Hello everyone,
We're trying to install Amber 10 and AmberTools in an SGI Altix450 machine.
In a SUSE Enterprise Server 10.
Everything was OK before the "make serial" command so we've just done:
AMBERHOME=/opt/amber10
export AMBERHOME
cd $AMBERHOME/src
./configure_at -mpi -altix icc
make -f Makefile_at
cd /opt/amber10/test/
make -f Makefile_at
cd $AMBERHOME
patch -p0 -N -r patch-rejects < bugfix.all
cd $AMBERHOME/src
./configure_amber ifort
make serial
And now a lot of time before comes an error telling that everything is not
referenced
.
.
.
.
.
_ncsu-pmd-hooks.f:(.text+0xb12): referencia a `mpi_bcast_' sin definir
ncsu-pmd-hooks.o: En la función `ncsu_pmd_hooks_mp_on_exchange_':
_ncsu-pmd-hooks.f:(.text+0x1662): referencia a `mpi_sendrecv_' sin definir
_ncsu-pmd-hooks.f:(.text+0x1792): referencia a `mpi_sendrecv_' sin definir
_ncsu-pmd-hooks.f:(.text+0x23b2): referencia a `mpi_sendrecv_' sin definir
ncsu-pmd-hooks.o: En la función `ncsu_pmd_hooks_mp_on_delta_':
_ncsu-pmd-hooks.f:(.text+0x3ac2): referencia a `mpi_sendrecv_' sin definir
_ncsu-pmd-hooks.f:(.text+0x4052): referencia a `mpi_sendrecv_' sin definir
ncsu-pmd-hooks.o: En la función `ncsu_pmd_hooks_mp_on_sander_init_':
_ncsu-pmd-hooks.f:(.text+0x5a42): referencia a `mpi_bcast_' sin definir
ncsu-sander-hooks.o: En la función `ncsu_sander_hooks_mp_rem_preinit_':
_ncsu-sander-hooks.f:(.text+0xfe2): referencia a `mpi_allgather_' sin
definir
_ncsu-sander-hooks.f:(.text+0x1052): referencia a `mpi_allgather_' sin
definir
_ncsu-sander-hooks.f:(.text+0x1932): referencia a `mpi_sendrecv_' sin
definir
ncsu-smd-hooks.o: En la función `ncsu_smd_hooks_mp_on_force_':
_ncsu-smd-hooks.f:(.text+0x1452): referencia a `mpi_bcast_' sin definir
ncsu-smd-hooks.o: En la función `ncsu_smd_hooks_mp_on_sander_init_':
_ncsu-smd-hooks.f:(.text+0x34e2): referencia a `mpi_bcast_' sin definir
ncsu-umbrella.o: En la función `ncsu_umbrella_mp_umbrella_recv_coeffs_':
_ncsu-umbrella.f:(.text+0x2ec2): referencia a `mpi_recv_' sin definir
ncsu-umbrella.o: En la función `ncsu_umbrella_mp_umbrella_send_coeffs_':
_ncsu-umbrella.f:(.text+0x3cc2): referencia a `mpi_send_' sin definir
ncsu-umbrella.o: En la función `ncsu_umbrella_mp_umbrella_bcast_':
_ncsu-umbrella.f:(.text+0x4392): referencia a `mpi_comm_rank_' sin definir
_ncsu-umbrella.f:(.text+0x43d2): referencia a `mpi_comm_size_' sin definir
_ncsu-umbrella.f:(.text+0x44f2): referencia a `mpi_bcast_' sin definir
_ncsu-umbrella.f:(.text+0x4542): referencia a `mpi_bcast_' sin definir
_ncsu-umbrella.f:(.text+0x4622): referencia a `mpi_bcast_' sin definir
_ncsu-umbrella.f:(.text+0x4702): referencia a `mpi_bcast_' sin definir
_ncsu-umbrella.f:(.text+0x4752): referencia a `mpi_bcast_' sin definir
ncsu-umbrella.o:_ncsu-umbrella.f:(.text+0x4f12): más referencias a
`mpi_bcast_' sin definir a continuación
ncsu-utils.o: En la función `ncsu_utils_mp_cpus_leave_':
_ncsu-utils.f:(.text+0x1c72): referencia a `mpi_comm_rank_' sin definir
_ncsu-utils.f:(.text+0x1cb2): referencia a `mpi_comm_size_' sin definir
_ncsu-utils.f:(.text+0x1db2): referencia a `mpi_send_' sin definir
ncsu-utils.o: En la función `ncsu_utils_mp_cpus_enter_':
_ncsu-utils.f:(.text+0x1f32): referencia a `mpi_comm_rank_' sin definir
_ncsu-utils.f:(.text+0x1f72): referencia a `mpi_comm_size_' sin definir
_ncsu-utils.f:(.text+0x2082): referencia a `mpi_recv_' sin definir
make[1]: *** [sander] Error 1
make[1]: Leaving directory `/opt/amber10/src/sander'
make: *** [serial] Error 2
Somebody could help us?
Thanks a lot
Best Regads
--
* --DAVID--*
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Wed Feb 18 2009 - 01:08:21 PST
