[AMBER] Heme .lib file for heme - problem

From: Indrek Morell <indrekm80.hot.ee>
Date: Fri, 08 Apr 2011 19:48:55 +0300

Hi,

I'm trying to create lib for custom molecule - heme, which has to propionate groups
unprotonated (-2 charge) and iron atom at the centre. There should probably be +1 charge on Fe
atom (four coordinative bonds)

Input line:

./antechamber -i
$AmberRun/NewMol/HEM.pdb -fi pdb -o $AmberRun/NewMol/HEM.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2 -nc
-1


But alas, something is not right and i get an error message with
antechamber:

Total number of electrons: 308; net charge: -1

Running:
/home/indrek/amber11/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out
Error: cannot run
"/home/indrek/amber11/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out" of bcc() in charge.c properly,
exit

Maybe it has something to do with spin multiplicity but i' m not sure...

Any
ideas? PDB file at the end of message

Thanks in
advance,

Indrek

HETATM    1  CAA HEM B
601      70.270  38.347 172.380  1.00
33.17           C 

HETATM    2  CAA HEM B 601      70.771 
35.803 173.047  1.00 28.68          

HETATM    3  CAB HEM B 601     
74.779  29.897 169.662  1.00
25.49           C 

HETATM    4  CAB HEM B 601      73.135 
33.097 170.710  1.00 24.64          

HETATM    5  CAC HEM B 601     
71.299  28.418 176.829  1.00
26.50           C 

HETATM    6  CAC HEM B 601      72.499 
30.022 173.657  1.00 25.41          

HETATM    7  CAD HEM B 601     
68.244  35.884 176.734  1.00
23.47           C 

HETATM    8  CAD HEM B 601      70.097 
32.719 175.963  1.00 25.57          

HETATM    9  CAE HEM B 601     
70.891  36.960 172.166  1.00
30.36           C 
HETATM  
10  CAF HEM B 601      73.919  32.350 169.750  1.00
24.50           C 
HETATM  
11  CAG HEM B 601      72.385  28.860 174.538  1.00
25.89           C 
HETATM  
12  CAH HEM B 601      69.207  33.459 176.846  1.00
25.02           C 
HETATM  
13  CAI HEM B 601      71.660  36.557 171.122  1.00
29.10           C 
HETATM  
14  CAJ HEM B 601      74.040  31.084 170.302  1.00
24.16           C 
HETATM  
15  CAK HEM B 601      71.624  29.257 175.582  1.00
25.74           C 
HETATM  
16  CAL HEM B 601      69.088  34.693 176.266  1.00
25.63           C 
HETATM  
17  CAM HEM B 601      72.015  35.174 171.373  1.00
27.55           C 
HETATM  
18  CAN HEM B 601      73.323  31.104 171.586  1.00
24.46           C 
HETATM  
19  CAO HEM B 601      71.267  30.653 175.340  1.00
25.08           C 
HETATM  
20  CAP HEM B 601      69.903  34.683 175.075  1.00
26.32           C 
HETATM  
21  NA  HEM B 601      71.479  34.721 172.563  1.00
28.01           N 
HETATM  
22  CBA HEM B 601      71.466  39.260 172.719  1.00
38.39           C 
HETATM  
23  CBB HEM B 601      76.241  30.156 169.302  1.00
26.79           C 
HETATM  
24  CBC HEM B 601      69.849  28.086 177.128  1.00
26.49           C 
HETATM  
25  CBD HEM B 601      66.803  35.755 176.219  1.00
22.99           C 
HETATM  
26  NB  HEM B 601      72.760  32.353 171.831  1.00
24.45           N 
HETATM  
27  ND  HEM B 601      70.508  33.467 174.878  1.00
25.82           N 
HETATM  
28  CHA HEM B 601      70.041  35.775 174.215  1.00
27.71           C 
HETATM  
29  CHB HEM B 601      72.777  34.416 170.528  1.00
26.03           C 
HETATM  
30  CHC HEM B 601      73.199  30.024 172.454  1.00
25.11           C 
HETATM  
31  CHD HEM B 601      70.467  31.412 176.175  1.00
25.28           C 
HETATM  
32  CMA HEM B 601      72.072  37.406 169.906  1.00
27.30           C 
HETATM  
33  CMB HEM B 601      74.472  32.889 168.401  1.00
21.72           C 
HETATM  
34  CMC HEM B 601      73.019  27.476 174.289  1.00
26.10           C 
HETATM  
35  CMD HEM B 601      68.543  32.938 178.133  1.00
25.18           C 
HETATM  
36  O01 HEM B 601      66.631  38.022 177.005  1.00
24.20           O 
HETATM  
37  O02 HEM B 601      64.709  36.698 176.930  1.00
24.20           O 
HETATM  
38  O03 HEM B 601      69.931  40.874 173.624  1.00
41.74           O 
HETATM  
39  O04 HEM B 601      72.225  41.260 173.819  1.00
41.74           O 
HETATM  
40  C11 HEM B 601      71.198  40.728 172.978  1.00
41.74           C 
HETATM  
41  C12 HEM B 601      65.944  37.001 176.276  1.00
24.20           C 
HETATM  
42  NC  HEM B 601      71.820  31.119 174.162  1.00
25.45           N 
HETATM  
43 FE   HEM B 601      71.677  32.942 173.362  1.00
24.09          FE 
HETATM  
44  H01 HEM B 601      68.493  33.742 178.868  1.00
25.18           H 
HETATM  
45  H02 HEM B 601      69.555  38.327 173.202  1.00
33.17           H 
HETATM  
46  H03 HEM B 601      74.250  29.623 168.749  1.00
25.49           H 
HETATM  
47  H04 HEM B 601      71.689  28.959 177.691  1.00
26.50           H 
HETATM  
48  H05 HEM B 601      68.681  36.807 176.352  1.00
23.47           H 
HETATM  
49  H06 HEM B 601      72.164  39.201 171.884  1.00
38.39           H 
HETATM  
50  H07 HEM B 601      76.541  31.133 169.681  1.00
26.79           H 
HETATM  
51  H08 HEM B 601      69.533  28.614 178.028  1.00
26.49           H 
HETATM  
52  H09 HEM B 601      66.308  34.985 176.811  1.00
22.99           H 
HETATM  
53  H10 HEM B 601      69.522  36.692 174.495  1.00
27.71           H 
HETATM  
54  H11 HEM B 601      73.137  34.902 169.621  1.00
26.03           H 
HETATM  
55  H12 HEM B 601      73.694  29.097 172.166  1.00
25.11           H 
HETATM  
56  H13 HEM B 601      70.097  30.932 177.081  1.00
25.28           H 
HETATM  
57  H14 HEM B 601      72.009  38.464 170.163  1.00
27.30           H 
HETATM  
58  H15 HEM B 601      74.466  33.979 168.415  1.00
21.72           H 
HETATM  
59  H16 HEM B 601      73.148  27.322 173.218  1.00
26.10           H 
HETATM  
60  H17 HEM B 601      69.129  32.112 178.536  1.00
25.18           H 
HETATM  
61  H18 HEM B 601      69.721  38.693 171.505  1.00
33.17           H 
HETATM  
62  H19 HEM B 601      74.789  29.108 170.414  1.00
25.49           H 
HETATM  
63  H20 HEM B 601      71.754  27.449 176.621  1.00
26.50           H 
HETATM  
64  H21 HEM B 601      68.229  35.900 177.824  1.00
23.47           H 
HETATM  
65  H22 HEM B 601      71.831  38.881 173.674  1.00
38.39           H 
HETATM  
66  H23 HEM B 601      76.358  30.134 168.219  1.00
26.79           H 
HETATM  
67  H24 HEM B 601      69.746  27.012 177.281  1.00
26.49           H 
HETATM  
68  H25 HEM B 601      66.899  35.523 175.158  1.00
22.99           H 
HETATM  
69  H26 HEM B 601      71.404  37.194 169.071  1.00
27.30           H 
HETATM  
70  H27 HEM B 601      73.847  32.532 167.583  1.00
21.72           H 
HETATM  
71  H28 HEM B 601      72.369  26.700 174.693  1.00
26.10           H 
HETATM  
72  H29 HEM B 601      67.535  32.591 177.906  1.00
25.18           H 
HETATM  
73  H30 HEM B 601      76.867  29.385 169.751  1.00
26.79           H 
HETATM  
74  H31 HEM B 601      69.226  28.395 176.289  1.00
26.49           H 
HETATM  
75  H32 HEM B 601      73.096  37.161 169.623  1.00
27.30           H 
HETATM  
76  H33 HEM B 601      75.493  32.534 168.259  1.00
21.72           H 
HETATM  
77  H34 HEM B 601      73.990  27.428 174.782  1.00
26.10           H 
END
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Fri Apr 08 2011 - 10:00:04 PDT
Custom Search