Hello,
I extracted peptide only mdcrd from the explicit water simulation with
the peptide only prmtop file.
And I tried to calculate EPTOT for the peptide with the following input.
=================================
extract energy
&cntrl
imin = 5,
maxcyc = 1,
ntpr=1, ntwx=1,
ntb=0, cut=999
/
=================================
Error occurs after few steps of calculations like:
---------------------------------------------
NSTEP ENERGY RMS GMAX NAME NUMBER
1 1.3554E+02 1.8784E+01 8.2938E+01 CG 85
BOND = 130.6848 ANGLE = 379.7738 DIHED = 352.5286
VDWAALS = -124.5685 EEL = -2520.8371 HBOND = 0.0000
1-4 VDW = 132.3825 1-4 EEL = 1785.5740 RESTRAINT = 0.0000
minimization completed, ENE= 0.13553800E+03 RMS= 0.187837E+02
minimizing coord set # 2
Frac coord min, max: 0.168166141059582 1.09509660191633
The system has extended beyond
the extent of the virtual box.
Restarting sander will recalculate
a new virtual box with 30 Angstroms
extra on each side, if there is a
restart file for this configuration.
SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f)
Atom out of bounds. If a restart has been written,
restarting should resolve the error
--------------------------------------------------------
I checked mdcrd file and found too large number of coordinates with
less precision.
---------------------------------------
1.000 2.000 0.000 3.000 9.000 3.000 4.000 8.000
9.000 1.000
1.000 8.000 3.000 5.000 3.000 9.000 5.000 1.000
0.000 4.000
5.000 3.000 2.000 9.000 3.000 1.000 3.000 5.000
2.000 7.000
6.000 6.000 6.000 2.000 8.000 2.000 8.000 0.000
7.000 3.000
0.000 3.000 8.000 8.000 2.000 7.000 4.000 5.000
6.000 2.000
0.000 0.000 2.000 4.000 2.000 6.000 5.000 0.000
3.000 4.000
9.000 3.000 6.000 4.000 1.000 4.000 5.000 0.000
1.000 6.000
2.000 7.000 8.000 5.000 4.000 3.000 6.000 1.000
1.000 9.000
6.000 3.000 9.000 6.000 1.000 5.000 1.000 8.000
0.000 8.000
7.000 8.000 3.000 5.000 7.000 8.000 6.000 7.000
8.000 7.000
7.000 1.000 4.000 7.000 9.000 1.000 0.000 8.000
9.000 0.000
7.000 4.000 3.000 2.000 4.000 2.000 8.000 1.000
7.000 9.000
5.000 8.000 0.000 0.000 6.000 9.000 1.000 9.000
1.000 9.000
7.000 4.000 8.000 2.000 1.000 1.000 2.000 4.000
4.000 0.000
0.000 6.000 6.000 8.000 6.000 6.000 9.000 4.000
1.000 3.000
8.000 8.000 0.000 6.000 5.000 1.000 1.000 0.000
8.000 9.000
1.000 2.000 8.000 7.000 7.000 7.000 1.000 5.000
0.000 8.000
5.000 2.000 3.000 7.000 0.000 3.000 2.000 7.000
3.000 9.000
7.000 8.000 9.000 0.000 5.000 1.000 7.000 2.000
9.000 1.000
9.000 7.000 0.000 2.000 1.000 2.000 1.000 9.000
41.088 9.420 62.665 41.721 9.148 61.455 41.567 10.044
35.604 26.216
21.505 34.680 26.278 21.261 35.621 26.433 22.437 14.278
11.771 31.180
13.541 12.366 31.319 14.961 12.321 30.796 16.130 29.593
25.338 15.722
30.307 25.829 15.438 29.277 24.757 16.856 41.297 2.102
17.512 40.872
2.655 16.070 41.333 2.647 36.490 3.145 5.092 36.652
4.079 5.219
37.363 2.759 5.015 7.146 2.097 0.247 7.539 1.234
0.117 7.889
2.701 0.249 48.336 17.814 3.189 48.102 16.902 3.019
49.070 17.762
3.801 35.401 29.453 25.979 34.841 30.226 25.920 36.101
29.615 25.346
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I'm using AMBER 11 GPU with the recent bugfix 12.
If you have any idea, please let me know.
Thank you.
Bongkeun Kim
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AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Wed Dec 01 2010 - 12:00:03 PST
