Hola Patricia,
Lo que Ud. tiene que hacer es leer los manuales de cada uno de esos paquetes de software. Cada paquete tiene su propio sitio en el web. Por ejemplo, en el caso de amber, el sitio es: http://ambermd.org/doc12/ .
En este lugar Ud. encontrara "Amber 12 Reference Manual". Haga un click allí y descargue el manual a su computadora. El manual esta en formato pdf y esta escrito en Ingles. Estudiantes universitarios generalmente pueden leer el ingles, no?
Ahora, para contestar su pregunta, no es necesario leer todo el voluminoso manual. Dirigase a la sección inicial de teoría y lea la porción referente a "Force Fields". En esta sección le colocan la ecuación general que contiene todos los parámetros que cada atomo debe tener para poder hacer una simulación dinámica. Esto incluye parámetros de resorte para los enlaces, para los angulos de enlace, y para los angulos dihedros. Estos son los parámetros de enlace. Adicionalmente se requieren parámetros electrostáticos, usualmente obtenidos por el método RESP, para las interacciones de las cargas entre todos los atomos de una molecula. Se añade a esto, información sobre interacciones de Van der Waals. Estas dos ultimas no son de enlace, pero son importantes. Intermedias entre estas son los enlaces de puentes de hidrogeno.
Para aprender de lo que hacen los demás paquetes, encuentre el manual de cada unos de ellos. La teoría básica es similar entre todos.
Buena suerte!
Sergio Aragon
Professor of Chemistry
SFSU
-----Original Message-----
From: Patricia Castro Gutierrez [mailto:chikitita_ok.hotmail.com]
Sent: Saturday, May 04, 2013 10:32 PM
To: amber.ambermd.org
Subject: [AMBER] FW: Busco informacion sobre AMBER
Hola. Encontré este correo donde se podían mandar las consultas que uno tuviera con respecto a AMBER, yo soy estudiante de la universidad y en un ramo me mandaron una tarea sobre unos software, me pregunto si me podrían ayudar con eso, aquí les dejo la pregunta, espero puedan ayudarme, se los agradecería mucho.
Buscar las fuerzas enlazantes y no enlazantes que aparecen en los softwares de modelacion molecular NAMD, AMBER, Charmm y Gromacs. ¿Que parametros se necesitan conocer de los atomos y las moleculas parapoder utilizarlos?
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AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
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Received on Sat May 04 2013 - 23:30:03 PDT
