AMBER: Increasing Volume with ntb=1

From: Harianto <harianto.mailer.sb.fsu.edu>
Date: Wed, 26 Jan 2005 15:12:29 -0500

Hi Amberians,

Please help me to get out of my confusion. I ran high temperature
simulation, using amber7, ntt=1 T=600K.
Also I provided constant volume NTB=1, periodic bc.
When I made a plot for the volume upto few hundreds picosec,
the graph is a linear with positive gradient.
(Files are attached : summary.Volume plot.)
Can somebody explain me why or give me suggestion how to write the
correct input file (s1.in)? I expected a constant volume of box in a
periodic bc.

Thanks in advance,
Harianto.


minfile.pdb: md simulation of the molecule, 10.0 cut
 
 &cntrl
  nmropt = 1,
  ntx = 1, irest = 0, ntxo = 1, ntwr = 1000,
  ntpr = 1000, ntwx = 1000, ntwv = 1000, ntwe = 1000,

  ntf = 2, ntb = 1,
  cut = 10.0,

  imin = 0,
  nstlim = 150000,
  nscm = 1000,
  dt = 0.001,


 
  temp0 = 600.0, tempi = 600.0,
  ig = 650508, heat = 0.0,
  ntt = 1,
  tautp = 2.0,

  ntc = 2, tol = 0.00005,
  nrespa=1,
 &end

 &ewald
   ew_type = 0,
   vdwmeth = 1,
   eedmeth = 1,
   nbflag = 1,
 &end

 &wt
   type='TEMP0', istep1=0, istep2=30000,
                 value1=100.0, value2=300.0,
 &end

 &wt
   type='TEMP0', istep1=30000, istep2=100000,
                 value1=300.0, value2=600.0,
 &end

 &wt
   type='TEMP0', istep1=100000, istep2=150000,
                 value1=600.0, value2=600.0,
 &end
 &wt
   type='END',
 &end
 &rst
   iat=0,
 &end



     0.000
     1.000
     2.000
     3.000
     4.000
     5.000
     6.000
     7.000
     8.000
     9.000
    10.000
    11.000
    12.000
    13.000
    14.000
    15.000
    16.000
    17.000
    18.000
    19.000
    20.000
    21.000
    22.000
    23.000
    24.000
    25.000
    26.000
    27.000
    28.000
    29.000
    30.000
    31.000
    32.000
    33.000
    34.000
    35.000
    36.000
    37.000
    38.000
    39.000
    40.000
    41.000
    42.000
    43.000
    44.000
    45.000
    46.000
    47.000
    48.000
    49.000
    50.000
    51.000
    52.000
    53.000
    54.000
    55.000
    56.000
    57.000
    58.000
    59.000
    60.000
    61.000
    62.000
    63.000
    64.000
    65.000
    66.000
    67.000
    68.000
    69.000
    70.000
    71.000
    72.000
    73.000
    74.000
    75.000
    76.000
    77.000
    78.000
    79.000
    80.000
    81.000
    82.000
    83.000
    84.000
    85.000
    86.000
    87.000
    88.000
    89.000
    90.000
    91.000
    92.000
    93.000
    94.000
    95.000
    96.000
    97.000
    98.000
    99.000
   100.000
   101.000
   102.000
   103.000
   104.000
   105.000
   106.000
   107.000
   108.000
   109.000
   110.000
   111.000
   112.000
   113.000
   114.000
   115.000
   116.000
   117.000
   118.000
   119.000
   120.000
   121.000
   122.000
   123.000
   124.000
   125.000
   126.000
   127.000
   128.000
   129.000
   130.000
   131.000
   132.000
   133.000
   134.000
   135.000
   136.000
   137.000
   138.000
   139.000
   140.000
   141.000
   142.000
   143.000
   144.000
   145.000
   146.000
   147.000
   148.000
   149.000
   150.000
   151.000
   152.000
   153.000
   154.000
   155.000
   156.000
   157.000
   158.000
   159.000
   160.000
   161.000
   162.000
   163.000
   164.000
   165.000
   166.000
   167.000
   168.000
   169.000
   170.000
   171.000
   172.000
   173.000
   174.000
   175.000
   176.000
   177.000
   178.000
   179.000
   180.000
   181.000
   182.000
   183.000
   184.000
   185.000
   186.000
   187.000
   188.000
   189.000
   190.000
   191.000
   192.000
   193.000
   194.000
   195.000
   196.000
   197.000
   198.000
   199.000
   200.000
   201.000
   202.000
   203.000
   204.000
   205.000
   206.000
   207.000
   208.000
   209.000
   210.000
   211.000
   212.000
   213.000
   214.000
   215.000
   216.000
   217.000
   218.000
   219.000
   220.000
   221.000
   222.000
   223.000
   224.000
   225.000
   226.000
   227.000
   228.000
   229.000
   230.000
   231.000
   232.000
   233.000
   234.000
   235.000
   236.000
   237.000
   238.000
   239.000
   240.000
   241.000
   242.000
   243.000
   244.000
   245.000
   246.000
   247.000
   248.000
   249.000
   250.000
   251.000
   252.000
   253.000
   254.000
   255.000
   256.000
   257.000
   258.000
   259.000
   260.000
   261.000
   262.000
   263.000
   264.000
   265.000
   266.000
   267.000
   268.000
   269.000
   270.000
   271.000
   272.000
   273.000
   274.000
   275.000
   276.000
   277.000
   278.000
   279.000
   280.000
   281.000
   282.000
   283.000
   284.000
   285.000
   286.000
   287.000
   288.000
   289.000
   290.000
   291.000
   292.000
   293.000
   294.000
   295.000
   296.000
   297.000
   298.000
   299.000
   300.000
   301.000
   302.000
   303.000
   304.000
   305.000
   306.000
   307.000
   308.000
   309.000
   310.000
   311.000
   312.000
   313.000
   314.000
   315.000
   316.000
   317.000
   318.000
   319.000
   320.000
   321.000
   322.000
   323.000
   324.000
   325.000
   326.000
   327.000
   328.000
   329.000
   330.000
   331.000
   332.000
   333.000
   334.000
   335.000
   336.000
   337.000
   338.000
   339.000
   340.000
   341.000
   342.000
   343.000
   344.000
   345.000
   346.000
   347.000
   348.000
   349.000
   350.000
   351.000
   352.000
   353.000
   354.000
   355.000
   356.000
   357.000
   358.000
   359.000
   360.000
   361.000
   362.000
   363.000
   364.000
   365.000
   366.000
   367.000
   368.000
   369.000
   370.000
   371.000
   372.000
   373.000
   374.000
   375.000
   376.000
   377.000
   378.000
   379.000
   380.000
   381.000
   382.000
   383.000
   384.000
   385.000
   386.000
   387.000
   388.000
   389.000
   390.000
   391.000
   392.000
   393.000
   394.000
   395.000
   396.000
   397.000
   398.000
   399.000
   400.000
   401.000
   402.000
   403.000
   404.000
   405.000
   406.000
   407.000
   408.000
   409.000
   410.000
   411.000
   412.000
   413.000
   414.000
   415.000
   416.000
   417.000
   418.000
   419.000
   420.000
   421.000
   422.000
   423.000
   424.000
   425.000
   426.000
   427.000
   428.000
   429.000
   430.000
   431.000
   432.000
   433.000
   434.000
   435.000
   436.000
   437.000
   438.000
   439.000
   440.000
   441.000
   442.000
   443.000
   444.000
   445.000
   446.000
   447.000
   448.000
   449.000
   450.000
   451.000
   452.000
   453.000
   454.000
   455.000
   456.000
   457.000
   458.000
   459.000
   460.000
   461.000
   462.000
   463.000
   464.000
   465.000
   466.000
   467.000
   468.000
   469.000
   470.000
   471.000
   472.000
   473.000
   474.000
   475.000
   476.000
   477.000
   478.000
   479.000
   480.000
   481.000
   482.000
   483.000
   484.000
   485.000
   486.000
   487.000
   488.000
   489.000
   490.000
   491.000
   492.000
   493.000
   494.000
   495.000
   496.000
   497.000
   498.000
   499.000
   500.000
   501.000
   502.000
   503.000
   504.000
   505.000
   506.000
   507.000
   508.000
   509.000
   510.000
   511.000
   512.000
   513.000
   514.000
   515.000
   516.000
   517.000
   518.000
   519.000
   520.000
   521.000
   522.000
   523.000
   524.000
   525.000
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   527.000
   528.000
   529.000
   530.000
   531.000
   532.000
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   537.000
   538.000
   539.000
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   541.000
   542.000
   543.000
   544.000
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   546.000
   547.000
   548.000
   549.000
   550.000
   551.000
   552.000
   553.000
   554.000
   555.000
   556.000
   557.000
   558.000
   559.000
   560.000
   561.000
   562.000
   563.000
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   565.000
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   567.000
   568.000
   569.000
   570.000
   571.000
   572.000
   573.000
   574.000
   575.000
   576.000
   577.000
   578.000
   579.000
   580.000
   581.000
   582.000
   583.000
   584.000
   585.000
   586.000
   587.000
   588.000
   589.000
   590.000
   591.000
   592.000
   593.000
   594.000
   595.000
   596.000
   597.000
   598.000
   599.000
   600.000
   601.000
   602.000
   603.000
   604.000
   605.000
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   622.000
   623.000
   624.000
   625.000
   626.000
   627.000
   628.000
   629.000
   630.000
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