[AMBER] TI in membrane system

From: Rafał Madaj <rmadaj.cbmm.lodz.pl>
Date: Mon, 27 Sep 2021 10:22:36 +0200

Hi,

I'd like to perform TI in system containing both lipid membrane and protein.

Once I perform step, when ligands are just solvated the process runs
smoothly, whereas when complexed, pmemd returns error:

At line 2410 of file ti.F90 (unit = 6, file = 'ti001.out')
Fortran runtime error: Expected REAL for item 1 in formatted transfer,
got INTEGER
(1x,'SC_UBANG=   ',f11.4,2x,'SC_DIH_IMP= ',f11.4,2x,'SC_CMAP=       
',f11.4)
                    ^

Error termination. Backtrace:
#0  0x7fdf8441ed21 in ???
#1  0x7fdf8441f869 in ???
#2  0x7fdf8442054f in ???
#3  0x7fdf84656061 in ???
#4  0x7fdf84662b82 in ???
#5  0x7fdf846663a5 in ???
#6  0x7fdf846669d3 in ???
#7  0x55df247767f2 in ???
#8  0x55df2470bd92 in ???
#9  0x55df247458b4 in ???
#10  0x55df24691d9e in ???
#11  0x7fdf83eb90b2 in ???
#12  0x55df246a850d in ???
#13  0xffffffffffffffff in ???


***OUT FILE***

--------------------------------------------------------------------------------
    4.  RESULTS
--------------------------------------------------------------------------------

    DOF for the SC part  1 of the system:    3
    DOF for the SC part  2 of the system:   86
    SHAKE constraints in the SC region:   19

MBAR Energy analysis:
Energy at 0.0092 = -522482.9228
Energy at 0.0479 = -522475.2966
Energy at 0.1151 = -522461.7831
Energy at 0.2063 = -522440.3513
Energy at 0.3161 = -522404.3349
Energy at 0.4374 = -522337.9366
Energy at 0.5626 = -522204.2131
Energy at 0.6839 = -521909.2443
Energy at 0.7937 = -521177.7391
Energy at 0.8849 = -519000.4167
Energy at 0.9521 = -509750.3201
Energy at 0.9908 = -390980.1433
  ------------------------------------------------------------------------------


| TI region  1


  NSTEP =    10000   TIME(PS) =   20030.000  TEMP(K) =   300.27 PRESS
=   -94.3
  Etot   =   -418797.7541  EKtot   =    103685.1686  EPtot      =
-522482.9228
  BOND   =      5799.6408  ANGLE   =     21406.6417  DIHED =     13243.1268
  UB     =         0.0000  IMP     =         0.0000  CMAP =       517.6329
  1-4 NB =      5319.5165  1-4 EEL =    -32928.7752  VDWAALS =    
40541.1895
  EELEC  =   -576381.8958  EHBOND  =         0.0000  RESTRAINT =        
0.0000
  EKCMT  =     37327.9164  VIRIAL  =     41948.0636  VOLUME     =
2267970.8917
                                                     Density =        
0.7263
  DV/DL  =       199.3323
  ------------------------------------------------------------------------------

   Softcore part of the system:       1 atoms,       TEMP(K) =        
588.15
  SC_Etot=         9.7025  SC_EKtot=         1.7532  SC_EPtot =        
7.9494
  SC_BOND=         0.1518  SC_ANGLE=         4.3406  SC_DIHED =        
3.4569
  SC_14NB=         0.0000  SC_14EEL=         0.0000  SC_VDW =         0.0000
  SC_EEL =         0.0000


***END OF OUT***

Has anyone encountered such error and fixed it somehow?

Error occurs both in pmemd.cuda and pmemd.MPI.

Best,

Rafal

-- 
dr inż. Rafał Madaj
Dział Chemii Bioorganicznej
Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN
----------------------------------------------------
"Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych Polskiej Akademii Nauk, ul. Sienkiewicza 112, 90-363 Łódź. Przetwarzamy dane osobowe w celu wykonywania działalności Instytutu, w szczególności w zakresie prowadzenia badań naukowych w zakresie nauk chemicznych, fizycznych i technicznych oraz upowszechniania wyników tych badań czy też wykonywania umów w zakresie realizowania projektów badawczych, praktyk, staży, konferencji naukowych, stypendiów, przeprowadzanych przewodów doktorskich/habilitacyjnych. Przechowujemy dane przez okres niezbędny do realizacji ww. celów, dochodzenia lub obrony roszczeń oraz przez czas wymagany przepisami prawa. Ma Pani/Pan prawo dostępu do informacji o przetwarzaniu danych, prawo żądania ich sprostowania, usunięcia, prawo do sprzeciwu wobec przetwarzania, prawo do przenoszenia danych oraz prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych. Decyzji wobec Pani/Pana danych osobowych nie podejmujemy w sposób zautomatyzowany, w tym nie dokonujemy profilowania. Szczegółowe informacje o ochronie danych osobowych zgodnie z RODO znajdują się na stronie www.cbmm.lodz.pl. W sprawach ochrony danych osobowych prosimy o kontakt z naszym Inspektorem Ochrony Danych pod adresem: e-mail: iod.cbmm.lodz.pl".



_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber

Received on Mon Sep 27 2021 - 01:30:02 PDT
Custom Search