I want to use alascan,but I got a error.
error message:
Loading and checking parameter files for compatibility...
mmpbsa_py_energy found! Using /home/zl/software/amber12/bin/mmpbsa_py_energy
cpptraj found! Using /home/zl/software/amber12/bin/cpptraj
Preparing trajectories for simulation...
Error during FileIO_Std::Read: Input/output error
Error during FileIO_Std::Read: Input/output error
Mutating trajectories...
MutateError: Mismatch in atom # in residue VAL. (16 in alamdcrd.py and 27 passed in)
Exiting. All files have been retained.
the command that I used to create mutant promtop files:
sourc leaprc.ff03ua
com_mut = loadpdb complex_mutant_val115.pdb
re_mut = loadpdb receptor_mutant_val115.pdb
saveamberparm com_mut complex_mutant_val115.prmtop complex_mutant_val115.inpcrd
saveamberparm re_mut receptor_val115.prmtop receptor_val115.inpcrd
quit
从网易163邮箱发来的云附件
complex.prmtop - 复件 (2.96M, 2014年3月27日 16:39 到期)
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complex_mutant_val115 - 复件.pdb (537.69K, 2014年3月27日 16:39 到期)
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complex_mutant_val115.prmtop - 复件 (2.5M, 2014年3月27日 16:39 到期)
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complex_water.prmtop - 复件 (11.5M, 2014年3月27日 16:39 到期)
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ligand.prmtop - 复件 (904.34K, 2014年3月27日 16:40 到期)
下载
mmpbsa - 复件.in (164B, 2014年3月27日 16:40 到期)
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receptor.prmtop (2.6M, 2014年3月27日 16:40 到期)
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receptor_mutant_val115.prmtop - 复件 (2.14M, 2014年3月27日 16:40 到期)
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receptor_mutan_val115 - 复件.pdb (458.24K, 2014年3月27日 16:41 到期)
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Received on Wed Mar 12 2014 - 02:00:03 PDT
