[AMBER] MMGBSA pairwise decomposition - differences in Non-Polar Solv. & TOTAL for same residue pairs

From: Cassandra Churchill <churchil.ualberta.ca>
Date: Tue, 17 Mar 2015 15:53:43 -0600

Dear Amber Users & Developers,

I am using MMPBSA.py.MPI and Amber14 to run an MMGBSA calculation with a pairwise decomposition. In the FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat file, the decomposition is printed for the residues I selected in &decomp with print_res. Iíve included two lines of data for residues ASN1200 and LLM1733 below. I would have thought that the values from when Resid 1= ASN1200 and Resid 2=LLM1733 should be the same as when Resid 1= LLM1733 and Resid 2=ASN1200, but this is not the case. The decomposition values vary slightly for the Non-Polar Solv. and TOTAL terms (in bold below). Why is this?


****selection of output****

| Run on Thu Feb 26 16:30:34 2015
idecomp = 4: Pairwise decomp adding 1-4 interactions to EEL and VDW.
Energy Decomposition Analysis (All units kcal/mol): Generalized Born solvent

D,E,L,T,A,S,:
T,o,t,a,l, ,E,n,e,r,g,y, ,D,e,c,o,m,p,o,s,i,t,i,o,n,:
Resid 1,Resid 2,Internal,,,van der Waals,,,Electrostatic,,,Polar Solvation,,,Non-Polar Solv.,,,TOTAL,,
,,Avg.,Std. Dev.,Std. Err. of Mean,Avg.,Std. Dev.,Std. Err. of Mean,Avg.,Std. Dev.,Std. Err. of Mean,Avg.,Std. Dev.,Std. Err. of Mean,Avg.,Std. Dev.,Std. Err. of Mean
ASN1200,LLM1733,0.0,0.0,0.0,-2.00417594973,0.446220319394,0.00754142276048,-3.30643016281,0.744217019655,0.0125777669165,0.41414624393,0.277694377203,0.00469322127585,-1.42109285758,0.132860182202,0.00224542621317,-6.31755272619,0.632357339888,0.0106872632834
LLM1733,ASN1200,0.0,0.0,0.0,-2.00417594973,0.446220319394,0.00754142276048,-3.30643016281,0.744217019655,0.0125777669165,0.41414624393,0.277694377203,0.00469322127585,-1.4648631671,0.131428123177,0.0022212234549,-6.3613230357,0.63080595514,0.0106610438404


****input file****

MMGBSA calculation with decomposition
&general
startframe=1000, endframe=4500, interval=1, verbose=1, strip_mask=:WAT:Cl-:CIO:Cs+:IB:K+:Li+:Na+:Rb+
/
&gb
igb=8, saltcon=0.100
/
&decomp
idecomp=4, dec_verbose=0, print_res=1;2;3;4;5;6;7;8;19;20;23;24;26;27;28;29;30;31;32;33;34;35;36;37;38;39;40;41;42;43;44;45;46;47;48;49;50;51;52;53;54;55;56;57;58;59;60;61;62;63;64;65;66;72;83;84;85;86;87;88;89;90;91;108;109;110;111;112;113;114;115;116;117;118;119;120;121;122;123;124;125;126;127;128;129;130;131;132;133;134;146;147;149;150;151;152;153;154;155;156;157;158;159;160;161;162;163;164;236;237;239;240;241;242;247;248;249;250;355;494;495;496;497;498;499;500;501;504;515;517;518;519;520;521;522;523;524;530;534;535;538;539;542;1030;1062;1063;1064;1065;1066;1069;1070;1072;1073;1074;1075;1076;1077;1078;1079;1091;1094;1095;1098;1099;1102;1103;1108;1109;1110;1111;1115;1116;1118;1119;1120;1121;1122;1123;1127;1128;1129;1130;1131;1132;1133;1134;1135;1136;1137;1138;1139;1140;1141;1142;1143;1144;1145;1146;1147;1148;1149;1150;1151;1152;1153;1154;1155;1156;1157;1158;1159;1160;1161;1162;1163;1164;1165;1166;1167;1168;1169;1170;1171;1172;1173;1174;1175;1176;1177;1178;1179;1180;1181;1182;1183;1184;1185;1186;1187;1188;1189;1190;1191;1192;1193;1194;1195;1196;1197;1198;1199;1200;1201;1202;1203;1204;1205;1206;1207;1208;1209;1210;1211;1212;1213;1214;1215;1216;1217;1218;1220;1221;1224;1225;1226;1227;1228;1229;1230;1231;1232;1233;1234;1235;1236;1237;1238;1239;1240;1285;1286;1287;1288;1289;1290;1462;1463;1464;1465;1466;1467;1468;1469;1470;1471;1472;1473;1494;1495;1496;1497;1498;1499;1500;1501;1502;1503;1504;1505;1506;1507;1508;1509;1510;1511;1512;1513;1514;1515;1516;1593;1595;1656;1679;1683;1686;1687;1690;1692;1693;1732;1733

Thank you in advance for your help.

Sincerely,
Cassandra Churchill
Department of Chemistry
University of Alberta
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Tue Mar 17 2015 - 15:00:03 PDT
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