Hi Valentina,
check in the amber parameters database
http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber/
Updated parameters for divalent ions are also present in the
AmberTools14 distribution, accordingly to JCTC 2013, 9, 2733-2748 and
JCTC 2014, 10, 289-297
Hope this help.
Best regards
Alessandro
Il 08/07/2014 12:41, Valentina Romano ha scritto:
> Dear Amber users
>
> I would like to run a MD for a protein kinase in complex with ATP and a Mg2+ ion.
>
> Do you know if parameters for ATP and Mg2+ already exist?
> Or should I use antechamber?
>
> Thank you.
>
> Best,
> valentina
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> Valentina Romano | PhD Student | Biozentrum, University of Basel & SIB Swiss Institute of Bioinformatics
> Klingelbergstrasse 61 | CH-4056 Basel |
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Alessandro Contini, PhD
Dipartimento di Scienze Farmaceutiche
Sezione di Chimica Generale e Organica "A. Marchesini"
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e-mail alessandro.contini.unimi.it
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Received on Tue Jul 08 2014 - 04:00:04 PDT
