# ** Vorbereitung SM5-1_bound mit Wasserbox ** # # Load FF14SB source leaprc.ff14SB # fürs Neutralisieren mit beispielsweise Natrium-Ionen loadamberparams frcmod.ionsjc_tip3p # fürs Zink-Ion (geht nur mit Amber 14) loadamberparams frcmod.ionslm_1264_tip3p #Load pdb-file com = loadpdb capped.pdb #Löschen unerwünschter Atome # System an Achsen ausrichten alignAxes com #Glycan-Peptidbindung einfügen #bond com.211.ND2 com.318.C1 #Disulfidbrücken einfügen #bond com.82.SG com.93.SG #File ohne Wasser und Ionen rausschreiben saveAmberParm com hcmv_nowat.top hcmv_nowat.crd savepdb com hcmv_nowat.pdb # Ladungen ausgleichen addIons com Na+ 0 addIons com Cl- 0 # TIP3P H2O hinzufuegen/ 10 Angstroem Abstand solvateOct com TIP3PBOX 10.0 # Save topology/parameters and coordinates in Amber format saveAmberParm com hcmv.top hcmv.crd savepdb com hcmv_afterleap.pdb # beenden quit