Hello,
I am trying to calculate RDF with cpptraj ( amber16 ) for Dialanine in chloroform.
1) The results when using this expression seem to be ok:
radial Rad_M8_CH3_CLCen_CHCl3.txt 0.1 10.0 :2.CB,HB1,HB2,HB3 center1 :CL3.CL1,CL2,CL3 center2 volume
#Distance_(Ang) :2.CB,HB1,HB2,HB3_=>_:CL3.CL1,CL2,CL3
0.050 0.000000
0.150 0.000000
0.250 0.000000
0.350 0.000000
0.450 0.000000
0.550 0.000000
0.650 0.000000
0.750 0.000000
0.850 0.000000
0.950 0.000226
1.050 0.000000
1.150 0.000155
1.250 0.000131
1.350 0.000075
1.450 0.000065
1.550 0.000057
1.650 0.000100
1.750 0.000134
1.850 0.000179
1.950 0.000233
2.050 0.000227
2.150 0.000324
2.250 0.000444
2.350 0.000506
However this other expression fails and I don't understant why :
radial Rad_M8_NH_CLCen_CHCl3.txt 0.1 10.0 :CL3.CL1,CL2,CL3 center1 :2.H volume
#Distance_(Ang) :CL3.CL1,CL2,CL3_=>_:2.H
0.050 0.000000
0.150 0.000000
0.250 0.000000
0.350 0.000000
0.450 0.000000
0.550 0.000000
0.650 0.000000
0.750 0.000000
0.850 0.000000
0.950 0.073139
1.050 0.239525
1.150 1.997049
1.250 8.663635
1.350 28.408471
1.450 86.507489
1.550 212.667108
1.650 434.138973
1.750 763.129547
1.850 1130.629447
1.950 1385.868655
2.050 1439.241063
2.150 1242.488203
2.250 892.349340
2.350 539.441398
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Received on Wed Dec 21 2016 - 05:30:03 PST
