-- ************************************************************************** -- Starting configuration of Amber version 20.0.0... -- CMake Version: 3.21.2 -- For how to use this build system, please read this wiki: -- http://ambermd.org/pmwiki/pmwiki.php/Main/CMake -- For a list of important CMake variables, check here: -- http://ambermd.org/pmwiki/pmwiki.php/Main/CMake-Common-Options -- ************************************************************************** -- Setting C compiler to clang -- Setting CXX compiler to clang++ -- Setting Fortran compiler to gfortran -- Amber source found, building AmberTools and Amber -- The C compiler identification is AppleClang 13.0.0.13000029 -- The CXX compiler identification is AppleClang 13.0.0.13000029 -- The Fortran compiler identification is GNU 11.1.0 -- Detecting C compiler ABI info -- Detecting C compiler ABI info - done -- Check for working C compiler: /usr/bin/clang - skipped -- Detecting C compile features -- Detecting C compile features - done -- Detecting CXX compiler ABI info -- Detecting CXX compiler ABI info - done -- Check for working CXX compiler: /usr/bin/clang++ - skipped -- Detecting CXX compile features -- Detecting CXX compile features - done -- Checking whether Fortran compiler has -isysroot -- Checking whether Fortran compiler has -isysroot - yes -- Checking whether Fortran compiler supports OSX deployment target flag -- Checking whether Fortran compiler supports OSX deployment target flag - yes -- Detecting Fortran compiler ABI info -- Detecting Fortran compiler ABI info - done -- Check for working Fortran compiler: /opt/homebrew/bin/gfortran - skipped -- Checking whether /opt/homebrew/bin/gfortran supports Fortran 90 -- Checking whether /opt/homebrew/bin/gfortran supports Fortran 90 - yes -- Testing if stdlib.h can be included... -- Testing if stdlib.h can be included... yes CUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR not found or specified -- Could NOT find CUDA (missing: CUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR CUDA_NVCC_EXECUTABLE CUDA_INCLUDE_DIRS CUDA_CUDART_LIBRARY) -- Downloading Python 3 Miniconda -- Detected Mac OS X operating system. Downloading the Mac installer Downloading http://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh -> /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/download/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh ##O=-# # #=O#- # # -#O=# # # -=#=- # # # -=O#- # # # -=O=-# # # # -=O=- # # # # -=O=- # # # # -=O=- # # # # -=O=- # # # # -=O=- # # # # 0.1% 0.1% 0.2% 0.3% 0.4% # 0.7% # 0.8% ## 1.1% ## 1.4% ### 1.6% ### 1.8% #### 2.1% #### 2.2% #### 2.3% #### 2.5% #### 2.5% ##### 2.7% ##### 3.0% ##### 3.0% ###### 3.3% ###### 3.4% ####### 3.7% ####### 4.1% ######## 4.2% ######## 4.4% ######## 4.4% ######## 4.5% ######### 4.9% ######### 5.1% ########## 5.2% ########## 5.3% ########## 5.5% ########## 5.5% ########### 5.9% ########### 6.0% ########### 6.1% ############ 6.6% ############# 6.8% ############# 6.9% ############# 7.0% ############## 7.3% ############## 7.5% ############## 7.7% ############### 7.7% ############### 8.0% ################ 8.3% 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############################################################################################################################################################################################## 97.7% ############################################################################################################################################################################################## 97.7% ############################################################################################################################################################################################## 97.8% ############################################################################################################################################################################################## 97.8% ############################################################################################################################################################################################## 97.9% ############################################################################################################################################################################################### 98.0% ############################################################################################################################################################################################### 98.3% ################################################################################################################################################################################################ 98.5% ################################################################################################################################################################################################ 98.6% ################################################################################################################################################################################################ 98.7% ################################################################################################################################################################################################ 98.9% ################################################################################################################################################################################################# 99.3% ################################################################################################################################################################################################## 99.5% ################################################################################################################################################################################################## 99.8% ################################################################################################################################################################################################### 100.0% Installing Miniconda Python. PREFIX=/Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install Unpacking payload ... 0%| | 0/34 [00:00 3.2-pyhd3eb1b0_0 libcxx 10.0.0-1 --> 12.0.0-h2f01273_0 openssl 1.1.1k-h9ed2024_0 --> 1.1.1l-h9ed2024_0 requests 2.25.1-pyhd3eb1b0_0 --> 2.26.0-pyhd3eb1b0_0 setuptools 52.0.0-py39hecd8cb5_0 --> 58.0.4-py39hecd8cb5_0 tqdm 4.61.2-pyhd3eb1b0_1 --> 4.62.2-pyhd3eb1b0_1 The following packages will be DOWNGRADED: tzdata 2021a-h52ac0ba_0 --> 2021a-h5d7bf9c_0 Downloading and Extracting Packages charset-normalizer-2 | 35 KB | | 0% charset-normalizer-2 | 35 KB | ####6 | 46% charset-normalizer-2 | 35 KB | ########## | 100% charset-normalizer-2 | 35 KB | ########## | 100% requests-2.26.0 | 59 KB | | 0% requests-2.26.0 | 59 KB | ##7 | 27% requests-2.26.0 | 59 KB | ########## | 100% requests-2.26.0 | 59 KB | ########## | 100% tzdata-2021a | 111 KB | | 0% tzdata-2021a | 111 KB | #4 | 14% tzdata-2021a | 111 KB | ####3 | 43% tzdata-2021a | 111 KB | ########## | 100% tzdata-2021a | 111 KB | ########## | 100% setuptools-58.0.4 | 792 KB | | 0% setuptools-58.0.4 | 792 KB | 2 | 2% setuptools-58.0.4 | 792 KB | 8 | 8% setuptools-58.0.4 | 792 KB | #2 | 12% setuptools-58.0.4 | 792 KB | ## | 20% setuptools-58.0.4 | 792 KB | ####8 | 49% setuptools-58.0.4 | 792 KB | #####6 | 57% setuptools-58.0.4 | 792 KB | ######8 | 69% setuptools-58.0.4 | 792 KB | ########2 | 83% setuptools-58.0.4 | 792 KB | ########## | 100% setuptools-58.0.4 | 792 KB | ########## | 100% idna-3.2 | 48 KB | | 0% idna-3.2 | 48 KB | ###3 | 33% idna-3.2 | 48 KB | ########## | 100% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | | 0% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | | 1% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | 2 | 2% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | 7 | 8% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | #3 | 13% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | #7 | 17% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | #9 | 20% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | ##2 | 23% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | ##8 | 28% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | ###1 | 32% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | ###4 | 35% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | ###7 | 38% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | ####4 | 45% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | ####8 | 48% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | #####4 | 55% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | #####8 | 58% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | ######1 | 61% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | ######6 | 67% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | ####### | 70% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | #######5 | 76% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | #######8 | 79% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | ########4 | 84% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | #########3 | 94% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | #########7 | 97% openssl-1.1.1l | 2.2 MB | ########## | 100% tqdm-4.62.2 | 96 KB | | 0% tqdm-4.62.2 | 96 KB | #6 | 17% tqdm-4.62.2 | 96 KB | ########## | 100% tqdm-4.62.2 | 96 KB | ########## | 100% libcxx-12.0.0 | 805 KB | | 0% libcxx-12.0.0 | 805 KB | 1 | 2% libcxx-12.0.0 | 805 KB | 3 | 4% libcxx-12.0.0 | 805 KB | ###3 | 34% libcxx-12.0.0 | 805 KB | ####7 | 48% libcxx-12.0.0 | 805 KB | #####7 | 58% libcxx-12.0.0 | 805 KB | #######1 | 72% libcxx-12.0.0 | 805 KB | #######9 | 79% libcxx-12.0.0 | 805 KB | ########7 | 87% libcxx-12.0.0 | 805 KB | ########## | 100% libcxx-12.0.0 | 805 KB | ########## | 100% Preparing transaction: ...working... done Verifying transaction: ...working... done Executing transaction: ...working... done /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/bin/python: No module named pip /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/bin/python: No module named pip Collecting package metadata (current_repodata.json): ...working... done Solving environment: ...working... done ## Package Plan ## environment location: /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install added / updated specs: - nomkl The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- blas-1.0 | openblas 45 KB nomkl-3.0 | 0 45 KB ------------------------------------------------------------ Total: 90 KB The following NEW packages will be INSTALLED: blas pkgs/main/osx-64::blas-1.0-openblas nomkl pkgs/main/osx-64::nomkl-3.0-0 Downloading and Extracting Packages nomkl-3.0 | 45 KB | | 0% nomkl-3.0 | 45 KB | ###5 | 35% nomkl-3.0 | 45 KB | ########## | 100% nomkl-3.0 | 45 KB | ########## | 100% blas-1.0 | 45 KB | | 0% blas-1.0 | 45 KB | ###5 | 36% blas-1.0 | 45 KB | ########## | 100% blas-1.0 | 45 KB | ########## | 100% Preparing transaction: ...working... done Verifying transaction: ...working... done Executing transaction: ...working... done Collecting package metadata (current_repodata.json): ...working... done Solving environment: ...working... done ## Package Plan ## environment location: /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install added / updated specs: - f90nml The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- ca-certificates-2021.5.30 | h033912b_0 136 KB conda-forge certifi-2021.5.30 | py39h6e9494a_0 141 KB conda-forge conda-4.10.3 | py39h6e9494a_2 3.1 MB conda-forge f90nml-1.3.1 | pyhd8ed1ab_0 28 KB conda-forge openssl-1.1.1l | h0d85af4_0 1.9 MB conda-forge python_abi-3.9 | 2_cp39 4 KB conda-forge ------------------------------------------------------------ Total: 5.3 MB The following NEW packages will be INSTALLED: f90nml conda-forge/noarch::f90nml-1.3.1-pyhd8ed1ab_0 python_abi conda-forge/osx-64::python_abi-3.9-2_cp39 The following packages will be UPDATED: conda pkgs/main::conda-4.10.3-py39hecd8cb5_0 --> conda-forge::conda-4.10.3-py39h6e9494a_2 The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel: ca-certificates pkgs/main::ca-certificates-2021.7.5-h~ --> conda-forge::ca-certificates-2021.5.30-h033912b_0 certifi pkgs/main::certifi-2021.5.30-py39hecd~ --> conda-forge::certifi-2021.5.30-py39h6e9494a_0 openssl pkgs/main::openssl-1.1.1l-h9ed2024_0 --> conda-forge::openssl-1.1.1l-h0d85af4_0 Downloading and Extracting Packages certifi-2021.5.30 | 141 KB | | 0% certifi-2021.5.30 | 141 KB | #1 | 11% certifi-2021.5.30 | 141 KB | ###3 | 34% certifi-2021.5.30 | 141 KB | #######9 | 79% certifi-2021.5.30 | 141 KB | ########## | 100% f90nml-1.3.1 | 28 KB | | 0% f90nml-1.3.1 | 28 KB | #####6 | 56% f90nml-1.3.1 | 28 KB | ########## | 100% python_abi-3.9 | 4 KB | | 0% python_abi-3.9 | 4 KB | ########## | 100% python_abi-3.9 | 4 KB | ########## | 100% ca-certificates-2021 | 136 KB | | 0% ca-certificates-2021 | 136 KB | #1 | 12% ca-certificates-2021 | 136 KB | ####7 | 47% ca-certificates-2021 | 136 KB | #########4 | 94% ca-certificates-2021 | 136 KB | ########## | 100% conda-4.10.3 | 3.1 MB | | 0% conda-4.10.3 | 3.1 MB | | 1% conda-4.10.3 | 3.1 MB | 2 | 3% conda-4.10.3 | 3.1 MB | 3 | 4% conda-4.10.3 | 3.1 MB | #1 | 11% conda-4.10.3 | 3.1 MB | #4 | 14% conda-4.10.3 | 3.1 MB | #7 | 17% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ## | 21% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ##3 | 23% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ##6 | 27% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ##9 | 29% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ###1 | 32% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ###3 | 34% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ###6 | 36% conda-4.10.3 | 3.1 MB | #### | 41% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ####3 | 43% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ####5 | 45% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ####7 | 47% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ##### | 50% conda-4.10.3 | 3.1 MB | #####2 | 52% conda-4.10.3 | 3.1 MB | #####4 | 54% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ######1 | 61% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ######4 | 64% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ######6 | 67% conda-4.10.3 | 3.1 MB | #######1 | 71% conda-4.10.3 | 3.1 MB | #######5 | 76% conda-4.10.3 | 3.1 MB | #######7 | 78% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ########2 | 83% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ########5 | 85% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ########8 | 88% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ######### | 91% conda-4.10.3 | 3.1 MB | #########4 | 95% conda-4.10.3 | 3.1 MB | #########7 | 97% conda-4.10.3 | 3.1 MB | #########9 | 100% conda-4.10.3 | 3.1 MB | ########## | 100% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | | 0% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | | 1% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | 1 | 2% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | 4 | 5% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | #1 | 12% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | #5 | 16% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | ##3 | 24% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | ##8 | 28% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | ###2 | 32% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | ###5 | 35% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | ####2 | 43% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | ####9 | 50% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | #####6 | 57% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | ###### | 60% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | #######2 | 73% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | #######7 | 78% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | ########3 | 83% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | ######### | 91% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | #########4 | 95% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | ########## | 100% openssl-1.1.1l | 1.9 MB | ########## | 100% Preparing transaction: ...working... done Verifying transaction: ...working... done Executing transaction: ...working... done Collecting package metadata (current_repodata.json): ...working... done Solving environment: ...working... done ## Package Plan ## environment location: /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install added / updated specs: - pandas The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- bottleneck-1.3.2 | py39he3068b8_1 111 KB conda-4.10.3 | py39hecd8cb5_0 2.9 MB libgfortran-3.0.1 | h93005f0_2 426 KB libopenblas-0.3.13 | h7ddc91c_0 4.7 MB numexpr-2.7.3 | py39h7ec9b2a_1 119 KB numpy-1.20.3 | py39h0fa1045_0 23 KB numpy-base-1.20.3 | py39hbbe2e76_0 4.3 MB pandas-1.3.2 | py39h5008ddb_0 9.2 MB python-dateutil-2.8.2 | pyhd3eb1b0_0 233 KB pytz-2021.1 | pyhd3eb1b0_0 181 KB ------------------------------------------------------------ Total: 22.2 MB The following NEW packages will be INSTALLED: bottleneck pkgs/main/osx-64::bottleneck-1.3.2-py39he3068b8_1 libgfortran pkgs/main/osx-64::libgfortran-3.0.1-h93005f0_2 libopenblas pkgs/main/osx-64::libopenblas-0.3.13-h7ddc91c_0 numexpr pkgs/main/osx-64::numexpr-2.7.3-py39h7ec9b2a_1 numpy pkgs/main/osx-64::numpy-1.20.3-py39h0fa1045_0 numpy-base pkgs/main/osx-64::numpy-base-1.20.3-py39hbbe2e76_0 pandas pkgs/main/osx-64::pandas-1.3.2-py39h5008ddb_0 python-dateutil pkgs/main/noarch::python-dateutil-2.8.2-pyhd3eb1b0_0 pytz pkgs/main/noarch::pytz-2021.1-pyhd3eb1b0_0 The following packages will be UPDATED: ca-certificates conda-forge::ca-certificates-2021.5.3~ --> pkgs/main::ca-certificates-2021.7.5-hecd8cb5_1 The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel: certifi conda-forge::certifi-2021.5.30-py39h6~ --> pkgs/main::certifi-2021.5.30-py39hecd8cb5_0 conda conda-forge::conda-4.10.3-py39h6e9494~ --> pkgs/main::conda-4.10.3-py39hecd8cb5_0 openssl conda-forge::openssl-1.1.1l-h0d85af4_0 --> pkgs/main::openssl-1.1.1l-h9ed2024_0 Downloading and Extracting Packages numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | | 0% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | | 0% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | 1 | 2% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | 2 | 3% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | 3 | 4% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | 5 | 6% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | 8 | 8% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | 9 | 10% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #1 | 11% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #2 | 13% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #4 | 14% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #5 | 15% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #6 | 17% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #8 | 18% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #9 | 20% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ##1 | 21% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ##2 | 23% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ##4 | 24% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ##5 | 26% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ##7 | 27% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ##8 | 29% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ### | 30% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ###1 | 32% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ###3 | 33% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ###4 | 35% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ###5 | 36% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ###7 | 37% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ###8 | 39% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #### | 40% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ####1 | 42% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ####3 | 43% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ####4 | 45% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ####6 | 46% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ####7 | 47% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ####8 | 49% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ##### | 50% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #####1 | 52% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #####5 | 56% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #####7 | 58% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #####9 | 60% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ######1 | 61% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ######2 | 63% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ######4 | 64% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ######5 | 66% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ######9 | 70% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #######1 | 72% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #######4 | 74% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #######5 | 76% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | #######8 | 78% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ########1 | 81% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ########3 | 83% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ########6 | 86% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ########8 | 88% numpy-base-1.20.3 | 4.3 MB | ######### | 91% 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conda-4.10.3 | 2.9 MB | #####1 | 51% conda-4.10.3 | 2.9 MB | #####3 | 53% conda-4.10.3 | 2.9 MB | #####5 | 56% conda-4.10.3 | 2.9 MB | #####7 | 58% conda-4.10.3 | 2.9 MB | ###### | 60% conda-4.10.3 | 2.9 MB | ######2 | 62% conda-4.10.3 | 2.9 MB | ######4 | 64% conda-4.10.3 | 2.9 MB | ######6 | 67% conda-4.10.3 | 2.9 MB | ####### | 70% conda-4.10.3 | 2.9 MB | #######3 | 73% conda-4.10.3 | 2.9 MB | #######5 | 76% conda-4.10.3 | 2.9 MB | #######8 | 78% conda-4.10.3 | 2.9 MB | ######## | 80% conda-4.10.3 | 2.9 MB | ########2 | 83% conda-4.10.3 | 2.9 MB | ########5 | 85% conda-4.10.3 | 2.9 MB | ########7 | 87% conda-4.10.3 | 2.9 MB | ########9 | 89% conda-4.10.3 | 2.9 MB | #########1 | 92% conda-4.10.3 | 2.9 MB | #########3 | 94% conda-4.10.3 | 2.9 MB | #########6 | 97% conda-4.10.3 | 2.9 MB | #########8 | 99% conda-4.10.3 | 2.9 MB | ########## | 100% libopenblas-0.3.13 | 4.7 MB | | 0% libopenblas-0.3.13 | 4.7 MB | | 0% libopenblas-0.3.13 | 4.7 MB | 1 | 2% libopenblas-0.3.13 | 4.7 MB | 2 | 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---------------------------|----------------- appnope-0.1.2 |py39hecd8cb5_1001 10 KB argon2-cffi-20.1.0 | py39h9ed2024_1 44 KB async_generator-1.10 | pyhd3eb1b0_0 23 KB attrs-21.2.0 | pyhd3eb1b0_0 46 KB backcall-0.2.0 | pyhd3eb1b0_0 13 KB beautifulsoup4-4.10.0 | pyh06a4308_0 85 KB bleach-4.0.0 | pyhd3eb1b0_0 113 KB bzip2-1.0.8 | h1de35cc_0 75 KB conda-build-3.21.5 | py39hecd8cb5_0 548 KB cython-0.29.24 | py39h23ab428_0 1.9 MB debugpy-1.4.1 | py39h23ab428_0 1.7 MB decorator-5.0.9 | pyhd3eb1b0_0 12 KB defusedxml-0.7.1 | pyhd3eb1b0_0 23 KB entrypoints-0.3 | py39hecd8cb5_0 12 KB filelock-3.0.12 | pyhd3eb1b0_1 10 KB glob2-0.7 | pyhd3eb1b0_0 12 KB icu-58.2 | h0a44026_3 10.1 MB importlib-metadata-4.8.1 | py39hecd8cb5_0 39 KB importlib_metadata-4.8.1 | hd3eb1b0_0 11 KB iniconfig-1.1.1 | pyhd3eb1b0_0 8 KB ipykernel-6.2.0 | py39hecd8cb5_1 192 KB ipython-7.27.0 | py39h01d92e1_0 1012 KB ipython_genutils-0.2.0 | pyhd3eb1b0_1 27 KB jedi-0.18.0 | py39hecd8cb5_1 909 KB jinja2-2.11.3 | pyhd3eb1b0_0 101 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------------------------------------------------------------ Total: 48.9 MB The following NEW packages will be INSTALLED: appnope pkgs/main/osx-64::appnope-0.1.2-py39hecd8cb5_1001 argon2-cffi pkgs/main/osx-64::argon2-cffi-20.1.0-py39h9ed2024_1 async_generator pkgs/main/noarch::async_generator-1.10-pyhd3eb1b0_0 attrs pkgs/main/noarch::attrs-21.2.0-pyhd3eb1b0_0 backcall pkgs/main/noarch::backcall-0.2.0-pyhd3eb1b0_0 beautifulsoup4 pkgs/main/noarch::beautifulsoup4-4.10.0-pyh06a4308_0 bleach pkgs/main/noarch::bleach-4.0.0-pyhd3eb1b0_0 bzip2 pkgs/main/osx-64::bzip2-1.0.8-h1de35cc_0 chardet pkgs/main/osx-64::chardet-4.0.0-py39hecd8cb5_1003 conda-build pkgs/main/osx-64::conda-build-3.21.5-py39hecd8cb5_0 cython pkgs/main/osx-64::cython-0.29.24-py39h23ab428_0 debugpy pkgs/main/osx-64::debugpy-1.4.1-py39h23ab428_0 decorator pkgs/main/noarch::decorator-5.0.9-pyhd3eb1b0_0 defusedxml pkgs/main/noarch::defusedxml-0.7.1-pyhd3eb1b0_0 entrypoints pkgs/main/osx-64::entrypoints-0.3-py39hecd8cb5_0 filelock pkgs/main/noarch::filelock-3.0.12-pyhd3eb1b0_1 glob2 pkgs/main/noarch::glob2-0.7-pyhd3eb1b0_0 icu pkgs/main/osx-64::icu-58.2-h0a44026_3 importlib-metadata pkgs/main/osx-64::importlib-metadata-4.8.1-py39hecd8cb5_0 importlib_metadata pkgs/main/noarch::importlib_metadata-4.8.1-hd3eb1b0_0 iniconfig pkgs/main/noarch::iniconfig-1.1.1-pyhd3eb1b0_0 ipykernel pkgs/main/osx-64::ipykernel-6.2.0-py39hecd8cb5_1 ipython pkgs/main/osx-64::ipython-7.27.0-py39h01d92e1_0 ipython_genutils pkgs/main/noarch::ipython_genutils-0.2.0-pyhd3eb1b0_1 jedi pkgs/main/osx-64::jedi-0.18.0-py39hecd8cb5_1 jinja2 pkgs/main/noarch::jinja2-2.11.3-pyhd3eb1b0_0 jsonschema pkgs/main/noarch::jsonschema-3.2.0-pyhd3eb1b0_2 jupyter_client pkgs/main/noarch::jupyter_client-7.0.1-pyhd3eb1b0_0 jupyter_core pkgs/main/osx-64::jupyter_core-4.7.1-py39hecd8cb5_0 jupyterlab_pygmen~ pkgs/main/noarch::jupyterlab_pygments-0.1.2-py_0 libarchive pkgs/main/osx-64::libarchive-3.4.2-haa3ed63_0 libiconv pkgs/main/osx-64::libiconv-1.16-h1de35cc_0 liblief pkgs/main/osx-64::liblief-0.10.1-h23ab428_1 libsodium pkgs/main/osx-64::libsodium-1.0.18-h1de35cc_0 libxml2 pkgs/main/osx-64::libxml2-2.9.12-hcdb78fc_0 lz4-c pkgs/main/osx-64::lz4-c-1.9.3-h23ab428_1 markupsafe pkgs/main/osx-64::markupsafe-2.0.1-py39h9ed2024_0 matplotlib-inline pkgs/main/noarch::matplotlib-inline-0.1.2-pyhd3eb1b0_2 mistune pkgs/main/osx-64::mistune-0.8.4-py39h9ed2024_1000 more-itertools pkgs/main/noarch::more-itertools-8.8.0-pyhd3eb1b0_0 nbclient pkgs/main/noarch::nbclient-0.5.3-pyhd3eb1b0_0 nbconvert pkgs/main/osx-64::nbconvert-6.1.0-py39hecd8cb5_0 nbformat pkgs/main/noarch::nbformat-5.1.3-pyhd3eb1b0_0 nest-asyncio pkgs/main/noarch::nest-asyncio-1.5.1-pyhd3eb1b0_0 notebook pkgs/main/osx-64::notebook-6.4.3-py39hecd8cb5_0 packaging pkgs/main/noarch::packaging-21.0-pyhd3eb1b0_0 pandocfilters pkgs/main/osx-64::pandocfilters-1.4.3-py39hecd8cb5_1 parso pkgs/main/noarch::parso-0.8.2-pyhd3eb1b0_0 pexpect pkgs/main/noarch::pexpect-4.8.0-pyhd3eb1b0_3 pickleshare pkgs/main/noarch::pickleshare-0.7.5-pyhd3eb1b0_1003 pkginfo pkgs/main/osx-64::pkginfo-1.7.1-py39hecd8cb5_0 pluggy pkgs/main/osx-64::pluggy-0.13.1-py39hecd8cb5_0 prometheus_client pkgs/main/noarch::prometheus_client-0.11.0-pyhd3eb1b0_0 prompt-toolkit pkgs/main/noarch::prompt-toolkit-3.0.17-pyhca03da5_0 psutil pkgs/main/osx-64::psutil-5.8.0-py39h9ed2024_1 ptyprocess pkgs/main/noarch::ptyprocess-0.7.0-pyhd3eb1b0_2 py pkgs/main/noarch::py-1.10.0-pyhd3eb1b0_0 py-lief pkgs/main/osx-64::py-lief-0.10.1-py39h23ab428_1 pygments pkgs/main/noarch::pygments-2.10.0-pyhd3eb1b0_0 pyparsing pkgs/main/noarch::pyparsing-2.4.7-pyhd3eb1b0_0 pyrsistent pkgs/main/osx-64::pyrsistent-0.18.0-py39h9ed2024_0 pytest pkgs/main/osx-64::pytest-6.2.4-py39hecd8cb5_2 python-libarchive~ pkgs/main/noarch::python-libarchive-c-2.9-pyhd3eb1b0_1 pyyaml pkgs/main/osx-64::pyyaml-5.4.1-py39h9ed2024_1 pyzmq pkgs/main/osx-64::pyzmq-22.2.1-py39h23ab428_1 ripgrep pkgs/main/osx-64::ripgrep-12.1.1-0 scipy pkgs/main/osx-64::scipy-1.7.1-py39hf27351e_2 send2trash pkgs/main/noarch::send2trash-1.8.0-pyhd3eb1b0_1 soupsieve pkgs/main/noarch::soupsieve-2.2.1-pyhd3eb1b0_0 terminado pkgs/main/osx-64::terminado-0.9.4-py39hecd8cb5_0 testpath pkgs/main/noarch::testpath-0.5.0-pyhd3eb1b0_0 toml pkgs/main/noarch::toml-0.10.2-pyhd3eb1b0_0 tornado pkgs/main/osx-64::tornado-6.1-py39h9ed2024_0 traitlets pkgs/main/noarch::traitlets-5.0.5-pyhd3eb1b0_0 wcwidth pkgs/main/noarch::wcwidth-0.2.5-pyhd3eb1b0_0 webencodings pkgs/main/osx-64::webencodings-0.5.1-py39hecd8cb5_1 zeromq pkgs/main/osx-64::zeromq-4.3.4-h23ab428_0 zipp pkgs/main/noarch::zipp-3.5.0-pyhd3eb1b0_0 zstd pkgs/main/osx-64::zstd-1.4.9-h322a384_0 Preparing transaction: ...working... done Verifying transaction: ...working... done Executing transaction: ...working... done /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/bin/python: No module named pip Collecting package metadata (current_repodata.json): ...working... done Solving environment: ...working... done ## Package Plan ## environment location: /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install added / updated specs: - matplotlib The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- brotli-1.0.9 | hb1e8313_2 398 KB cycler-0.10.0 | py39hecd8cb5_0 16 KB fonttools-4.25.0 | pyhd3eb1b0_0 632 KB freetype-2.10.4 | ha233b18_0 564 KB jpeg-9d | h9ed2024_0 215 KB kiwisolver-1.3.1 | py39h23ab428_0 53 KB lcms2-2.12 | hf1fd2bf_0 284 KB libpng-1.6.37 | ha441bb4_0 262 KB libtiff-4.2.0 | h87d7836_0 462 KB libwebp-base-1.2.0 | h9ed2024_0 389 KB matplotlib-3.4.2 | py39hecd8cb5_0 26 KB matplotlib-base-3.4.2 | py39h8b3ea08_0 5.6 MB munkres-1.1.4 | py_0 13 KB olefile-0.46 | pyhd3eb1b0_0 34 KB openjpeg-2.4.0 | h66ea3da_0 301 KB pillow-8.3.1 | py39ha4cf6ea_0 602 KB ------------------------------------------------------------ Total: 9.7 MB The following NEW packages will be INSTALLED: brotli pkgs/main/osx-64::brotli-1.0.9-hb1e8313_2 cycler pkgs/main/osx-64::cycler-0.10.0-py39hecd8cb5_0 fonttools pkgs/main/noarch::fonttools-4.25.0-pyhd3eb1b0_0 freetype pkgs/main/osx-64::freetype-2.10.4-ha233b18_0 jpeg pkgs/main/osx-64::jpeg-9d-h9ed2024_0 kiwisolver pkgs/main/osx-64::kiwisolver-1.3.1-py39h23ab428_0 lcms2 pkgs/main/osx-64::lcms2-2.12-hf1fd2bf_0 libpng pkgs/main/osx-64::libpng-1.6.37-ha441bb4_0 libtiff pkgs/main/osx-64::libtiff-4.2.0-h87d7836_0 libwebp-base pkgs/main/osx-64::libwebp-base-1.2.0-h9ed2024_0 matplotlib pkgs/main/osx-64::matplotlib-3.4.2-py39hecd8cb5_0 matplotlib-base pkgs/main/osx-64::matplotlib-base-3.4.2-py39h8b3ea08_0 munkres pkgs/main/noarch::munkres-1.1.4-py_0 olefile pkgs/main/noarch::olefile-0.46-pyhd3eb1b0_0 openjpeg pkgs/main/osx-64::openjpeg-2.4.0-h66ea3da_0 pillow pkgs/main/osx-64::pillow-8.3.1-py39ha4cf6ea_0 Preparing transaction: ...working... done Verifying transaction: ...working... done Executing transaction: ...working... done Cache location: /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/pkgs Will remove the following tarballs: /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/pkgs ---------------------------------------------------------------------------------------------------- argon2-cffi-20.1.0-py39h9ed2024_1.conda 44 KB libwebp-base-1.2.0-h9ed2024_0.conda 389 KB freetype-2.10.4-ha233b18_0.conda 564 KB openjpeg-2.4.0-h66ea3da_0.conda 301 KB filelock-3.0.12-pyhd3eb1b0_1.tar.bz2 10 KB python_abi-3.9-2_cp39.tar.bz2 4 KB libpng-1.6.37-ha441bb4_0.conda 262 KB ipython-7.27.0-py39h01d92e1_0.conda 1012 KB attrs-21.2.0-pyhd3eb1b0_0.conda 46 KB libxml2-2.9.12-hcdb78fc_0.conda 1.1 MB conda-4.10.3-py39hecd8cb5_0.conda 2.9 MB libffi-3.3-hb1e8313_2.conda 44 KB ripgrep-12.1.1-0.conda 1.3 MB ruamel_yaml-0.15.100-py39h9ed2024_0.conda 252 KB pandas-1.3.2-py39h5008ddb_0.conda 9.2 MB brotli-1.0.9-hb1e8313_2.conda 398 KB wheel-0.36.2-pyhd3eb1b0_0.conda 33 KB pillow-8.3.1-py39ha4cf6ea_0.conda 602 KB libcxx-10.0.0-1.conda 760 KB py-1.10.0-pyhd3eb1b0_0.conda 76 KB importlib_metadata-4.8.1-hd3eb1b0_0.conda 11 KB munkres-1.1.4-py_0.conda 13 KB pip-21.1.3-py39hecd8cb5_0.conda 1.8 MB pandocfilters-1.4.3-py39hecd8cb5_1.conda 14 KB tqdm-4.62.2-pyhd3eb1b0_1.conda 96 KB libgfortran-3.0.1-h93005f0_2.conda 426 KB pluggy-0.13.1-py39hecd8cb5_0.conda 33 KB wcwidth-0.2.5-pyhd3eb1b0_0.conda 26 KB traitlets-5.0.5-pyhd3eb1b0_0.tar.bz2 81 KB async_generator-1.10-pyhd3eb1b0_0.tar.bz2 23 KB setuptools-58.0.4-py39hecd8cb5_0.conda 792 KB libsodium-1.0.18-h1de35cc_0.conda 236 KB beautifulsoup4-4.10.0-pyh06a4308_0.conda 85 KB jupyterlab_pygments-0.1.2-py_0.conda 8 KB six-1.16.0-pyhd3eb1b0_0.conda 18 KB pysocks-1.7.1-py39hecd8cb5_0.conda 31 KB lz4-c-1.9.3-h23ab428_1.conda 140 KB idna-3.2-pyhd3eb1b0_0.conda 48 KB pytz-2021.1-pyhd3eb1b0_0.conda 181 KB matplotlib-base-3.4.2-py39h8b3ea08_0.conda 5.6 MB webencodings-0.5.1-py39hecd8cb5_1.conda 20 KB pyyaml-5.4.1-py39h9ed2024_1.conda 170 KB nbclient-0.5.3-pyhd3eb1b0_0.conda 62 KB pyrsistent-0.18.0-py39h9ed2024_0.conda 89 KB fonttools-4.25.0-pyhd3eb1b0_0.conda 632 KB terminado-0.9.4-py39hecd8cb5_0.conda 25 KB ipykernel-6.2.0-py39hecd8cb5_1.conda 192 KB zipp-3.5.0-pyhd3eb1b0_0.conda 13 KB python-dateutil-2.8.2-pyhd3eb1b0_0.conda 233 KB pyopenssl-20.0.1-pyhd3eb1b0_1.conda 49 KB psutil-5.8.0-py39h9ed2024_1.conda 334 KB chardet-4.0.0-py39hecd8cb5_1003.conda 195 KB glob2-0.7-pyhd3eb1b0_0.tar.bz2 12 KB tzdata-2021a-h5d7bf9c_0.conda 111 KB idna-2.10-pyhd3eb1b0_0.tar.bz2 52 KB blas-1.0-openblas.conda 45 KB appnope-0.1.2-py39hecd8cb5_1001.conda 10 KB kiwisolver-1.3.1-py39h23ab428_0.conda 53 KB cycler-0.10.0-py39hecd8cb5_0.conda 16 KB nbconvert-6.1.0-py39hecd8cb5_0.conda 484 KB pygments-2.10.0-pyhd3eb1b0_0.conda 725 KB openssl-1.1.1k-h9ed2024_0.conda 2.2 MB pickleshare-0.7.5-pyhd3eb1b0_1003.conda 13 KB zeromq-4.3.4-h23ab428_0.conda 289 KB 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conda-4.10.3-py39h6e9494a_2.tar.bz2 Removed lcms2-2.12-hf1fd2bf_0.conda Removed packaging-21.0-pyhd3eb1b0_0.conda Removed ncurses-6.2-h0a44026_1.conda Removed xz-5.2.5-h1de35cc_0.conda Removed readline-8.1-h9ed2024_0.conda Removed libiconv-1.16-h1de35cc_0.conda Removed jupyter_client-7.0.1-pyhd3eb1b0_0.conda Removed libcxx-12.0.0-h2f01273_0.conda Removed yaml-0.2.5-haf1e3a3_0.conda Removed bottleneck-1.3.2-py39he3068b8_1.conda Removed defusedxml-0.7.1-pyhd3eb1b0_0.conda Removed f90nml-1.3.1-pyhd8ed1ab_0.tar.bz2 WARNING: /Users/rodrigobitzer/.conda/pkgs does not exist Cache location: /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/pkgs Will remove the following packages: /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/pkgs ---------------------------------------------------------------------------------------------------- libopenblas-0.3.13-h7ddc91c_0 62.1 MB conda-4.10.3-py39h6e9494a_2 11.6 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removing requests-2.25.1-pyhd3eb1b0_0 removing ca-certificates-2021.5.30-h033912b_0 removing setuptools-52.0.0-py39hecd8cb5_0 removing wheel-0.36.2-pyhd3eb1b0_0 removing blas-1.0-openblas removing tzdata-2021a-h52ac0ba_0 removing libcxx-10.0.0-1 removing openssl-1.1.1k-h9ed2024_0 removing nomkl-3.0-0 removing matplotlib-3.4.2-py39hecd8cb5_0 removing openssl-1.1.1l-h0d85af4_0 -- Miniconda install successful! -- Found PythonLibs: /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/lib/libpython3.9.dylib (found version "3.9.5") -- Checking for Python package numpy -- found -- Checking for Python package scipy -- found -- Checking for Python package matplotlib -- found -- Checking for Python package setuptools -- found -- Checking for Python package tkinter -- found -- Checking for Python package distutils.sysconfig -- found -- Python relative site-packages location: /lib/python3.9/site-packages -- Looking for dlopen in dl -- Looking for dlopen in dl - found -- Found FLEX: /usr/bin/flex (found version "2.6.4") -- Found BISON: /usr/bin/bison (found version "2.3") -- Found X11: /opt/homebrew/include -- Looking for XOpenDisplay in /opt/homebrew/lib/libX11.dylib;/opt/homebrew/lib/libXext.dylib -- Looking for XOpenDisplay in /opt/homebrew/lib/libX11.dylib;/opt/homebrew/lib/libXext.dylib - found -- Looking for gethostbyname -- Looking for gethostbyname - found -- Looking for connect -- Looking for connect - found -- Looking for remove -- Looking for remove - found -- Looking for shmat -- Looking for shmat - found -- Looking for IceConnectionNumber in ICE -- Looking for IceConnectionNumber in ICE - found -- Found Perl: /usr/bin/perl (found version "5.30.2") -- Found perl make: /opt/homebrew/opt/make/libexec/gnubin/make -- Perl modules well be installed to AMBERHOME/lib/perl -- Running updater... -- >>> Preparing to apply updates... please wait. -- >>> No new updates available for AmberTools 21 -- >>> No new updates available for Amber 20 -- Updater done. If you want to install updates, then set the APPLY_UPDATES variable to true. -- Checking whether to use built-in libraries... -- Looking for pthread.h -- Looking for pthread.h - found -- Performing Test CMAKE_HAVE_LIBC_PTHREAD -- Performing Test CMAKE_HAVE_LIBC_PTHREAD - Success -- Found Threads: TRUE -- Looking for complex.h -- Looking for complex.h - found CMake Warning (dev) at /Applications/CMake.app/Contents/share/cmake-3.21/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:438 (message): The package name passed to `find_package_handle_standard_args` (OpenMP_C) does not match the name of the calling package (OpenMPFixed). This can lead to problems in calling code that expects `find_package` result variables (e.g., `_FOUND`) to follow a certain pattern. Call Stack (most recent call first): cmake/patched-cmake-modules/FindOpenMPFixed.cmake:408 (find_package_handle_standard_args) cmake/hanjianwei/FindMKL.cmake:194 (find_package) cmake/3rdPartyTools.cmake:213 (find_package) CMakeLists.txt:190 (include) This warning is for project developers. Use -Wno-dev to suppress it. -- Could NOT find OpenMP_C (missing: OpenMP_C_FLAGS OpenMP_C_LIB_NAMES) (found version "1.0") CMake Warning (dev) at /Applications/CMake.app/Contents/share/cmake-3.21/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:438 (message): The package name passed to `find_package_handle_standard_args` (OpenMP_CXX) does not match the name of the calling package (OpenMPFixed). This can lead to problems in calling code that expects `find_package` result variables (e.g., `_FOUND`) to follow a certain pattern. Call Stack (most recent call first): cmake/patched-cmake-modules/FindOpenMPFixed.cmake:408 (find_package_handle_standard_args) cmake/hanjianwei/FindMKL.cmake:194 (find_package) cmake/3rdPartyTools.cmake:213 (find_package) CMakeLists.txt:190 (include) This warning is for project developers. Use -Wno-dev to suppress it. -- Could NOT find OpenMP_CXX (missing: OpenMP_CXX_FLAGS OpenMP_CXX_LIB_NAMES) (found version "1.0") CMake Warning (dev) at /Applications/CMake.app/Contents/share/cmake-3.21/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:438 (message): The package name passed to `find_package_handle_standard_args` (OpenMP_Fortran) does not match the name of the calling package (OpenMPFixed). This can lead to problems in calling code that expects `find_package` result variables (e.g., `_FOUND`) to follow a certain pattern. Call Stack (most recent call first): cmake/patched-cmake-modules/FindOpenMPFixed.cmake:408 (find_package_handle_standard_args) cmake/hanjianwei/FindMKL.cmake:194 (find_package) cmake/3rdPartyTools.cmake:213 (find_package) CMakeLists.txt:190 (include) This warning is for project developers. Use -Wno-dev to suppress it. -- Found OpenMP_Fortran: -fopenmp (found version "4.5") -- Performing Test SUPPORTS_NO_AS_NEEDED -- Performing Test SUPPORTS_NO_AS_NEEDED - Failed -- Performing Test CMath_LINKS_WITHOUT_M -- Performing Test CMath_LINKS_WITHOUT_M - Success -- Found CMath: TRUE -- Could NOT find MKL (missing: MKL_INTERFACE_LIBRARY MKL_GFORTRAN_INTERFACE_LIBRARY MKL_INTEL_THREADING_LIBRARY MKL_CORE_LIBRARY OpenMP_C_FOUND MKL_WORKS MKL_FORTRAN_WORKS) -- Looking for fftw_execute in libfftw3.dylib -- Looking for fftw_execute in libfftw3.dylib - found -- Looking for fftw_cleanup in libfftw3.dylib -- Looking for fftw_cleanup in libfftw3.dylib - found -- Found FFTW: /opt/homebrew/lib/libfftw3.dylib -- Looking for nc_strerror in netcdf -- Looking for nc_strerror in netcdf - found -- Performing Test NetCDF_F90_WORKS -- Performed Test NetCDF_F90_WORKS - Success -- Found NetCDF: 1 found components: F77 F90 -- Could NOT find XBLAS (missing: XBLAS_LIBRARY XBLAS_C_WORKS XBLAS_FORTRAN_WORKS) -- Looking for Fortran dgemm -- Looking for Fortran dgemm - found -- A library with BLAS API found. -- Looking for Fortran cheev -- Looking for Fortran cheev - found -- A library with LAPACK API found. -- The ARPACK library was not found. Please set ARPACK_LIBRARY to point to it. (missing: ARPACK_LIBRARY ARPACK_WORKS) -- Could not find some or all of the five main APBS libraries. Please set APBS_GENERIC_LIB, APBS_ROUTINES_LIB, APBS_PMGC_LIB, APBS_MG_LIB, and APBS_MALOC_LIB to point to the correct libraries (missing: APBS_API_LIB APBS_ROUTINES_LIB APBS_MG_LIB APBS_PMGC_LIB APBS_GENERIC_LIB APBS_MALOC_LIB APBS_WORKS APBS_INCLUDES) The operation couldn’t be completed. Unable to locate a Java Runtime. Please visit http://www.java.com for information on installing Java. -- Could NOT find JNI (missing: JAVA_INCLUDE_PATH JAVA_INCLUDE_PATH2 JAVA_AWT_INCLUDE_PATH) -- Could NOT find PUPIL (missing: PUPIL_MAIN_LIB PUPIL_BLIND_LIB PUPIL_TIME_LIB JNI_FOUND PUPIL_WORKS) -- Could NOT find LIO (missing: LIO_G2G_LIBRARY LIO_AMBER_LIBRARY LIO_WORKS) -- Could NOT find PLUMED (missing: PLUMED_LIBRARY PLUMED_KERNEL_LIBRARY PLUMED_INCLUDES PLUMED_WORKS) (Required is at least version "2.5") -- Found ZLIB: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX11.3.sdk/usr/lib/libz.tbd (found version "1.2.11") -- Found BZip2: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX11.3.sdk/usr/lib/libbz2.tbd (found version "1.0.6") -- Looking for BZ2_bzCompressInit -- Looking for BZ2_bzCompressInit - found -- Checking for perl module Chemistry::Mol -- Checking for perl module Chemistry::Mol - failed -- Checking for perl module ExtUtils::MakeMaker -- Checking for perl module ExtUtils::MakeMaker - found at /System/Library/Perl/5.30/ExtUtils/MakeMaker.pm -- Failed to find Perl modules: Chemistry::Mol (missing: PERLMODULES_CHEMISTRY_MOL_MODULE) -- Found Boost: /opt/homebrew/lib/cmake/Boost-1.76.0/BoostConfig.cmake (found version "1.76.0") found components: thread system program_options iostreams regex timer chrono filesystem graph -- Looking for boost::system::system_error() in libboost_thread-mt.dylib libboost_system-mt.dylib libboost_program_options-mt.dylib libboost_iostreams-mt.dylib libboost_regex-mt.dylib libboost_chrono-mt.dylib libboost_timer-mt.dylib libboost_chrono-mt.dylib libboost_filesystem-mt.dylib libboost_regex-mt.dylib libboost_graph-mt.dylib -- Looking for boost::system::system_error() in libboost_thread-mt.dylib libboost_system-mt.dylib libboost_program_options-mt.dylib libboost_iostreams-mt.dylib libboost_regex-mt.dylib libboost_chrono-mt.dylib libboost_timer-mt.dylib libboost_chrono-mt.dylib libboost_filesystem-mt.dylib libboost_regex-mt.dylib libboost_graph-mt.dylib - found -- Looking for boost::iostreams::bzip2_decompressor() and boost::iostreams::gzip_decompressor() in libboost_thread-mt.dylib libboost_system-mt.dylib libboost_program_options-mt.dylib libboost_iostreams-mt.dylib libboost_regex-mt.dylib libboost_chrono-mt.dylib libboost_timer-mt.dylib libboost_chrono-mt.dylib libboost_filesystem-mt.dylib libboost_regex-mt.dylib libboost_graph-mt.dylib -- Looking for boost::iostreams::bzip2_decompressor() and boost::iostreams::gzip_decompressor() in libboost_thread-mt.dylib libboost_system-mt.dylib libboost_program_options-mt.dylib libboost_iostreams-mt.dylib libboost_regex-mt.dylib libboost_chrono-mt.dylib libboost_timer-mt.dylib libboost_chrono-mt.dylib libboost_filesystem-mt.dylib libboost_regex-mt.dylib libboost_graph-mt.dylib - found -- Could NOT find MBX (missing: MBX_DIR) -- Could not find MBX. To locate it, add its install dir to the prefix path. -- The following libraries were found on your system, but are not being used: boost -- This is because the Amber devs have frequently seen broken installs of these libraries causing trouble. -- To tell Amber to link to these libraries, you can select individual ones using -DFORCE_EXTERNAL_LIBS=. -- Alternatively, you can request that Amber link to all libraries it finds using -DTRUST_SYSTEM_LIBS=TRUE. -- Cannot find PLUMED. You will still be able to load it at runtime. If you want to link it at build time, set PLUMED_ROOT to where you installed it. -- Looking for mkstemp -- Looking for mkstemp - found -- Generating amber source scripts -- Configuring subdirs... -- Detecting Fortran/C Interface -- Detecting Fortran/C Interface - Found GLOBAL and MODULE mangling -- Verifying Fortran/C Compiler Compatibility -- Verifying Fortran/C Compiler Compatibility - Success -- Looking for fpu_control.h -- Looking for fpu_control.h - not found -- Reticulating splines... -- Looking for sscanf -- Looking for sscanf - found -- Looking for stat -- Looking for stat - found -- Looking for sys/types.h -- Looking for sys/types.h - found -- Looking for stdint.h -- Looking for stdint.h - found -- Looking for stddef.h -- Looking for stddef.h - found -- Check size of long double -- Check size of long double - done -- Looking for getline -- Looking for getline - found -- Performing Test SUPPORTS_WNO_UNUSED_RESULT -- Performing Test SUPPORTS_WNO_UNUSED_RESULT - Success -- Looking for backtrace -- Looking for backtrace - found -- Looking for getopt.h -- Looking for getopt.h - found -- Looking for sys/param.h -- Looking for sys/param.h - found -- Looking for sys/dir.h -- Looking for sys/dir.h - found -- Looking for dirent.h -- Looking for dirent.h - found -- Looking for string.h -- Looking for string.h - found -- Looking for strings.h -- Looking for strings.h - found -- Looking for pwd.h -- Looking for pwd.h - found -- Looking for stdbool.h -- Looking for stdbool.h - found -- Looking for sys/time.h -- Looking for sys/time.h - found -- Looking for Windows.h -- Looking for Windows.h - not found -- Looking for X11/Xmd.h -- Looking for X11/Xmd.h - found -- Looking for toupper -- Looking for toupper - found -- Looking for tolower -- Looking for tolower - found -- Check size of BOOL -- Check size of BOOL - done -- Check size of _Bool -- Check size of _Bool - done If you can't see the following build report, then you need to turn off COLOR_CMAKE_MESSAGES -- ************************************************************************** -- Build Report -- Compiler Flags: -- C No-Opt:   -Wall -Wno-unused-function -O0 -- C Optimized:   -Wall -Wno-unused-function -O3 -mtune=native -- -- CXX No-Opt:   -Wall -Wno-unused-function -stdlib=libc++ -O0 -- CXX Optimized:   -Wall -Wno-unused-function -stdlib=libc++ -O3 -mtune=native -- -- Fortran No-Opt:   -Wall -Wno-tabs -Wno-unused-function -ffree-line-length-none -Wno-unused-dummy-argument -Wno-unused-variable -fallow-argument-mismatch -fno-inline-arg-packing -O0 -- Fortran Optimized:  -Wall -Wno-tabs -Wno-unused-function -ffree-line-length-none -Wno-unused-dummy-argument -Wno-unused-variable -fallow-argument-mismatch -fno-inline-arg-packing -O3 -- -- 3rd Party Libraries -- ---building bundled: ----------------------------------------------------- -- arpack - for fundamental linear algebra calculations -- ucpp - used as a preprocessor for the NAB compiler -- xblas - used for high-precision linear algebra calculations -- boost - C++ support library -- perlmol - chemistry library used by FEW -- ---using installed: ------------------------------------------------------ -- blas - for fundamental linear algebra calculations -- lapack - for fundamental linear algebra calculations -- netcdf - for creating trajectory data files -- netcdf-fortran - for creating trajectory data files from Fortran -- fftw - used to do Fourier transforms very quickly -- zlib - for various compression and decompression tasks -- libbz2 - for bzip2 compression in cpptraj -- libm - for fundamental math routines if they are not contained in the C library -- ---disabled: ------------------------------------------------ -- c9x-complex - used as a support library on systems that do not have C99 complex.h support -- lio - used by Sander to run certain QM routines on the GPU -- apbs - used by Sander as an alternate Poisson-Boltzmann equation solver -- pupil - used by Sander as an alternate user interface -- plumed - used as an alternate MD backend for Sander -- mkl - alternate implementation of lapack and blas that is tuned for speed -- mbx - computes energies and forces for pmemd with the MB-pol model -- Features: -- MPI: OFF -- OpenMP: OFF -- CUDA: OFF -- Build Shared Libraries: ON -- Build GUI Interfaces: ON -- Build Python Programs: ON -- -Python Interpreter: Internal Miniconda (version 3.9) -- Build Perl Programs: ON -- Build configuration: RELEASE -- Target Processor: arm64v8 -- Build Documentation: OFF -- Sander Variants: normal LES API LES-API -- Install location: /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20/ -- Installation of Tests: ON -- Compilers: --  C: AppleClang 13.0.0.13000029 (/usr/bin/clang) --  CXX: AppleClang 13.0.0.13000029 (/usr/bin/clang++) --  Fortran: GNU 11.1.0 (/opt/homebrew/bin/gfortran) -- Building Tools: -- addles amberlite ambpdb antechamber cifparse cphstats cpptraj emil etc few gbnsr6 gem.pmemd leap lib mdgx mm_pbsa mmpbsa_py moft nab ndiff-2.00 nfe-umbrella-slice nmode nmr_aux packmol_memgen paramfit parmed pbsa pdb4amber pmemd pymsmt pysander pytraj reduce rism sander saxs sebomd sff sqm xray xtalutil -- NOT Building Tools: -- quick - BUILD_QUICK is not enabled -- reaxff_puremd - BUILD_REAXFF_PUREMD is not enabled -- gpu_utils - Requires CUDA -- ************************************************************************** -- Environment resource files are provided to set the proper environment -- variables to use AMBER and AmberTools. This is required to run any Python -- programs (like MMPBSA.py, ParmEd, MCPB.py, and pytraj) -- -- If you use a Bourne shell (e.g., bash, sh, zsh, etc.), source the -- /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20//amber.sh file in your shell. Consider adding the line -- test -f /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20//amber.sh && source /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20//amber.sh -- to your startup file (e.g., ~/.bashrc) -- -- If you use a C shell (e.g., csh, tcsh), source the -- /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20//amber.csh file in your shell. Consider adding the line -- test -f /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20//amber.csh && source /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20//amber.csh -- to your startup file (e.g., ~/.cshrc) -- -- NOTE: MacOS users might need to source it in ~/.bash_profile file -- Amber will be installed to /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20/ -- Configuring done -- Generating done -- Build files have been written to: /Users/rodrigobitzer/Documents/RESEARCH/MD/amber/amber20_src/build