So, it seems that it was partly my fault: when the trajectory output format
is chosen (which is the default), only the box dimensions are dumped, not the
angles. With
trajout output.crd restart
I do indeed get the box angles together with the size. However, I also get
lots of velocities == 0 as well.
However, as I want to use this crd file to start a simulation, I only need X
and the box info...might be an option for an upcoming release...
All the best,
Th.
Mit freundlichen Grüßen / Kind regards,
Dr. Thomas Fox
Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG
Lead Identification and Optimization Sup
Tel.: +49 (7351) 54-7585
Fax: +49 (7351) 83-7585
mailto:thomas.fox.boehringer-ingelheim.com
Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG, Sitz: Ingelheim am Rhein;
Registergericht Mainz: HR A 22206; Komplementär Boehringer Ingelheim
Deutschland GmbH; Geschäftsführung: Dr. Engelbert Günster (Vorsitzender),
Ralf Gorniak, Mark Hagmann, Michael Klein, Dr. Martin Wanning; Vorsitzender
des Aufsichtsrates: Prof. Dr. Dr. Andreas Barner; Sitz: Ingelheim am Rhein;
Registergericht Mainz: HR B 23260
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und geben den Inhalt der E-Mail nicht weiter. Jegliche unbefugte Bearbeitung,
Nutzung, Vervielfältigung oder Verbreitung ist verboten. / This e-mail is
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-----Ursprüngliche Nachricht-----
Von: thomas.fox.boehringer-ingelheim.com
[mailto:thomas.fox.boehringer-ingelheim.com]
Gesendet: Donnerstag, 24. März 2011 18:11
An: amber.ambermd.org
Betreff: [AMBER] ptraj: box information for truncated octahedron
Hi,
I have a system with a truncated octahedron as my solvent box. Accordingly,
the last line of my restart file reads something like
27.141 27.141, 27.141 109.471... 109.471... 109.471
Now I noticed that when I use ptraj (Ambertools 1.4), the information that it
is a octahedral box seems to get lost when I use the commands
trajin input.crd
trajout output.crd restart
Then my last line in the generated restart file only has the x, y, z
dimensions of the box, but not the angles.
1) is this a problem? I would guess yes, as - if I understood the
documentation correctly - the box dimensions are taken exclusively from the
restart file.
2) I guess I could use the box command in ptraj to fix this - but I'd
rather have the box information (size *plus* shape) carried over to the
output file automatically. Is there an easy way to do this?
Thanks,
Th.
Mit freundlichen Grüßen / Kind regards,
Dr. Thomas Fox
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AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
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Received on Thu Mar 24 2011 - 11:30:04 PDT
