*Hello,
I am having a problem with the output files from sander. I first minimized
the system, heated it up to about 300 K, and then ran the following script:*
#!/bin/sh
#$ -S /bin/bash
#$ -cwd
#$ -j y
#$ -M
#$ -m beas
#$ -N Production
#$ -e sge.err
#$ -o sqe.out
# This script is for parallel AMBER9 production runs on
Tribe.cse.ucdavis.edu
protein=CPEBQ1
out=$protein.out
# Load the required modules
module load compilers/pathscale-3.2 \
blas/acml-4.1.0-pathscale \
mpi/openmpi-1.2.6-pathscale-3.2 \
md/amber-9-pathscale
# Run Sander: sander [-O] -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd
# -r restrt [-ref refc] [-x mdcrd] [-v mdvel] [-e mden] [-inf mdinfo]
mpirun -v sander.MPI -O \
-i Isobaric10ns.in \
-o $out/Isobaric10ns.out \
-p $protein.prmtop \
-c $out/Isochoric4.rst \
-r $out/Isobaric10ns.rst \
-x $out/Isobaric10ns.mdcrd < /dev/null
gzip -q $out/Isobaric10ns.mdcrd
*The output file looks normal up to a certain point where it shows only .
signs. It then continues normally:
*
NSTEP = 920000 TIME(PS) = 1860.000 TEMP(K) = 298.98 PRESS =
-272.1
Etot = -24453.6029 EKtot = 5817.8174 EPtot =
-30271.4203
BOND = 163.5141 ANGLE = 460.5464 DIHED =
633.5620
1-4 NB = 195.7649 1-4 EEL = 2237.3829 VDWAALS =
3569.4836
EELEC = -37531.6742 EHBOND = 0.0000 RESTRAINT =
0.0000
EKCMT = 2583.3338 VIRIAL = 3144.1892 VOLUME =
95475.0654
Density =
1.0209
Ewald error estimate: 0.1817E-03
------------------------------------------------------------------------------
NSTEP = 930000 TIME(PS) = 1880.000 TEMP(K) = 295.67 PRESS =
220.1
Etot = -24357.4522 EKtot = 5753.3771 EPtot =
-30110.8293
BOND = 192.6911 ANGLE = 471.5489 DIHED =
656.3738
1-4 NB = 197.3887 1-4 EEL = 2214.4488 VDWAALS =
3567.3524
EELEC = -37410.6330 EHBOND = 0.0000 RESTRAINT =
0.0000
EKCMT =
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NSTEP = 1110000 TIME(PS) = 2240.000 TEMP(K) = 295.79 PRESS =
116.3
Etot = -24441.2541 EKtot = 5755.6413 EPtot =
-30196.8954
BOND = 197.1752 ANGLE = 469.5430 DIHED =
642.9165
1-4 NB = 191.8450 1-4 EEL = 2216.4663 VDWAALS =
3651.9171
EELEC = -37566.7585 EHBOND = 0.0000 RESTRAINT =
0.0000
EKCMT = 2570.3827 VIRIAL = 2330.7991 VOLUME =
95388.6909
Density =
1.0219
Ewald error estimate: 0.2058E-03
------------------------------------------------------------------------------
*Do you have any idea what is going on here? Thanks!
Alison Saunders*
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Tue Jul 28 2009 - 10:11:02 PDT
