[AMBER] FINAL_RESULTS_MMPBSA error

From: filip fratev <filipfratev.yahoo.com>
Date: Thu, 19 Dec 2013 23:23:41 -0800 (PST)

Hi all, When I use only &pb in my MMPBSA calculations I obtain a reasonable value for EPB, but when I set idecomp=3 the EPB was about 10x smaller in the final_result_mmpbsa file (EPB�� 67.5297 ). I used the same input files and all other energies are indeed identical. Is that a bug? May I consider that the decomposition energies are correct? Regards, Filip FINAL_RESULTS_MMPBSA error: Input file: |-------------------------------------------------------------- |Input file for running PB and GB |&general |startframe=8001, endframe=10000, interval=25, strip_mask=":WAT,Cl-", verbose=1, |#� entropy=1, |/ |#&gb |#� igb=2, saltcon=0.100 |#/ |&pb |� istrng=0.100, |/ |#&decomp |#� idecomp=3, print_res="68-73; 59-67; 74-96; 107-130; 157-167" |#� dec_verbose=1, |#/ |#&rism |#� polardecomp=1, thermo='gf'-------------------------------------------------------------- |MMPBSA.py Version=13.0 |Solvated complex topology file:� 2IOG.prmtop |Complex topology file:���������� complex.prmtop |Receptor topology file:��������� receptor.prmtop |Ligand topology file:����������� ligand.prmtop |Initial mdcrd(s):��������������� ProdER.mdcrd | |Receptor mask:����������������� ":1-96" |Ligand mask:������������������� ":97-181" | |Calculations performed using 80 complex frames. |Poisson Boltzmann calculations performed using internal PBSA solver in mmpbsa_py_energy | |All units are reported in kcal/mole. ------------------------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------- POISSON BOLTZMANN: Complex: Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS����������������� -1300.4345�������������� 18.8683������������� 2.1095 EEL�������������������� -12945.1069�������������� 74.5359������������� 8.3334 EPB��������������������� -1914.8786�������������� 63.0355������������� 7.0476 ENPOLAR������������������ 1402.5128��������������� 8.0609������������� 0.9012 EDISPER������������������ -873.7300��������������� 9.5301������������� 1.0655 G gas������������������ -14245.5414�������������� 71.0483������������� 7.9434 G solv������������������ -1386.0958�������������� 61.4583������������� 6.8712 TOTAL������������������ -15631.6372�������������� 37.8815������������� 4.2353 Receptor: Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS������������������ -636.0225�������������� 14.8670������������� 1.6622 EEL��������������������� -6543.5816�������������� 59.8964������������� 6.6966 EPB��������������������� -1447.8124�������������� 53.1049������������� 5.9373 ENPOLAR������������������� 785.3782��������������� 7.4245������������� 0.8301 EDISPER������������������ -537.1198�������������� 10.6839������������� 1.1945 G gas������������������� -7179.6041�������������� 60.2133������������� 6.7321 G solv������������������ -1199.5540�������������� 53.9111������������� 6.0274 TOTAL������������������� -8379.1581�������������� 30.2407������������� 3.3810 Ligand: Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS������������������ -561.7187�������������� 10.8015������������� 1.2076 EEL��������������������� -5654.4483�������������� 52.6886������������� 5.8908 EPB��������������������� -1220.6693�������������� 35.1604������������� 3.9311 ENPOLAR������������������� 699.3572��������������� 5.2038������������� 0.5818 EDISPER������������������ -481.4802��������������� 5.2586������������� 0.5879 G gas������������������� -6216.1670�������������� 52.5901������������� 5.8797 G solv������������������ -1002.7923�������������� 33.8162������������� 3.7808 TOTAL������������������� -7218.9593�������������� 37.4935������������� 4.1919 Differences (Complex - Receptor - Ligand): Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS������������������ -102.6933��������������� 5.4243������������� 0.6065 EEL���������������������� -747.0770�������������� 35.9132������������� 4.0152 EPB����������������������� 753.6030�������������� 33.1830������������� 3.7100 ENPOLAR������������������� -82.2225��������������� 3.7455������������� 0.4188 EDISPER������������������� 144.8700��������������� 4.5622������������� 0.5101 DELTA G gas�������������� -849.7703�������������� 36.6566������������� 4.0983 DELTA G solv�������������� 816.2504�������������� 33.6160������������� 3.7584 DELTA TOTAL��������������� -33.5198�������������� 10.8837������������� 1.2168 ------------------------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------- nput file for running PB and GB |&general |startframe=8001, endframe=10000, interval=25, strip_mask=":WAT,Cl-", verbose=1, |#� entropy=1, |/ |#&gb |#� igb=2, saltcon=0.100 |#/ |&pb |� istrng=0.100, |/ |&decomp |� idecomp=3, print_res="68-73; 59-67; 74-96; 107-130; 157-167" |� dec_verbose=1, |#/ |#&rism |#� polardecomp=1, thermo='gf'-------------------------------------------------------------- |MMPBSA.py Version=13.0 |Solvated complex topology file:� 2IOG.prmtop |Complex topology file:���������� complex.prmtop |Receptor topology file:��������� receptor.prmtop |Ligand topology file:����������� ligand.prmtop |Initial mdcrd(s):��������������� ProdER.mdcrd | |Receptor mask:����������������� ":1-96" |Ligand mask:������������������� ":97-181" | |Calculations performed using 80 complex frames. |Poisson Boltzmann calculations performed using internal PBSA solver in sander. | |All units are reported in kcal/mole. ------------------------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------- POISSON BOLTZMANN: Complex: Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS����������������� -1300.4345�������������� 18.8683������������� 2.1095 EEL�������������������� -12945.1069�������������� 74.5359������������� 8.3334 EPB����������������������� -53.3041��������������� 8.6451������������� 0.9666 ENPOLAR������������������ 1402.5128��������������� 8.0609������������� 0.9012 EDISPER������������������ -873.7300��������������� 9.5301������������� 1.0655 G gas������������������ -14245.5414�������������� 71.0483������������� 7.9434 G solv�������������������� 475.4787�������������� 10.1290������������� 1.1325 TOTAL������������������ -13770.0627�������������� 70.6477������������� 7.8986 Receptor: Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS������������������ -636.0225�������������� 14.8670������������� 1.6622 EEL��������������������� -6543.5816�������������� 59.8964������������� 6.6966 EPB����������������������� -40.3898�������������� 10.5803������������� 1.1829 ENPOLAR������������������� 785.3782��������������� 7.4245������������� 0.8301 EDISPER������������������ -537.1198�������������� 10.6839������������� 1.1945 G gas������������������� -7179.6041�������������� 60.2133������������� 6.7321 G solv�������������������� 207.8686�������������� 11.9526������������� 1.3363 TOTAL������������������� -6971.7355�������������� 57.7394������������� 6.4555 Ligand: Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS������������������ -561.7187�������������� 10.8015������������� 1.2076 EEL��������������������� -5654.4483�������������� 52.6886������������� 5.8908 EPB����������������������� -80.4440��������������� 9.0166������������� 1.0081 ENPOLAR������������������� 699.3572��������������� 5.2038������������� 0.5818 EDISPER������������������ -481.4802��������������� 5.2586������������� 0.5879 G gas������������������� -6216.1670�������������� 52.5901������������� 5.8797 G solv�������������������� 137.4330��������������� 8.9145������������� 0.9967 TOTAL������������������� -6078.7340�������������� 51.8037������������� 5.7918 Differences (Complex - Receptor - Ligand): Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS������������������ -102.6933��������������� 5.4243������������� 0.6065 EEL���������������������� -747.0770�������������� 35.9132������������� 4.0152 EPB������������������������ 67.5297�������������� 11.5401������������� 1.2902 ENPOLAR������������������� -82.2225��������������� 3.7455������������� 0.4188 EDISPER������������������� 144.8700��������������� 4.5622������������� 0.5101 DELTA G gas�������������� -849.7703�������������� 36.6566������������� 4.0983 DELTA G solv�������������� 130.1771�������������� 11.4431������������� 1.2794 DELTA TOTAL�������������� -719.5931�������������� 37.1032������������� 4.1483 ------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------

_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber

Received on Thu Dec 19 2013 - 23:30:02 PST
Custom Search