I tried compiling with bundled netcdf (internal from Amber) and I am getting the same Warning. Is it expected? Any help would be appreciated.
MJ
-----Original Message-----
From: Martin Juhás via AMBER <amber.ambermd.org>
Sent: Sunday, May 5, 2024 10:42 PM
To: AMBER Mailing List <amber.ambermd.org>
Subject: [AMBER] NetCDF variable compression requires compiling with HDF5 support
[EXTERNAL EMAIL]
Dear Amber users,
I am encountering this Warning when running parallel trajectory analysis in cpptraj. I tried compiling Amber with HDF5 (I loaded phdf5 module) but it seems not to be taken into account? How would I check this issue? Is it even worth the effort, what would change/improve?
Warning: Setting NetCDF variable compression requires compiling with HDF5 support.
Warning: Setting NetCDF variable compression requires compiling with HDF5 support.
Warning: Setting NetCDF frame chunk size requires compiling with HDF5 support.
Warning: Setting NetCDF variable compression requires compiling with HDF5 support.
Warning: Setting NetCDF frame chunk size requires compiling with HDF5 support.
Warning: Setting NetCDF variable compression requires compiling with HDF5 support.
Warning: Setting NetCDF frame chunk size requires compiling with HDF5 support.
Thank you for the help.
Best,
Martin
Upozornění: Není-li v této zprávě výslovně uvedeno jinak, má tato e-mailová zpráva nebo její přílohy pouze informativní charakter. Tato zpráva ani její přílohy v žádném ohledu Univerzitu Karlovu k ničemu nezavazují. Text této zprávy nebo jejích příloh není návrhem na uzavření smlouvy, ani přijetím případného návrhu na uzavření smlouvy, ani jiným právním jednáním směřujícím k uzavření jakékoliv smlouvy a nezakládá předsmluvní odpovědnost Univerzity Karlovy. Obsahuje-li tento e-mail nebo některá z jeho příloh osobní údaje, dbejte při jeho dalším zpracování (zejména při archivaci) souladu s pravidly evropského nařízení GDPR.
Disclaimer: If not expressly stated otherwise, this e-mail message (including any attached files) is intended purely for informational purposes and does not represent a binding agreement on the part of Charles University. The text of this message and its attachments cannot be considered as a proposal to conclude a contract, nor the acceptance of a proposal to conclude a contract, nor any other legal act leading to concluding any contract; nor does it create any pre-contractual liability on the part of Charles University. If this e-mail or any of its attachments contains personal data, please be aware of data processing (particularly document management and archival policy) in accordance with Regulation (EU) 2016/679 of the European Parliament and of the Council on GDPR.
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Upozornění: Není-li v této zprávě výslovně uvedeno jinak, má tato e-mailová zpráva nebo její přílohy pouze informativní charakter. Tato zpráva ani její přílohy v žádném ohledu Univerzitu Karlovu k ničemu nezavazují. Text této zprávy nebo jejích příloh není návrhem na uzavření smlouvy, ani přijetím případného návrhu na uzavření smlouvy, ani jiným právním jednáním směřujícím k uzavření jakékoliv smlouvy a nezakládá předsmluvní odpovědnost Univerzity Karlovy. Obsahuje-li tento e-mail nebo některá z jeho příloh osobní údaje, dbejte při jeho dalším zpracování (zejména při archivaci) souladu s pravidly evropského nařízení GDPR.
Disclaimer: If not expressly stated otherwise, this e-mail message (including any attached files) is intended purely for informational purposes and does not represent a binding agreement on the part of Charles University. The text of this message and its attachments cannot be considered as a proposal to conclude a contract, nor the acceptance of a proposal to conclude a contract, nor any other legal act leading to concluding any contract; nor does it create any pre-contractual liability on the part of Charles University. If this e-mail or any of its attachments contains personal data, please be aware of data processing (particularly document management and archival policy) in accordance with Regulation (EU) 2016/679 of the European Parliament and of the Council on GDPR.
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Mon Jun 03 2024 - 14:00:02 PDT
