#BL/MC le 01/10/10
#Détermination de structures à partir de contraintes RMN dans le vide.

#Création des fichiers paramètres et de coordonnées à partir d'un fichier mol2 (SYBYL/Sirius...).

#antechamber -i  testsirius4.mol2 -fi mol2 -o ./prep/testsirius4.prepin -fo prepi -c bcc -s 2  -nc 4 > ./prep/antechamber.out 
#parmchk -i ./prep/testsirius4.prepin -f prepi -o ./prep/testsirius4.frcmod
#cat > leap.in <<EOF
#source leaprc.gaff
#source leaprc.ff99SBnmr
#loadamberprep ./prep/testsirius4.prepin
#loadamberparams ./prep/testsirius4.frcmod
#saveamberparm UNK ./prep/testsirius4.prmtop ./prep/testsirius4.inpcrd
#quit
#EOF
#tleap -f leap.in > ./prep/leap.out

#Minimisation de la structure construite avant MD.
#sander -O -i min.in -o ./prep/testsirius4.out -c ./prep/testsirius4.inpcrd -p ./prep/testsirius4.prmtop -r ./prep/testsirius4.rst 
#MD à 1200K afin de générer des structures initiales.
#sander -O -i cook_heat.in -o ./init/cook_heat.out -p ./prep/testsirius4.prmtop -c ./prep/testsirius4.rst -x ./init/testsirius4.mdcrd 

#cat > trajin <<EOF
#trajin ./init/testsirius4.mdcrd
#trajout ./init/testsirius4.rst restart
#EOF
#cpptraj ./prep/testsirius4.prmtop < trajin

#Minimisation des structures initiales.
#for x in `seq 1 100`
#do
#sander -O -i min.in -o ./min/out/testsirius4_$x.out -c ./init/testsirius4.rst.$x -p ./prep/testsirius4.prmtop -r ./min/testsirius4_$x.rst
#done

#Conversion des fichiers rst en pdb.
#for x in `seq 1 100`
#do
#ambpdb -aatm -p ./prep/testsirius4.prmtop -c ./init/testsirius4.rst.$x > ./init/testsirius4_$x.pdb
#done


#Recuit simulé sous contraintes RMN (au moins 2, jusqu'à stabilisation des énergies, RMS et gradients)
for x in `seq 1 100`
do
sander -O -i sa.in -o ./sa21/out/testsirius4_$x.out -c ./min/testsirius4_$x.rst -p ./prep/testsirius4.prmtop -r ./sa21/testsirius4_$x.rst -x ./sa21/traj/testsirius4_$x.traj
done
for x in `seq 1 100`
do
sander -O -i sa.in -o ./sa22/out/testsirius4_$x.out -c ./sa21/testsirius4_$x.rst -p ./prep/testsirius4.prmtop -r ./sa22/testsirius4_$x.rst -x ./sa22/traj/testsirius4_$x.traj
done

#Conversion des fichiers rst en pdb.
for x in `seq 1 100`
do
ambpdb -aatm -p ./prep/testsirius4.prmtop -c ./sa22/testsirius4_$x.rst > ./sa22/testsirius4_$x.pdb
done

#commandes pour préparer le fichier de contraintes
#makeDIST_RST -upb UPB12.upb -pdb ./init/testsirius4_1.pdb -rst UPB12.dist -map map.C71       USE NOT PREP udse /init/testsirius4_1.pdb                    

