source oldff/leaprc.ff99SB
source leaprc.gaff2
mol1= loadmol2 avmocntf2_monomer-a1_a.mol2
check mol1
loadamberparams avmocntf2_monomer-a1_a.frcmod
mol2= loadmol2 avmocntf2_monomer-a1_b.mol2
check mol2
loadamberparams avmocntf2_monomer-a1_b.frcmod
set mol1 tail mol1.1.H1
set mol2 head mol2.1.O1
desc mol2
desc mol1
 mol=sequence{mol1,mol2}
solvent = copy  mol 
desc mol
solvateBox  mol  solvent 20
savepdb mol avmocntf2_monomer-a1.pdb
saveamberparm mol  avmocntf2_monomer-a1.prmtop avmocntf2_monomer-a1.inpcrd
quit
