Hello Patricia!
This is mainly an English speaking community but I think we can help
with your question.
Molecular Dynamics simulations use empirical data to represent
molecules. All the empirical data forms what is called a Force Field
file which describes the bonded and non-bonded terms of atoms. The
bonded terms are mainly bond, angle and dihedrals terms and the
non-bonded terms are the van der Waals and eletrostatic interactions.
NAMD, AMBER, CHARMM and GROMACS have slight differences and extra
terms but all use the same idea. For amber, you can find the
equations that describe the forces in page 13 of the AMBER manual
available here (
http://ambermd.org/doc12/Amber12.pdf).
Hope that helps!
Rodrigo.
PS. Si necesitas más ayuda, mándame mensaje directo a mi correo.
2013/5/5 Patricia Castro Gutierrez <chikitita_ok.hotmail.com>:
>
>
>
>
>
> Hola. Encontré este correo donde se podían mandar las consultas que uno tuviera con respecto a AMBER, yo soy estudiante de la universidad y en un ramo me mandaron una tarea sobre unos software, me pregunto si me podrían ayudar con eso, aquí les dejo la pregunta, espero puedan ayudarme, se los agradecería mucho.
> Buscar las fuerzas enlazantes y no enlazantes que aparecen en los softwares de modelacion molecular NAMD, AMBER, Charmm y Gromacs. ¿Que parametros se necesitan conocer de los atomos y las moleculas parapoder utilizarlos?
>
>
>
> _______________________________________________
> AMBER mailing list
> AMBER.ambermd.org
> http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Sat May 04 2013 - 23:30:03 PDT
