Dear all,
I'm working on cMD using pmemd.cuda_SPFP.MPI in AMBER24 package.
Recently, I noticed something unusual in mdout file.
Specifically, some parts of mdout file appear unreadable
(please see the example result using cat commands and vim commands below).
Could this be a bug in pmemd.cuda_SPFP.MPI?
Best regards,
Seigo
(using cat command)
_________________________________________________________________________________________________
getting box info from netcdf restart file
NATOM = 778396 NTYPES = 27 NBONH = 559725 MBONA = 217713
NTHETH = 189618 MTHETA = 71234 NPHIH = 333534 MPHIA = 229279
NSTEP = 10550000 TIME(PS) = 122180.000 TEMP(K) = 300.38 PRESS = -13.1
Etot = -1828147.7466 EKtot = 386684.8750 EPtot = -2214832.6216
BOND = 20453.3155 ANGLE = 70996.3164 DIHED = 41096.1037
UB = 0.0000 IMP = 0.0000 CMAP = 1176.6024
1-4 NB = 19894.1409 1-4 EEL = 26880.6877 VDWAALS = 224924.2485
EELEC = -2620254.0368 EHBOND = 0.0000 RESTRAINT = 0.0000
EKCMT = 145459.6522 VIRIAL = 147188.4150 VOLUME = 6102294.0025
Density = 1.0199
(using vim command)
_________________________________________________________________________________________________
getting box info from netcdf restart file
NATOM = 778396 NTYPES = 27 NBONH = 559725 MBONA = 217713
NTHETH = 189618 MTHETA = 71234 NPHIH = 333534 MPHIA = 229279
^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.^.
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Thu Nov 06 2025 - 17:30:03 PST
