Dear all,
I am trying to run MMGBSA.py.MPI for membrane bound protein, However, it
yields error:
/mpirun -np 8 MMPBSA.py.MPI -O -i GB.in -o combined_GB_test.dat -cp
com.parm7 -rp prot.parm7 -lp lig.parm7 -y
../postprocessing/merged_centered.nc//
/
Loading and checking parameter files for compatibility...
mmpbsa_py_energy found! Using /home/rmadeye/amber18/bin/mmpbsa_py_energy
cpptraj found! Using /home/rmadeye/amber18/bin/cpptraj
Preparing trajectories for simulation...
1801 frames were processed by cpptraj for use in calculation.
Running calculations on normal system...
Beginning GB calculations with /home/rmadeye/amber18/bin/mmpbsa_py_energy
calculating complex contribution...
File "/home/rmadeye/amber18/bin/MMPBSA.py.MPI", line 100, in <module>
app.run_mmpbsa()
File
"/home/rmadeye/amber18/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/main.py",
line 218, in run_mmpbsa
self.calc_list.run(rank, self.stdout)
File
"/home/rmadeye/amber18/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py",
line 82, in run
calc.run(rank, stdout=stdout, stderr=stderr)
File
"/home/rmadeye/amber18/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py",
line 157, in run
self.prmtop))
CalcError: /home/rmadeye/amber18/bin/mmpbsa_py_energy failed with prmtop
com.parm7!
Error occured on rank 6.
Exiting. All files have been retained.
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 6 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.
NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------------------------------------
My GB.in file:
Input file for running PB and GB
&general
interval = 10, keep_files=0,
/
&gb
igb=8, saltcon = 0.15,
/
------------------------
What is interesting, *using serial version yields expected results,
without any errors* (although it takes ages to complete). I encountered
this error only for membrane-bound protein, for typical proteins
calculations complete without any problems.
What can I do to run MPI version?
Best,
Rafal
--
dr inż. Rafał Madaj
Dział Chemii Bioorganicznej
Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN
----------------------------------------------------
"Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych Polskiej Akademii Nauk, ul. Sienkiewicza 112, 90-363 Łódź. Przetwarzamy dane osobowe w celu wykonywania działalności Instytutu, w szczególności w zakresie prowadzenia badań naukowych w zakresie nauk chemicznych, fizycznych i technicznych oraz upowszechniania wyników tych badań czy też wykonywania umów w zakresie realizowania projektów badawczych, praktyk, staży, konferencji naukowych, stypendiów, przeprowadzanych przewodów doktorskich/habilitacyjnych. Przechowujemy dane przez okres niezbędny do realizacji ww. celów, dochodzenia lub obrony roszczeń oraz przez czas wymagany przepisami prawa. Ma Pani/Pan prawo dostępu do informacji o przetwarzaniu danych, prawo żądania ich sprostowania, usunięcia, prawo do sprzeciwu wobec przetwarzania, prawo do przenoszenia danych oraz prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych. Decyzji wobec Pani/Pana danych osobowych nie podejmujemy w sposób zautomatyzowany, w tym nie dokonujemy profilowania. Szczegółowe informacje o ochronie danych osobowych zgodnie z RODO znajdują się na stronie www.cbmm.lodz.pl. W sprawach ochrony danych osobowych prosimy o kontakt z naszym Inspektorem Ochrony Danych pod adresem: e-mail: iod.cbmm.lodz.pl".
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Fri Aug 20 2021 - 02:00:02 PDT
