[AMBER] Restart/Reference file for targeted MD

From: Rafał Madaj <rmadaj.cbmm.lodz.pl>
Date: Tue, 21 Sep 2021 14:16:27 +0200

Dear all,

I'm trying to perform targeted Molecular Dynamics. I have initial and
final conformation of the protein in pdb and I would like to apply tMD,
using final conformation as a reference structure.

However, tleap generates rst7 files that differ by *several solvent
molecules*.

What is certain, when applying:

sander -O -i prod.in -o prod.out -p start.parm7 -c start.rst7 -r
start_tmd.rst7 -ref reference.rst7

Amber in prod.out returns error of:

*NATOM mismatch in constraint coord and topology files*

I tried truncating reference rst7 file by these several solvent
molecules using CPPTRAJ, but then in prod.out it yields:

    5.  REFERENCE ATOM COORDINATES


     ----- READING GROUP     1; TITLE:


*     rfree: End of file on unit   5*


How can I generate two rst7 files containing different conformations of
one  protein from pdb files that will match one topology file?

Regards,

Rafal 

-- 
dr inż. Rafał Madaj	
Dział Chemii Bioorganicznej
Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN
----------------------------------------------------
"Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych Polskiej Akademii Nauk, ul. Sienkiewicza 112, 90-363 Łódź. Przetwarzamy dane osobowe w celu wykonywania działalności Instytutu, w szczególności w zakresie prowadzenia badań naukowych w zakresie nauk chemicznych, fizycznych i technicznych oraz upowszechniania wyników tych badań czy też wykonywania umów w zakresie realizowania projektów badawczych, praktyk, staży, konferencji naukowych, stypendiów, przeprowadzanych przewodów doktorskich/habilitacyjnych. Przechowujemy dane przez okres niezbędny do realizacji ww. celów, dochodzenia lub obrony roszczeń oraz przez czas wymagany przepisami prawa. Ma Pani/Pan prawo dostępu do informacji o przetwarzaniu danych, prawo żądania ich sprostowania, usunięcia, prawo do sprzeciwu wobec przetwarzania, prawo do przenoszenia danych oraz prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych. Decyzji wobec Pani/Pana danych osobowych nie podejmujemy w sposób zautomatyzowany, w tym nie dokonujemy profilowania. Szczegółowe informacje o ochronie danych osobowych zgodnie z RODO znajdują się na stronie www.cbmm.lodz.pl. W sprawach ochrony danych osobowych prosimy o kontakt z naszym Inspektorem Ochrony Danych pod adresem: e-mail: iod.cbmm.lodz.pl".

_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber

Received on Tue Sep 21 2021 - 05:30:02 PDT
Custom Search