Creating chamber topology file from PSF Willbold_IRF_1-42_6X2.psf, RTF files [top_all36_prot.rtf], and PAR files [par_all36m_prot.prm] Coords from Willbold_IRF_1-42_6X2.pdb. Using CMAP. GB Radius set mbondi.
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT1', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT1', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT1', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT1', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT1', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT1', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT1', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT1', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT1', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT1', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT1', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT1', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT1', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT1', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT1', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT1', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT1', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT1', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT1', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT1', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT1', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT1', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT2', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT2', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
ParameterWarning: ('CC', 'OC', 'X', 'X') and ('CC', 'CT1', 'X', 'X') match improper ('CC', 'CT1', 'OC', 'OC'). Using ('CC', 'OC', 'X', 'X')
Action chamber failed
	DuplicateParm: Willbold_IRF_1-42_6X2.psf already in ParmList