im runing MMPBSA protocol like the tutorial i have a problem using
the production run.sh
this is the script:
#!/bin/bash
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -n 64
#BSUB -J amber_prod_in
#BSUB -q High
module load platform_mpi/platform_mpi-8.3.0
module load amber/amber_gcc
MPI_ROOT=/opt/platform_mpi; export MPI_ROOT
PATH=/opt/platform_mpi/bin:$PATH; export PATH
LD_LIBRARY_PATH=/opt/platform_mpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH ; export
LD_LIBRARY_PATH
INPUT_DIR=/home/uanl/javier.rendon/Amber/MMPBSA/COMPLEX1
OUTPUT_DIR=/scratch/javier.rendon/COMPLEX1
$MPI_ROOT/bin/mpirun -np 16 pmemd.MPI -O -i $OUTPUT_DIR/prod.in -o
$OUTPUT_DIR/prod1.out -c $INPUT_DIR/complexwat.prmtop -p
$OUTPUT_DIR/equil.rst -r \
$OUTPUT_DIR/prod1.rst -x $OUTPUT_DIR/prod1.mdcrd
$MPI_ROOT/bin/mpirun -np 16 pmemd.MPI -O -i $OUTPUT_DIR/prod.in -o
$OUTPUT_DIR/prod2.out -c $INPUT_DIR/complexwat.prmtop -p
$OUTPUT_DIR/prod1.rst -r \
$OUTPUT_DIR/prod2.rst -x $OUTPUT_DIR/prod2.mdcrd
$MPI_ROOT/bin/mpirun -np 16 pmemd.MPI -O -i $OUTPUT_DIR/prod.in -o
$OUTPUT_DIR/prod3.out -c $INPUT_DIR/complexwat.prmtop -p
$OUTPUT_DIR/prod2.rst -r \
$OUTPUT_DIR/prod3.rst -x $OUTPUT_DIR/prod3.mdcrd
$MPI_ROOT/bin/mpirun -np 16 pmemd.MPI -O -i $OUTPUT_DIR/prod.in -o
$OUTPUT_DIR/prod4.out -c $INPUT_DIR/complexwat.prmtop -p
$OUTPUT_DIR/prod3.rst -r \
$OUTPUT_DIR/prod4.rst -x $OUTPUT_DIR/prod4.mdcrd
gzip -9 $OUTPUT_DIR/prod*.mdcrd
and the output prod1.out looks like
[-O]verwriting output
File Assignments:
| MDIN: prod.in
| MDOUT: prod1.out
*| INPCRD: complexwat.prmtop *
| PARM: equil.rst
| RESTRT: prod1.rst
| REFC: refc
| MDVEL: mdvel
| MDEN: mden
| MDCRD: prod1.mdcrd
| MDINFO: mdinfo
|LOGFILE: logfile
| ERROR: Could not read second line of
/home/uanl/javier.rendon/Amber/MMPBSA/COMPLEX1/complexwat.prmtop
| Bad inpcrd file!
what´s the problem in the script?
--
LBG Javier Alejandro Rendón Carrillo
Laboratorio de Investigación y Desarrollo
Tel. (044) 81-80-52-05-76
El control del espacio y el estricto manejo
del tiempo son factores determinantes
para aquellas personas que pretendan
alcanzar y sostener un desempeño
eficiente.
CONTROL DEL ESPACIO: Orden en las
cosas, en los archivos y en los registros.
ESTRICTO MANEJO DEL TIEMPO: Ser
puntual y saber fijar prioridades y
cantidades de tiempo
M. Kant
Año-1780
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Wed Feb 26 2014 - 22:30:03 PST
