Hi,
I'd like to perform TI in system containing both lipid membrane and protein.
Once I perform step, when ligands are just solvated the process runs
smoothly, whereas when complexed, pmemd returns error:
At line 2410 of file ti.F90 (unit = 6, file = 'ti001.out')
Fortran runtime error: Expected REAL for item 1 in formatted transfer,
got INTEGER
(1x,'SC_UBANG= ',f11.4,2x,'SC_DIH_IMP= ',f11.4,2x,'SC_CMAP=
',f11.4)
^
Error termination. Backtrace:
#0 0x7fdf8441ed21 in ???
#1 0x7fdf8441f869 in ???
#2 0x7fdf8442054f in ???
#3 0x7fdf84656061 in ???
#4 0x7fdf84662b82 in ???
#5 0x7fdf846663a5 in ???
#6 0x7fdf846669d3 in ???
#7 0x55df247767f2 in ???
#8 0x55df2470bd92 in ???
#9 0x55df247458b4 in ???
#10 0x55df24691d9e in ???
#11 0x7fdf83eb90b2 in ???
#12 0x55df246a850d in ???
#13 0xffffffffffffffff in ???
***OUT FILE***
--------------------------------------------------------------------------------
4. RESULTS
--------------------------------------------------------------------------------
DOF for the SC part 1 of the system: 3
DOF for the SC part 2 of the system: 86
SHAKE constraints in the SC region: 19
MBAR Energy analysis:
Energy at 0.0092 = -522482.9228
Energy at 0.0479 = -522475.2966
Energy at 0.1151 = -522461.7831
Energy at 0.2063 = -522440.3513
Energy at 0.3161 = -522404.3349
Energy at 0.4374 = -522337.9366
Energy at 0.5626 = -522204.2131
Energy at 0.6839 = -521909.2443
Energy at 0.7937 = -521177.7391
Energy at 0.8849 = -519000.4167
Energy at 0.9521 = -509750.3201
Energy at 0.9908 = -390980.1433
------------------------------------------------------------------------------
| TI region 1
NSTEP = 10000 TIME(PS) = 20030.000 TEMP(K) = 300.27 PRESS
= -94.3
Etot = -418797.7541 EKtot = 103685.1686 EPtot =
-522482.9228
BOND = 5799.6408 ANGLE = 21406.6417 DIHED = 13243.1268
UB = 0.0000 IMP = 0.0000 CMAP = 517.6329
1-4 NB = 5319.5165 1-4 EEL = -32928.7752 VDWAALS =
40541.1895
EELEC = -576381.8958 EHBOND = 0.0000 RESTRAINT =
0.0000
EKCMT = 37327.9164 VIRIAL = 41948.0636 VOLUME =
2267970.8917
Density =
0.7263
DV/DL = 199.3323
------------------------------------------------------------------------------
Softcore part of the system: 1 atoms, TEMP(K) =
588.15
SC_Etot= 9.7025 SC_EKtot= 1.7532 SC_EPtot =
7.9494
SC_BOND= 0.1518 SC_ANGLE= 4.3406 SC_DIHED =
3.4569
SC_14NB= 0.0000 SC_14EEL= 0.0000 SC_VDW = 0.0000
SC_EEL = 0.0000
***END OF OUT***
Has anyone encountered such error and fixed it somehow?
Error occurs both in pmemd.cuda and pmemd.MPI.
Best,
Rafal
--
dr inż. Rafał Madaj
Dział Chemii Bioorganicznej
Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN
----------------------------------------------------
"Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych Polskiej Akademii Nauk, ul. Sienkiewicza 112, 90-363 Łódź. Przetwarzamy dane osobowe w celu wykonywania działalności Instytutu, w szczególności w zakresie prowadzenia badań naukowych w zakresie nauk chemicznych, fizycznych i technicznych oraz upowszechniania wyników tych badań czy też wykonywania umów w zakresie realizowania projektów badawczych, praktyk, staży, konferencji naukowych, stypendiów, przeprowadzanych przewodów doktorskich/habilitacyjnych. Przechowujemy dane przez okres niezbędny do realizacji ww. celów, dochodzenia lub obrony roszczeń oraz przez czas wymagany przepisami prawa. Ma Pani/Pan prawo dostępu do informacji o przetwarzaniu danych, prawo żądania ich sprostowania, usunięcia, prawo do sprzeciwu wobec przetwarzania, prawo do przenoszenia danych oraz prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych. Decyzji wobec Pani/Pana danych osobowych nie podejmujemy w sposób zautomatyzowany, w tym nie dokonujemy profilowania. Szczegółowe informacje o ochronie danych osobowych zgodnie z RODO znajdują się na stronie www.cbmm.lodz.pl. W sprawach ochrony danych osobowych prosimy o kontakt z naszym Inspektorem Ochrony Danych pod adresem: e-mail: iod.cbmm.lodz.pl".
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
- text/plain attachment: ti.in
Received on Mon Sep 27 2021 - 01:30:02 PDT
