[AMBER] antechamber am1bcc stops with no error message

From: Danny Xu <quantum_mania.yahoo.com>
Date: Mon, 5 Sep 2011 21:37:38 -0700 (PDT)

Hi, I tried to assign am1bcc charge to the attached mol2 file using antechamber. Sqm calculation finished just fine (sqm.out is also attached). However, antechamber failed to create ANTECHAMBER_AM1BCC_PRE.AC file and no error was printed out. The molecule has 156 atoms, below MAXATOM=256 defined for antechamber. I'd really appreciate if anyone can help pin down the problem. DX mol2 file: ================================================ .<TRIPOS>MOLECULE title: molecule 1 156   155    5 SMALL USER_CHARGES .<TRIPOS>ATOM       1 N1         -2.7615    0.3975   -0.4243 N.3       1 PEG         0.0000       2 C1         -1.5566    1.2038   -0.4225 C.3       1 PEG         0.0000       3 C2         -0.3282    0.3008   -0.2574 C.3       1 PEG         0.0000       4 C3          0.9730    1.1152   -0.1538 C.3       1 PEG         0.0000       5 C4          2.2671    0.2752   -0.1166 C.3       1 PEG         0.0000       6 H1         -3.5762    0.9927   -0.5059 H         1 PEG         0.0000       7 H2         -2.7787   -0.2162   -1.2264 H         1 PEG         0.0000       8 H3         -1.4923    1.7763   -1.3503 H         1 PEG         0.0000       9 H4         -1.6108    1.9161    0.4019 H         1 PEG         0.0000      10 H5         -0.4563   -0.3191    0.6329 H         1 PEG         0.0000      11 H6         -0.2577   -0.3834   -1.1046 H         1 PEG         0.0000      12 H7          1.0209    1.7771   -1.0195 H         1 PEG         0.0000      13 H8          0.9316    1.7685    0.7200 H         1 PEG         0.0000      14 C5          3.4904    1.2150   -0.2117 C.3       1 PEG         0.0000      15 C6          2.3333   -0.6222    1.1435 C.3       1 PEG         0.0000      16 H9          2.2612   -0.3681   -0.9989 H         1 PEG         0.0000      17 O1          4.6386    0.4735   -0.5588 O.3       1 PEG         0.0000      18 H10         3.3440    1.9869   -0.9665 H         1 PEG         0.0000      19 H11         3.6582    1.7245    0.7383 H         1 PEG         0.0000      20 O2          3.4924   -1.4395    1.1290 O.3       1 PEG         0.0000      21 H12         2.3273   -0.0166    2.0514 H         1 PEG         0.0000      22 H13         1.4658   -1.2824    1.1978 H         1 PEG         0.0000      23 C1          3.5181   -2.2404    2.2892 C.3       1 PEG         0.0000      24 C2          4.7683   -3.1219    2.2736 C.3       1 PEG         0.0000      25 O1          4.7811   -3.9174    3.4393 O.3       1 PEG         0.0000      26 H2          2.6289   -2.8704    2.3148 H         1 PEG         0.0000      27 H3          3.5349   -1.6006    3.1715 H         1 PEG         0.0000      28 H4          4.7514   -3.7618    1.3913 H         1 PEG         0.0000      29 H5          5.6574   -2.4919    2.2479 H         1 PEG         0.0000      30 C1          5.9292   -4.7358    3.4381 C.3       1 PEG         0.0000      31 C2          5.9431   -5.5982    4.7017 C.3       1 PEG         0.0000      32 O1          7.0964   -6.4114    4.6874 O.3       1 PEG         0.0000      33 H2          6.8211   -4.1096    3.4152 H         1 PEG         0.0000      34 H3          5.9151   -5.3795    2.5585 H         1 PEG         0.0000      35 H4          5.9572   -4.9545    5.5813 H         1 PEG         0.0000      36 H5          5.0512   -6.2244    4.7247 H         1 PEG         0.0000      37 C1          7.1221   -7.2123    5.8475 C.3       1 PEG         0.0000      38 C2          8.3724   -8.0939    5.8319 C.3       1 PEG         0.0000      39 O1          8.3851   -8.8894    6.9976 O.3       1 PEG         0.0000      40 H2          6.2330   -7.8423    5.8732 H         1 PEG         0.0000      41 H3          7.1390   -6.5725    6.7298 H         1 PEG         0.0000      42 H4          8.3555   -8.7337    4.9496 H         1 PEG         0.0000      43 H5          9.2615   -7.4639    5.8062 H         1 PEG         0.0000      44 C1          9.5333   -9.7078    6.9964 C.3       1 PEG         0.0000      45 C2          9.5471  -10.5701    8.2601 C.3       1 PEG         0.0000      46 O1         10.7005  -11.3833    8.2457 O.3       1 PEG         0.0000      47 H2         10.4252   -9.0816    6.9735 H         1 PEG         0.0000      48 H3          9.5192  -10.3514    6.1168 H         1 PEG         0.0000      49 H4          9.5612   -9.9265    9.1396 H         1 PEG         0.0000      50 H5          8.6552  -11.1963    8.2830 H         1 PEG         0.0000      51 C1         10.7261  -12.1843    9.4058 C.3       1 PEG         0.0000      52 C2         11.9764  -13.0658    9.3902 C.3       1 PEG         0.0000      53 O1         11.9892  -13.8613   10.5559 O.3       1 PEG         0.0000      54 H2          9.8370  -12.8143    9.4315 H         1 PEG         0.0000      55 H3         10.7430  -11.5444   10.2881 H         1 PEG         0.0000      56 H4         11.9595  -13.7056    8.5079 H         1 PEG         0.0000      57 H5         12.8655  -12.4358    9.3646 H         1 PEG         0.0000      58 C1         13.1373  -14.6797   10.5547 C.3       1 PEG         0.0000      59 C2         13.1511  -15.5420   11.8184 C.3       1 PEG         0.0000      60 O1         14.3045  -16.3552   11.8040 O.3       1 PEG         0.0000      61 H2         14.0292  -14.0535   10.5318 H         1 PEG         0.0000      62 H3         13.1232  -15.3233    9.6752 H         1 PEG         0.0000      63 H4         13.1653  -14.8984   12.6979 H         1 PEG         0.0000      64 H5         12.2593  -16.1682   11.8413 H         1 PEG         0.0000      65 C1         14.3302  -17.1562   12.9641 C.3       1 PEG         0.0000      66 C2         15.5805  -18.0377   12.9485 C.3       1 PEG         0.0000      67 O1         15.5932  -18.8332   14.1142 O.3       1 PEG         0.0000      68 H2         13.4411  -17.7862   12.9898 H         1 PEG         0.0000      69 H3         14.3471  -16.5164   13.8464 H         1 PEG         0.0000      70 H4         15.5636  -18.6775   12.0662 H         1 PEG         0.0000      71 H5         16.4696  -17.4077   12.9229 H         1 PEG         0.0000      72 C1         16.7414  -19.6516   14.1130 C.3       1 PEG         0.0000      73 C2         16.7552  -20.5139   15.3767 C.3       1 PEG         0.0000      74 O1         17.9086  -21.3272   15.3623 O.3       1 PEG         0.0000      75 H2         17.6333  -19.0254   14.0901 H         1 PEG         0.0000      76 H3         16.7272  -20.2952   13.2335 H         1 PEG         0.0000      77 H4         16.7693  -19.8703   16.2563 H         1 PEG         0.0000      78 H5         15.8633  -21.1401   15.3996 H         1 PEG         0.0000      79 C1         17.9342  -22.1281   16.5224 C.3       1 PEG         0.0000      80 C2         19.1845  -23.0097   16.5069 C.3       1 PEG         0.0000      81 O1         19.1972  -23.8051   17.6726 O.3       1 PEG         0.0000      82 H2         17.0451  -22.7581   16.5481 H         1 PEG         0.0000      83 H3         17.9511  -21.4883   17.4047 H         1 PEG         0.0000      84 H4         19.1676  -23.6495   15.6245 H         1 PEG         0.0000      85 H5         20.0736  -22.3796   16.4812 H         1 PEG         0.0000      86 C86        20.3454  -24.6235   17.6714 C.3       1 PEG         0.0000      87 H87        20.3550  -25.2540   18.5957 H         1 PEG         0.0000      88 H88        20.3311  -25.2849   16.7690 H         1 PEG         0.0000      89 H89        21.2613  -23.9812   17.6485 H         1 PEG         0.0000      90 C1          5.7493    1.3380   -0.6433 C.3       1 PEG         0.0000      91 C2          6.9950    0.5337   -1.0200 C.3       1 PEG         0.0000      92 O1          8.0979    1.4106   -1.1009 O.3       1 PEG         0.0000      93 H2          5.9065    1.8221    0.3205 H         1 PEG         0.0000      94 H3          5.5620    2.0961   -1.4038 H         1 PEG         0.0000      95 H4          7.1823   -0.2244   -0.2595 H         1 PEG         0.0000      96 H5          6.8379    0.0496   -1.9838 H         1 PEG         0.0000      97 C1          9.2541    0.6819   -1.4477 C.3       1 PEG         0.0000      98 C2         10.4497    1.6325   -1.5354 C.3       1 PEG         0.0000      99 O1         11.5988    0.8905   -1.8829 O.3       1 PEG         0.0000     100 H2          9.1023    0.1981   -2.4126 H         1 PEG         0.0000     101 H3          9.4468   -0.0759   -0.6882 H         1 PEG         0.0000     102 H4         10.2570    2.3902   -2.2949 H         1 PEG         0.0000     103 H5         10.6015    2.1162   -0.5706 H         1 PEG         0.0000     104 C1         12.7095    1.7549   -1.9674 C.3       1 PEG         0.0000     105 C2         13.9552    0.9506   -2.3440 C.3       1 PEG         0.0000     106 O1         15.0581    1.8275   -2.4250 O.3       1 PEG         0.0000     107 H2         12.8666    2.2390   -1.0035 H         1 PEG         0.0000     108 H3         12.5222    2.5130   -2.7279 H         1 PEG         0.0000     109 H4         14.1425    0.1925   -1.5835 H         1 PEG         0.0000     110 H5         13.7981    0.4665   -3.3079 H         1 PEG         0.0000     111 C1         16.2143    1.0988   -2.7717 C.3       1 PEG         0.0000     112 C2         17.4098    2.0494   -2.8595 C.3       1 PEG         0.0000     113 O1         18.5590    1.3074   -3.2069 O.3       1 PEG         0.0000     114 H2         16.0625    0.6150   -3.7366 H         1 PEG         0.0000     115 H3         16.4069    0.3410   -2.0122 H         1 PEG         0.0000     116 H4         17.2172    2.8071   -3.6190 H         1 PEG         0.0000     117 H5         17.5616    2.5331   -1.8946 H         1 PEG         0.0000     118 C1         19.6697    2.1719   -3.2914 C.3       1 PEG         0.0000     119 C2         20.9154    1.3675   -3.6681 C.3       1 PEG         0.0000     120 O1         22.0182    2.2444   -3.7490 O.3       1 PEG         0.0000     121 H2         19.8268    2.6560   -2.3276 H         1 PEG         0.0000     122 H3         19.4824    2.9299   -4.0519 H         1 PEG         0.0000     123 H4         21.1027    0.6094   -2.9076 H         1 PEG         0.0000     124 H5         20.7582    0.8834   -4.6319 H         1 PEG         0.0000     125 C1         23.1745    1.5157   -4.0958 C.3       1 PEG         0.0000     126 C2         24.3700    2.4663   -4.1835 C.3       1 PEG         0.0000     127 O1         25.5191    1.7243   -4.5310 O.3       1 PEG         0.0000     128 H2         23.0227    1.0319   -5.0607 H         1 PEG         0.0000     129 H3         23.3671    0.7580   -3.3363 H         1 PEG         0.0000     130 H4         24.1773    3.2240   -4.9430 H         1 PEG         0.0000     131 H5         24.5218    2.9501   -3.2186 H         1 PEG         0.0000     132 C1         26.6298    2.5888   -4.6155 C.3       1 PEG         0.0000     133 C2         27.8755    1.7844   -4.9921 C.3       1 PEG         0.0000     134 O1         28.9784    2.6613   -5.0731 O.3       1 PEG         0.0000     135 H2         26.7870    3.0729   -3.6516 H         1 PEG         0.0000     136 H3         26.4425    3.3468   -5.3760 H         1 PEG         0.0000     137 H4         28.0628    1.0264   -4.2316 H         1 PEG         0.0000     138 H5         27.7184    1.3003   -5.9560 H         1 PEG         0.0000     139 C1         30.1346    1.9326   -5.4198 C.3       1 PEG         0.0000     140 C2         31.3301    2.8832   -5.5076 C.3       1 PEG         0.0000     141 O1         32.4793    2.1412   -5.8550 O.3       1 PEG         0.0000     142 H2         29.9828    1.4489   -6.3847 H         1 PEG         0.0000     143 H3         30.3273    1.1749   -4.6603 H         1 PEG         0.0000     144 H4         31.1375    3.6410   -6.2670 H         1 PEG         0.0000     145 H5         31.4819    3.3670   -4.5427 H         1 PEG         0.0000     146 C1         33.5900    3.0057   -5.9395 C.3       1 PEG         0.0000     147 C2         34.8357    2.2014   -6.3161 C.3       1 PEG         0.0000     148 O1         35.9385    3.0783   -6.3971 O.3       1 PEG         0.0000     149 H2         33.7471    3.4898   -4.9756 H         1 PEG         0.0000     150 H3         33.4027    3.7638   -6.7000 H         1 PEG         0.0000     151 H4         35.0230    1.4433   -5.5557 H         1 PEG         0.0000     152 H5         34.6785    1.7173   -7.2800 H         1 PEG         0.0000     153 C153       37.0948    2.3496   -6.7438 C.3       1 PEG         0.0000     154 H154       37.9688    3.0452   -6.8079 H         1 PEG         0.0000     155 H155       37.2933    1.5720   -5.9642 H         1 PEG         0.0000     156 H156       36.9397    1.8533   -7.7346 H         1 PEG         0.0000 .<TRIPOS>BOND      1    1    2 1         2    1    6 1         3    1    7 1         4    2    3 1         5    2    8 1         6    2    9 1         7    3    4 1         8    3   10 1         9    3   11 1        10    4    5 1        11    4   12 1        12    4   13 1        13    5   14 1        14    5   15 1        15    5   16 1        16   14   17 1        17   14   18 1        18   14   19 1        19   15   20 1        20   15   21 1        21   15   22 1        22   17   90 1        23   20   23 1        24   23   24 1        25   23   26 1        26   23   27 1        27   24   25 1        28   24   28 1        29   24   29 1        30   25   30 1        31   30   31 1        32   30   33 1        33   30   34 1        34   31   32 1        35   31   35 1        36   31   36 1        37   32   37 1        38   37   38 1        39   37   40 1        40   37   41 1        41   38   39 1        42   38   42 1        43   38   43 1        44   39   44 1        45   44   45 1        46   44   47 1        47   44   48 1        48   45   46 1        49   45   49 1        50   45   50 1        51   46   51 1        52   51   52 1        53   51   54 1        54   51   55 1        55   52   53 1        56   52   56 1        57   52   57 1        58   53   58 1        59   58   59 1        60   58   61 1        61   58   62 1        62   59   60 1        63   59   63 1        64   59   64 1        65   60   65 1        66   65   66 1        67   65   68 1        68   65   69 1        69   66   67 1        70   66   70 1        71   66   71 1        72   67   72 1        73   72   73 1        74   72   75 1        75   72   76 1        76   73   74 1        77   73   77 1        78   73   78 1        79   74   79 1        80   79   80 1        81   79   82 1        82   79   83 1        83   80   81 1        84   80   84 1        85   80   85 1        86   81   86 1        87   86   87 1        88   86   88 1        89   86   89 1        90   90   91 1        91   90   93 1        92   90   94 1        93   91   92 1        94   91   95 1        95   91   96 1        96   92   97 1        97   97   98 1        98   97  100 1        99   97  101 1       100   98   99 1       101   98  102 1       102   98  103 1       103   99  104 1       104  104  105 1       105  104  107 1       106  104  108 1       107  105  106 1       108  105  109 1       109  105  110 1       110  106  111 1       111  111  112 1       112  111  114 1       113  111  115 1       114  112  113 1       115  112  116 1       116  112  117 1       117  113  118 1       118  118  119 1       119  118  121 1       120  118  122 1       121  119  120 1       122  119  123 1       123  119  124 1       124  120  125 1       125  125  126 1       126  125  128 1       127  125  129 1       128  126  127 1       129  126  130 1       130  126  131 1       131  127  132 1       132  132  133 1       133  132  135 1       134  132  136 1       135  133  134 1       136  133  137 1       137  133  138 1       138  134  139 1       139  139  140 1       140  139  142 1       141  139  143 1       142  140  141 1       143  140  144 1       144  140  145 1       145  141  146 1       146  146  147 1       147  146  149 1       148  146  150 1       149  147  148 1       150  147  151 1       151  147  152 1       152  148  153 1       153  153  154 1       154  153  155 1       155  153  156 1    .<TRIPOS>SUBSTRUCTURE      1 PEG         1 GROUP             0       ****    0 ROOT    ========================================================================

_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber

Received on Mon Sep 05 2011 - 22:00:03 PDT
Custom Search