Hi all,
I have a question about restarting the simulation from the same restart file when using NPT with Langevin dynamics (and Berendsen barostat). Assuming that each run with Langevin dynamics is essentially different (or at least I believe so if the ig value is different), should the trajectories obtained from the same restart file (with irest=1) be actually different or are they expected to be "the same" (within numerical precision errors etc.)? By "the same" I mean e.g. from the point of RMSD. I ran 3 replicas restarting from the same restart file, and even though they behaved similarly from the beginning, after some time, they started "diverging". The changes are smaller when comparing it to a new run with reinitialized velocities but still. Is it normal? Can anyone explain what to expect and what is not OK anymore (if it can be said)?
Thank you.
Martin
Upozornění: Není-li v této zprávě výslovně uvedeno jinak, má tato e-mailová zpráva nebo její přílohy pouze informativní charakter. Tato zpráva ani její přílohy v žádném ohledu Univerzitu Karlovu k ničemu nezavazují. Text této zprávy nebo jejích příloh není návrhem na uzavření smlouvy, ani přijetím případného návrhu na uzavření smlouvy, ani jiným právním jednáním směřujícím k uzavření jakékoliv smlouvy a nezakládá předsmluvní odpovědnost Univerzity Karlovy. Obsahuje-li tento e-mail nebo některá z jeho příloh osobní údaje, dbejte při jeho dalším zpracování (zejména při archivaci) souladu s pravidly evropského nařízení GDPR.
Disclaimer: If not expressly stated otherwise, this e-mail message (including any attached files) is intended purely for informational purposes and does not represent a binding agreement on the part of Charles University. The text of this message and its attachments cannot be considered as a proposal to conclude a contract, nor the acceptance of a proposal to conclude a contract, nor any other legal act leading to concluding any contract; nor does it create any pre-contractual liability on the part of Charles University. If this e-mail or any of its attachments contains personal data, please be aware of data processing (particularly document management and archival policy) in accordance with Regulation (EU) 2016/679 of the European Parliament and of the Council on GDPR.
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Sun Dec 03 2023 - 13:00:02 PST
