[AMBER] problem with extraction of potential energy for the ligand

From: Maryam Hamzehee <maryam_h_7860.yahoo.com>
Date: Wed, 10 Jun 2015 09:50:14 +0000 (UTC)

Dear Amber list
I am trying to extract potential energy for my ligand. I successfully generated the trajectory file for my ligand from the trajectory of ligand-receptor complex. I am using sander for getting the potential energy of my ligand during MD simulation but got the following error:

          -------------------------------------------------------          Amber 11 SANDER                              2010          -------------------------------------------------------
| Run on 06/10/2015 at 13:15:13  [-O]verwriting output
File Assignments:|  MDIN: lig_en_extract.in                                                     | MDOUT: lig_en_extract.out                                                    |INPCRD: lig.inpcrd                                                            |  PARM: lig.prmtop                                                            |RESTRT: restrt                                                                |  REFC: refc                                                                  | MDVEL: mdvel                                                                 |  MDEN: mden                                                                  | MDCRD: mdcrd                                                                 |MDINFO: mdinfo                                                                |  MTMD: mtmd                                                                  |INPDIP: inpdip                                                                |RSTDIP: rstdip                                                                
|INPTRA: lig_box.traj                                                          |  Here is the input file: Extracting energy                                                               &cntrl                                                                          imin=5,ntx=1,maxcyc=1                                                          cut=9999.0,ntb=0                                                               ntc=2,ntf=2                                                                    ntpr=1,ntwx=1                                                                 /                                                                                                                                                            
--------------------------------------------------------------------------------   1.  RESOURCE   USE: --------------------------------------------------------------------------------
| Flags:                                                                        |    NONPERIODIC   ntb=0 and igb=0: Setting up nonperiodic simulation|  *** cutoff > system size, list only builds once|Largest sphere to fit in unit cell has radius =    32.926| New format PARM file being parsed.| Version =    1.000 Date = 06/10/15 Time = 11:25:55 NATOM  =      32 NTYPES =       6 NBONH =      10 MBONA  =      24 NTHETH =      15 MTHETA =      36 NPHIH =      34 MPHIA  =      59 NHPARM =       0 NPARM  =       0 NNB   =     163 NRES   =       1 NBONA  =      24 NTHETA =      36 NPHIA =      59 NUMBND =      12 NUMANG =      18 NPTRA  =       8 NATYP =       9 NPHB   =       0 IFBOX  =       0 NMXRS  =      32 IFCAP =       0 NEXTRA =       0 NCOPY  =       0

|     Memory Use     Allocated|     Real                3224|     Hollerith             99|     Integer            25463|     Max Pairs            496|     nblistReal           384|     nblist Int       1012662|       Total             4085 kbytes
| Note: 1-4 EEL scale factors were NOT found in the topology file.|       Using default value of 1.2.
| Note: 1-4 VDW scale factors were NOT found in the topology file.|       Using default value of 2.0.| Duplicated    0 dihedrals| Duplicated    0 dihedrals
--------------------------------------------------------------------------------   2.  CONTROL  DATA  FOR  THE  RUN--------------------------------------------------------------------------------
QUE                                                                             
General flags:     imin    =       5, nmropt  =       0
Nature and format of input:     ntx     =       1, irest   =       0, ntrx    =       1
Nature and format of output:     ntxo    =       1, ntpr    =       1, ntrx    =       1, ntwr    =     500     iwrap   =       0, ntwx    =       1, ntwv    =       0, ntwe    =       0     ioutfm  =       0, ntwprt  =       0, idecomp =       0, rbornstat=      0
Potential function:     ntf     =       2, ntb     =       0, igb     =       0, nsnb    =      25     ipol    =       0, gbsa    =       0, iesp    =       0     dielc   =   1.00000, cut     =9999.00000, intdiel =   1.00000
Frozen or restrained atoms:     ibelly  =       0, ntr     =       0
Energy minimization:     maxcyc  =       1, ncyc    =      10, ntmin   =       1     dx0     =   0.01000, drms    =   0.00010
SHAKE:     ntc     =       2, jfastw  =       0     tol     =   0.00001|  INFO: Old style inpcrd file read

--------------------------------------------------------------------------------   3.  ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES--------------------------------------------------------------------------------
QUE                                                                              begin time read from input coords =     0.000 ps
 Number of triangulated 3-point waters found:        0
     Sum of charges from parm topology file =   0.00000000     Forcing neutrality...
--------------------------------------------------------------------------------   4.  RESULTS--------------------------------------------------------------------------------
 POST-PROCESSING OF TRAJECTORY ENERGIEStrajectory generated by ptraj                                                   minimizing coord set #     1 ---------------------------------------------------
     eedmeth=4: Setting switch to one everywhere
 ---------------------------------------------------| Local SIZE OF NONBOND LIST =        342| TOTAL SIZE OF NONBOND LIST =        342

  Maximum number of minimization cycles reached.

                    FINAL RESULTS


   NSTEP       ENERGY          RMS            GMAX         NAME    NUMBER      1      -5.0349E+01     2.2192E+01     6.9293E+01     C16        12
 BOND    =        7.2942  ANGLE   =       12.6678  DIHED      =       11.6701 VDWAALS =        5.2658  EEL     =       54.7855  HBOND      =        0.0000 1-4 VDW =       15.8415  1-4 EEL =     -157.8742  RESTRAINT  =        0.0000minimization completed, ENE= -.50349304E+02 RMS= 0.221919E+02minimizing coord set #     2 Frac coord min, max:  -0.781282269331228        1.34956817325996      The system has extended beyond      the extent of the virtual box. Restarting sander will recalculate    a new virtual box with 30 Angstroms    extra on each side, if there is a    restart file for this configuration. SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f) Atom out of bounds. If a restart has been written, restarting should resolve the error

Any help would be highly appreciated.
Best regardsMaryam
P.S. The out file is also attached. 


_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber


Received on Wed Jun 10 2015 - 03:00:03 PDT
Custom Search