.out -p z.parm7 -c heat.-159.rst7 -r prod.-159.rst7 -x prod.-159.nc
pmemd.cuda -O -i heat-162.in -o heat.-162.out -p z.parm7 -c prod.-159.rst7 -r heat.-162.rst7 -x heat.-162.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-162.in -o prod.-162.out -p z.parm7 -c heat.-162.rst7 -r prod.-162.rst7 -x prod.-162.nc
pmemd.cuda -O -i heat-165.in -o heat.-165.out -p z.parm7 -c prod.-162.rst7 -r heat.-165.rst7 -x heat.-165.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-165.in -o prod.-165.out -p z.parm7 -c heat.-165.rst7 -r prod.-165.rst7 -x prod.-165.nc
pmemd.cuda -O -i heat-168.in -o heat.-168.out -p z.parm7 -c prod.-165.rst7 -r heat.-168.rst7 -x heat.-168.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-168.in -o prod.-168.out -p z.parm7 -c heat.-168.rst7 -r prod.-168.rst7 -x prod.-168.nc
pmemd.cuda -O -i heat-171.in -o heat.-171.out -p z.parm7 -c prod.-168.rst7 -r heat.-171.rst7 -x heat.-171.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-171.in -o prod.-171.out -p z.parm7 -c heat.-171.rst7 -r prod.-171.rst7 -x prod.-171.nc
pmemd.cuda -O -i heat-174.in -o heat.-174.out -p z.parm7 -c prod.-171.rst7 -r heat.-174.rst7 -x heat.-174.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-174.in -o prod.-174.out -p z.parm7 -c heat.-174.rst7 -r prod.-174.rst7 -x prod.-174.nc
pmemd.cuda -O -i heat-177.in -o heat.-177.out -p z.parm7 -c prod.-174.rst7 -r heat.-177.rst7 -x heat.-177.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-177.in -o prod.-177.out -p z.parm7 -c heat.-177.rst7 -r prod.-177.rst7 -x prod.-177.nc
pmemd.cuda -O -i heat-180.in -o heat.-180.out -p z.parm7 -c prod.-177.rst7 -r heat.-180.rst7 -x heat.-180.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-180.in -o prod.-180.out -p z.parm7 -c heat.-180.rst7 -r prod.-180.rst7 -x prod.-180.nc
pmemd.cuda -O -i heat-51.in -o heat.-51.out -p z.parm7 -c prod.-54.rst7 -r heat.-51.rst7 -x heat.-51.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-51.in -o prod.-51.out -p z.parm7 -c heat.-51.rst7 -r prod.-51.rst7 -x prod.-51.nc
pmemd.cuda -O -i heat-48.in -o heat.-48.out -p z.parm7 -c prod.-51.rst7 -r heat.-48.rst7 -x heat.-48.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-48.in -o prod.-48.out -p z.parm7 -c heat.-48.rst7 -r prod.-48.rst7 -x prod.-48.nc
pmemd.cuda -O -i heat-45.in -o heat.-45.out -p z.parm7 -c prod.-48.rst7 -r heat.-45.rst7 -x heat.-45.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-45.in -o prod.-45.out -p z.parm7 -c heat.-45.rst7 -r prod.-45.rst7 -x prod.-45.nc
pmemd.cuda -O -i heat-42.in -o heat.-42.out -p z.parm7 -c prod.-45.rst7 -r heat.-42.rst7 -x heat.-42.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-42.in -o prod.-42.out -p z.parm7 -c heat.-42.rst7 -r prod.-42.rst7 -x prod.-42.nc
pmemd.cuda -O -i heat-39.in -o heat.-39.out -p z.parm7 -c prod.-42.rst7 -r heat.-39.rst7 -x heat.-39.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-39.in -o prod.-39.out -p z.parm7 -c heat.-39.rst7 -r prod.-39.rst7 -x prod.-39.nc
pmemd.cuda -O -i heat-36.in -o heat.-36.out -p z.parm7 -c prod.-39.rst7 -r heat.-36.rst7 -x heat.-36.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-36.in -o prod.-36.out -p z.parm7 -c heat.-36.rst7 -r prod.-36.rst7 -x prod.-36.nc
pmemd.cuda -O -i heat-33.in -o heat.-33.out -p z.parm7 -c prod.-36.rst7 -r heat.-33.rst7 -x heat.-33.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-33.in -o prod.-33.out -p z.parm7 -c heat.-33.rst7 -r prod.-33.rst7 -x prod.-33.nc
pmemd.cuda -O -i heat-30.in -o heat.-30.out -p z.parm7 -c prod.-33.rst7 -r heat.-30.rst7 -x heat.-30.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-30.in -o prod.-30.out -p z.parm7 -c heat.-30.rst7 -r prod.-30.rst7 -x prod.-30.nc
pmemd.cuda -O -i heat-27.in -o heat.-27.out -p z.parm7 -c prod.-30.rst7 -r heat.-27.rst7 -x heat.-27.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-27.in -o prod.-27.out -p z.parm7 -c heat.-27.rst7 -r prod.-27.rst7 -x prod.-27.nc
pmemd.cuda -O -i heat-24.in -o heat.-24.out -p z.parm7 -c prod.-27.rst7 -r heat.-24.rst7 -x heat.-24.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-24.in -o prod.-24.out -p z.parm7 -c heat.-24.rst7 -r prod.-24.rst7 -x prod.-24.nc
pmemd.cuda -O -i heat-21.in -o heat.-21.out -p z.parm7 -c prod.-24.rst7 -r heat.-21.rst7 -x heat.-21.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-21.in -o prod.-21.out -p z.parm7 -c heat.-21.rst7 -r prod.-21.rst7 -x prod.-21.nc
pmemd.cuda -O -i heat-18.in -o heat.-18.out -p z.parm7 -c prod.-21.rst7 -r heat.-18.rst7 -x heat.-18.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-18.in -o prod.-18.out -p z.parm7 -c heat.-18.rst7 -r prod.-18.rst7 -x prod.-18.nc
pmemd.cuda -O -i heat-15.in -o heat.-15.out -p z.parm7 -c prod.-18.rst7 -r heat.-15.rst7 -x heat.-15.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-15.in -o prod.-15.out -p z.parm7 -c heat.-15.rst7 -r prod.-15.rst7 -x prod.-15.nc
pmemd.cuda -O -i heat-12.in -o heat.-12.out -p z.parm7 -c prod.-15.rst7 -r heat.-12.rst7 -x heat.-12.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-12.in -o prod.-12.out -p z.parm7 -c heat.-12.rst7 -r prod.-12.rst7 -x prod.-12.nc
pmemd.cuda -O -i heat-9.in -o heat.-9.out -p z.parm7 -c prod.-12.rst7 -r heat.-9.rst7 -x heat.-9.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-9.in -o prod.-9.out -p z.parm7 -c heat.-9.rst7 -r prod.-9.rst7 -x prod.-9.nc
pmemd.cuda -O -i heat-6.in -o heat.-6.out -p z.parm7 -c prod.-9.rst7 -r heat.-6.rst7 -x heat.-6.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-6.in -o prod.-6.out -p z.parm7 -c heat.-6.rst7 -r prod.-6.rst7 -x prod.-6.nc
pmemd.cuda -O -i heat-3.in -o heat.-3.out -p z.parm7 -c prod.-6.rst7 -r heat.-3.rst7 -x heat.-3.nc
pmemd.cuda
-O -i prod-3.in -o prod.-3.out -p z.parm7 -c heat.-3.rst7 -r prod.-3.rst7 -x prod.-3.nc
pmemd.cuda -O -i heat0.in -o heat.0.out -p z.parm7 -c prod.-3.rst7 -r heat.0.rst7 -x heat.0.nc
pmemd.cuda
-O -i prod0.in -o prod.0.out -p z.parm7 -c heat.0.rst7 -r prod.0.rst7 -x prod.0.nc
pmemd.cuda -O -i heat3.in -o heat.3.out -p z.parm7 -c prod.0.rst7 -r heat.3.rst7 -x heat.3.nc
pmemd.cuda
-O -i prod3.in -o prod.3.out -p z.parm7 -c heat.3.rst7 -r prod.3.rst7 -x prod.3.nc
pmemd.cuda -O -i heat6.in -o heat.6.out -p z.parm7 -c prod.3.rst7 -r heat.6.rst7 -x heat.6.nc
pmemd.cuda
-O -i prod6.in -o prod.6.out -p z.parm7 -c heat.6.rst7 -r prod.6.rst7 -x prod.6.nc
pmemd.cuda -O -i heat9.in -o heat.9.out -p z.parm7 -c prod.6.rst7 -r heat.9.rst7 -x heat.9.nc
pmemd.cuda
-O -i prod9.in -o prod.9.out -p z.parm7 -c heat.9.rst7 -r prod.9.rst7 -x prod.9.nc
pmemd.cuda -O -i heat12.in -o heat.12.out -p z.parm7 -c prod.9.rst7 -r heat.12.rst7 -x heat.12.nc
pmemd.cuda
-O -i prod12.in -o prod.12.out -p z.parm7 -c heat.12.rst7 -r prod.12.rst7 -x prod.12.nc
pmemd.cuda -O -i heat15.in -o heat.15.out -p z.parm7 -c prod.12.rst7 -r heat.15.rst7 -x heat.15.nc
pmemd.cuda
-O -i prod15.in -o prod.15.out -p z.parm7 -c heat.15.rst7 -r prod.15.rst7 -x prod.15.nc
pmemd.cuda -O -i heat18.in -o heat.18.out -p z.parm7 -c prod.15.rst7 -r heat.18.rst7 -x heat.18.nc
pmemd.cuda
-O -i prod18.in -o prod.18.out -p z.parm7 -c heat.18.rst7 -r prod.18.rst7 -x prod.18.nc
pmemd.cuda -O -i heat21.in -o heat.21.out -p z.parm7 -c prod.18.rst7 -r heat.21.rst7 -x heat.21.nc
pmemd.cuda
-O -i prod21.in -o prod.21.out -p z.parm7 -c heat.21.rst7 -r prod.21.rst7 -x prod.21.nc
pmemd.cuda -O -i heat24.in -o heat.24.out -p z.parm7 -c prod.21.rst7 -r heat.24.rst7 -x heat.24.nc
pmemd.cuda
-O -i prod24.in -o prod.24.out -p z.parm7 -c heat.24.rst7 -r prod.24.rst7 -x prod.24.nc
pmemd.cuda -O -i heat27.in -o heat.27.out -p z.parm7 -c prod.24.rst7 -r heat.27.rst7 -x heat.27.nc
pmemd.cuda
-O -i prod27.in -o prod.27.out -p z.parm7 -c heat.27.rst7 -r prod.27.rst7 -x prod.27.nc
pmemd.cuda -O -i heat30.in -o heat.30.out -p z.parm7 -c prod.27.rst7 -r heat.30.rst7 -x heat.30.nc
pmemd.cuda
-O -i prod30.in -o prod.30.out -p z.parm7 -c heat.30.rst7 -r prod.30.rst7 -x prod.30.nc
pmemd.cuda -O -i heat33.in -o heat.33.out -p z.parm7 -c prod.30.rst7 -r heat.33.rst7 -x heat.33.nc
pmemd.cuda
-O -i prod33.in -o prod.33.out -p z.parm7 -c heat.33.rst7 -r prod.33.rst7 -x prod.33.nc
pmemd.cuda -O -i heat36.in -o heat.36.out -p z.parm7 -c prod.33.rst7 -r heat.36.rst7 -x heat.36.nc
pmemd.cuda
-O -i prod36.in -o prod.36.out -p z.parm7 -c heat.36.rst7 -r prod.36.rst7 -x prod.36.nc
pmemd.cuda -O -i heat39.in -o heat.39.out -p z.parm7 -c prod.36.rst7 -r heat.39.rst7 -x heat.39.nc
pmemd.cuda
-O -i prod39.in -o prod.39.out -p z.parm7 -c heat.39.rst7 -r prod.39.rst7 -x prod.39.nc
pmemd.cuda -O -i heat42.in -o heat.42.out -p z.parm7 -c prod.39.rst7 -r heat.42.rst7 -x heat.42.nc
pmemd.cuda
-O -i prod42.in -o prod.42.out -p z.parm7 -c heat.42.rst7 -r prod.42.rst7 -x prod.42.nc
pmemd.cuda -O -i heat45.in -o heat.45.out -p z.parm7 -c prod.42.rst7 -r heat.45.rst7 -x heat.45.nc
pmemd.cuda
-O -i prod45.in -o prod.45.out -p z.parm7 -c heat.45.rst7 -r prod.45.rst7 -x prod.45.nc
pmemd.cuda -O -i heat48.in -o heat.48.out -p z.parm7 -c prod.45.rst7 -r heat.48.rst7 -x heat.48.nc
pmemd.cuda
-O -i prod48.in -o prod.48.out -p z.parm7 -c heat.48.rst7 -r prod.48.rst7 -x prod.48.nc
pmemd.cuda -O -i heat51.in -o heat.51.out -p z.parm7 -c prod.48.rst7 -r heat.51.rst7 -x heat.51.nc
pmemd.cuda
-O -i prod51.in -o prod.51.out -p z.parm7 -c heat.51.rst7 -r prod.51.rst7 -x prod.51.nc
pmemd.cuda -O -i heat54.in -o heat.54.out -p z.parm7 -c prod.51.rst7 -r heat.54.rst7 -x heat.54.nc
pmemd.cuda
-O -i prod54.in -o prod.54.out -p z.parm7 -c heat.54.rst7 -r prod.54.rst7 -x prod.54.nc
pmemd.cuda -O -i heat57.in -o heat.57.out -p z.parm7 -c prod.54.rst7 -r heat.57.rst7 -x heat.57.nc
pmemd.cuda
-O -i prod57.in -o prod.57.out -p z.parm7 -c heat.57.rst7 -r prod.57.rst7 -x prod.57.nc
pmemd.cuda -O -i heat60.in -o heat.60.out -p z.parm7 -c prod.57.rst7 -r heat.60.rst7 -x heat.60.nc
pmemd.cuda
-O -i prod60.in -o prod.60.out -p z.parm7 -c heat.60.rst7 -r prod.60.rst7 -x prod.60.nc
pmemd.cuda -O -i heat63.in -o heat.63.out -p z.parm7 -c prod.60.rst7 -r heat.63.rst7 -x heat.63.nc
pmemd.cuda
-O -i prod63.in -o prod.63.out -p z.parm7 -c heat.63.rst7 -r prod.63.rst7 -x prod.63.nc
pmemd.cuda -O -i heat66.in -o heat.66.out -p z.parm7 -c prod.63.rst7 -r heat.66.rst7 -x heat.66.nc
pmemd.cuda
-O -i prod66.in -o prod.66.out -p z.parm7 -c heat.66.rst7 -r prod.66.rst7 -x prod.66.nc
pmemd.cuda -O -i heat69.in -o heat.69.out -p z.parm7 -c prod.66.rst7 -r heat.69.rst7 -x heat.69.nc
pmemd.cuda
-O -i prod69.in -o prod.69.out -p z.parm7 -c heat.69.rst7 -r prod.69.rst7 -x prod.69.nc
pmemd.cuda -O -i heat72.in -o heat.72.out -p z.parm7 -c prod.69.rst7 -r heat.72.rst7 -x heat.72.nc
pmemd.cuda
-O -i prod72.in -o prod.72.out -p z.parm7 -c heat.72.rst7 -r prod.72.rst7 -x prod.72.nc
pmemd.cuda -O -i heat75.in -o heat.75.out -p z.parm7 -c prod.72.rst7 -r heat.75.rst7 -x heat.75.nc
pmemd.cuda
-O -i prod75.in -o prod.75.out -p z.parm7 -c heat.75.rst7 -r prod.75.rst7 -x prod.75.nc
pmemd.cuda -O -i heat78.in -o heat.78.out -p z.parm7 -c prod.75.rst7 -r heat.78.rst7 -x heat.78.nc
pmemd.cuda
-O -i prod78.in -o prod.78.out -p z.parm7 -c heat.78.rst7 -r prod.78.rst7 -x prod.78.nc
pmemd.cuda -O -i heat81.in -o heat.81.out -p z.parm7 -c prod.78.rst7 -r heat.81.rst7 -x heat.81.nc
pmemd.cuda
-O -i prod81.in -o prod.81.out -p z.parm7 -c heat.81.rst7 -r prod.81.rst7 -x prod.81.nc
pmemd.cuda -O -i heat84.in -o heat.84.out -p z.parm7 -c prod.81.rst7 -r heat.84.rst7 -x heat.84.nc
pmemd.cuda
-O -i prod84.in -o prod.84.out -p z.parm7 -c heat.84.rst7 -r prod.84.rst7 -x prod.84.nc
pmemd.cuda -O -i heat87.in -o heat.87.out -p z.parm7 -c prod.84.rst7 -r heat.87.rst7 -x heat.87.nc
pmemd.cuda
-O -i prod87.in -o prod.87.out -p z.parm7 -c heat.87.rst7 -r prod.87.rst7 -x prod.87.nc
pmemd.cuda -O -i heat90.in -o heat.90.out -p z.parm7 -c prod.87.rst7 -r heat.90.rst7 -x heat.90.nc
pmemd.cuda
-O -i prod90.in -o prod.90.out -p z.parm7 -c heat.90.rst7 -r prod.90.rst7 -x prod.90.nc
pmemd.cuda -O -i heat93.in -o heat.93.out -p z.parm7 -c prod.90.rst7 -r heat.93.rst7 -x heat.93.nc
pmemd.cuda
-O -i prod93.in -o prod.93.out -p z.parm7 -c heat.93.rst7 -r prod.93.rst7 -x prod.93.nc
pmemd.cuda -O -i heat96.in -o heat.96.out -p z.parm7 -c prod.93.rst7 -r heat.96.rst7 -x heat.96.nc
pmemd.cuda
-O -i prod96.in -o prod.96.out -p z.parm7 -c heat.96.rst7 -r prod.96.rst7 -x prod.96.nc
pmemd.cuda -O -i heat99.in -o heat.99.out -p z.parm7 -c prod.96.rst7 -r heat.99.rst7 -x heat.99.nc
pmemd.cuda
-O -i prod99.in -o prod.99.out -p z.parm7 -c heat.99.rst7 -r prod.99.rst7 -x prod.99.nc
pmemd.cuda -O -i heat102.in -o heat.102.out -p z.parm7 -c prod.99.rst7 -r heat.102.rst7 -x heat.102.nc
pmemd.cuda
-O -i prod102.in -o prod.102.out -p z.parm7 -c heat.102.rst7 -r prod.102.rst7 -x prod.102.nc
pmemd.cuda -O -i heat105.in -o heat.105.out -p z.parm7 -c prod.102.rst7 -r heat.105.rst7 -x heat.105.nc
pmemd.cuda
-O -i prod105.in -o prod.105.out -p z.parm7 -c heat.105.rst7 -r prod.105.rst7 -x prod.105.nc
pmemd.cuda -O -i heat108.in -o heat.108.out -p z.parm7 -c prod.105.rst7 -r heat.108.rst7 -x heat.108.nc
pmemd.cuda
-O -i prod108.in -o prod.108.out -p z.parm7 -c heat.108.rst7 -r prod.108.rst7 -x prod.108.nc
pmemd.cuda -O -i heat111.in -o heat.111.out -p z.parm7 -c prod.108.rst7 -r heat.111.rst7 -x heat.111.nc
pmemd.cuda
-O -i prod111.in -o prod.111.out -p z.parm7 -c heat.111.rst7 -r prod.111.rst7 -x prod.111.nc
pmemd.cuda -O -i heat114.in -o heat.114.out -p z.parm7 -c prod.111.rst7 -r heat.114.rst7 -x heat.114.nc
pmemd.cuda
-O -i prod114.in -o prod.114.out -p z.parm7 -c heat.114.rst7 -r prod.114.rst7 -x prod.114.nc
pmemd.cuda -O -i heat117.in -o heat.117.out -p z.parm7 -c prod.114.rst7 -r heat.117.rst7 -x heat.117.nc
pmemd.cuda
-O -i prod117.in -o prod.117.out -p z.parm7 -c heat.117.rst7 -r prod.117.rst7 -x prod.117.nc
pmemd.cuda -O -i heat120.in -o heat.120.out -p z.parm7 -c prod.117.rst7 -r heat.120.rst7 -x heat.120.nc
pmemd.cuda
-O -i prod120.in -o prod.120.out -p z.parm7 -c heat.120.rst7 -r prod.120.rst7 -x prod.120.nc
pmemd.cuda -O -i heat123.in -o heat.123.out -p z.parm7 -c prod.120.rst7 -r heat.123.rst7 -x heat.123.nc
pmemd.cuda
-O -i prod123.in -o prod.123.out -p z.parm7 -c heat.123.rst7 -r prod.123.rst7 -x prod.123.nc
pmemd.cuda -O -i heat126.in -o heat.126.out -p z.parm7 -c prod.123.rst7 -r heat.126.rst7 -x heat.126.nc
pmemd.cuda
-O -i prod126.in -o prod.126.out -p z.parm7 -c heat.126.rst7 -r prod.126.rst7 -x prod.126.nc
pmemd.cuda -O -i heat129.in -o heat.129.out -p z.parm7 -c prod.126.rst7 -r heat.129.rst7 -x heat.129.nc
pmemd.cuda
-O -i prod129.in -o prod.129.out -p z.parm7 -c heat.129.rst7 -r prod.129.rst7 -x prod.129.nc
pmemd.cuda -O -i heat132.in -o heat.132.out -p z.parm7 -c prod.129.rst7 -r heat.132.rst7 -x heat.132.nc
pmemd.cuda
-O -i prod132.in -o prod.132.out -p z.parm7 -c heat.132.rst7 -r prod.132.rst7 -x prod.132.nc
pmemd.cuda -O -i heat135.in -o heat.135.out -p z.parm7 -c prod.132.rst7 -r heat.135.rst7 -x heat.135.nc
pmemd.cuda
-O -i prod135.in -o prod.135.out -p z.parm7 -c heat.135.rst7 -r prod.135.rst7 -x prod.135.nc
pmemd.cuda -O -i heat138.in -o heat.138.out -p z.parm7 -c prod.135.rst7 -r heat.138.rst7 -x heat.138.nc
pmemd.cuda
-O -i prod138.in -o prod.138.out -p z.parm7 -c heat.138.rst7 -r prod.138.rst7 -x prod.138.nc
pmemd.cuda -O -i heat141.in -o heat.141.out -p z.parm7 -c prod.138.rst7 -r heat.141.rst7 -x heat.141.nc
pmemd.cuda
-O -i prod141.in -o prod.141.out -p z.parm7 -c heat.141.rst7 -r prod.141.rst7 -x prod.141.nc
pmemd.cuda -O -i heat144.in -o heat.144.out -p z.parm7 -c prod.141.rst7 -r heat.144.rst7 -x heat.144.nc
pmemd.cuda
-O -i prod144.in -o prod.144.out -p z.parm7 -c heat.144.rst7 -r prod.144.rst7 -x prod.144.nc
pmemd.cuda -O -i heat147.in -o heat.147.out -p z.parm7 -c prod.144.rst7 -r heat.147.rst7 -x heat.147.nc
pmemd.cuda
-O -i prod147.in -o prod.147.out -p z.parm7 -c heat.147.rst7 -r prod.147.rst7 -x prod.147.nc
pmemd.cuda -O -i heat150.in -o heat.150.out -p z.parm7 -c prod.147.rst7 -r heat.150.rst7 -x heat.150.nc
pmemd.cuda
-O -i prod150.in -o prod.150.out -p z.parm7 -c heat.150.rst7 -r prod.150.rst7 -x prod.150.nc
pmemd.cuda -O -i heat153.in -o heat.153.out -p z.parm7 -c prod.150.rst7 -r heat.153.rst7 -x heat.153.nc
pmemd.cuda
-O -i prod153.in -o prod.153.out -p z.parm7 -c heat.153.rst7 -r prod.153.rst7 -x prod.153.nc
pmemd.cuda -O -i heat156.in -o heat.156.out -p z.parm7 -c prod.153.rst7 -r heat.156.rst7 -x heat.156.nc
pmemd.cuda
-O -i prod156.in -o prod.156.out -p z.parm7 -c heat.156.rst7 -r prod.156.rst7 -x prod.156.nc
pmemd.cuda -O -i heat159.in -o heat.159.out -p z.parm7 -c prod.156.rst7 -r heat.159.rst7 -x heat.159.nc
pmemd.cuda
-O -i prod159.in -o prod.159.out -p z.parm7 -c heat.159.rst7 -r prod.159.rst7 -x prod.159.nc
pmemd.cuda -O -i heat162.in -o heat.162.out -p z.parm7 -c prod.159.rst7 -r heat.162.rst7 -x heat.162.nc
pmemd.cuda
-O -i prod162.in -o prod.162.out -p z.parm7 -c heat.162.rst7 -r prod.162.rst7 -x prod.162.nc
pmemd.cuda -O -i heat165.in -o heat.165.out -p z.parm7 -c prod.162.rst7 -r heat.165.rst7 -x heat.165.nc
pmemd.cuda
-O -i prod165.in -o prod.165.out -p z.parm7 -c heat.165.rst7 -r prod.165.rst7 -x prod.165.nc
pmemd.cuda -O -i heat168.in -o heat.168.out -p z.parm7 -c prod.165.rst7 -r heat.168.rst7 -x heat.168.nc
pmemd.cuda
-O -i prod168.in -o prod.168.out -p z.parm7 -c heat.168.rst7 -r prod.168.rst7 -x prod.168.nc
pmemd.cuda -O -i heat171.in -o heat.171.out -p z.parm7 -c prod.168.rst7 -r heat.171.rst7 -x heat.171.nc
pmemd.cuda
-O -i prod171.in -o prod.171.out -p z.parm7 -c heat.171.rst7 -r prod.171.rst7 -x prod.171.nc
pmemd.cuda -O -i heat174.in -o heat.174.out -p z.parm7 -c prod.171.rst7 -r heat.174.rst7 -x heat.174.nc
pmemd.cuda
-O -i prod174.in -o prod.174.out -p z.parm7 -c heat.174.rst7 -r prod.174.rst7 -x prod.174.nc
pmemd.cuda -O -i heat177.in -o heat.177.out -p z.parm7 -c prod.174.rst7 -r heat.177.rst7 -x heat.177.nc
pmemd.cuda
-O -i prod177.in -o prod.177.out -p z.parm7 -c heat.177.rst7 -r prod.177.rst7 -x prod.177.nc
pmemd.cuda -O -i heat180.in -o heat.180.out -p z.parm7 -c prod.177.rst7 -r heat.180.rst7 -x heat.180.nc
pmemd.cuda
-O -i prod180.in -o prod.180.out -p z.parm7 -c heat.180.rst7 -r prod.180.rst7 -x prod.180.nc
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
(image/png attachment: pmf.png)
- application/octet-stream attachment: x.rst7
- application/octet-stream attachment: z.parm7
