Hi,
Just now I have moved from amber14 to amber16.
I was using the same script for my MD, but after MD run the trajectory file which I have got seems to be in different format.
Something like this
^.^.^.^F^.^.^.^Eframe^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^Gspatial^.^.^.^.^C^.^.^.^Datom^.^.â.^.^.^.^Lcell_spatial^.^.^.^C^.^.^.^Elabel^.^.^.^.^.^.^E^.^.^.^Lcell_angular^.^.^.^C^.^.^.^L^.^.^.^F^.^.^.^Etitle^.^.^.^.^.^.^B^.^.^.^Ldefault_name^.^.^.^Kapplication^.^.^.^.^B^.^.^.^EAMBER^.^.^.^.^.^.^Gprogram^.^.^.^.^B^.^.^.^Epmemd^.^.^.^.^.^.^NprogramVersion^.^.^.^.^.^B^.^.^.^D16.0^.^.^.^KConventions^.^.^.^.^B^.^.^.^EAMBER^.^.^.^.^.^.^QConventionVersion^.^.^.^.^.^.^B^.^.^.^C1.0^.^.^.^.^K^.^.^.^G^.^.^.^Dtime^.^.^.^A^.^.^.^.^.^.^.^L^.^.^.^A^.^.^.^Eunits^.^.^.^.^.^.^B^.^.^.
picosecond^.^.^.^.^.^E^.^.^.^D^.^.^.^.^.^.^C(^.^.^.^Gspatial^.^.^.^.^A^.^.^.^A^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^B^.^.^.^D^.^.^.^.^.^.^C^P^.^.^.^Kcoordinates^.^.^.^.^C^.^.^.^.^.^.^.^B^.^.^.^A^.^.^.^L^.^.^.^A^.^.^.^Eunits^.^.^.^.^.^.^B^.^.^.^Hangstrom^.^.^.^E^.
<9a>(^.^.^.^.^.^.^C,^.^.^.^Lcell_spatial^.^.^.^A^.^.^.^C^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^B^.^.^.^D^.^.^.^.^.^.^C^T^.^.^.^Lcell_angular^.^.^.^B^.^.^.^E^.^.^.^D^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^B^.^.^.^P^.^.^.^.^.^.^C^X^.^.^.^Lcell_lengths^.^.^.^B^.^.^.^.^.^.^.^C^.^.^.^L^.^.^.^A^.^.^.^Eunits^.^.^.^.^.^.^B^.^.^.^Hangstrom^.^.^.^F^.^.^.^X^.^.^.^.^.
<9d>T^.^.^.^Kcell_angles^.^.^.^.^B^.^.^.^.^.^.^.^E^.^.^.^L^.^.^.^A^.^.^.^Eunits^.^.^.^.^.^.^B^.^.^.^Fdegree^.^.^.^.^.^F^.^.^.^X^.^.^.^.^.
So while doing autoimage I am getting an error
Error: Could not determine trajectory NEW_MD_10ns.crd.gz format.
Is there anything that I can do to convert it back so that I can proceed with my analysis?
Is there also anything that I can add to my script so that it gives me final output after converting it.
Thanking you,
-AT
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Received on Tue Sep 05 2017 - 09:00:04 PDT
