[AMBER] Issue with VdW Energies in MMGBSA Calculations

From: Mar Llorca Torres via AMBER <amber.ambermd.org>
Date: Mon, 19 May 2025 12:27:45 +0200

Dear AMBER Support Team,

I hope this message finds you well.

I am writing to ask for your help regarding an issue I’ve encountered with
MMGBSA energy calculations. Specifically, everything in my calculation
appears to work correctly *except for the van der Waals (VdW) energy terms*,
which are giving unrealistic values.

After trying various parameter changes in my own system without success, I
decided to follow the official AMBER tutorial found here:
https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/py_script/section1.php

I downloaded the provided tutorial files (ras-raf_top_mdcrd.tgz) and ran
the MMGBSA calculation using the following simplified mmpbsa.in file (since
I am only interested in the GB model):

&general
   endframe=50, verbose=1,
/
&gb
  igb=2, saltcon=0.100,
/

Unfortunately, I obtained the *same VdW issue* even with the tutorial
files. All other energy terms match the expected values, but the van der
Waals term differs significantly.

I am attaching a comparison between the results from the tutorial (white)
and my calculation (black), showing that the only discrepancy lies in the
VdW energies. I have also attached both FINAL_RESULTS.dat files for your
reference.
[image: image.png]


Could you please help me understand what might be causing this issue, and
how I could correctly compute the VdW contributions?

Thank you very much in advance for your time and assistance.

Best regards,
*Mar Llorca*

-- 
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Received on Mon May 19 2025 - 03:30:01 PDT
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