Hi all,
When I use only &pb in my MMPBSA calculations I obtain a reasonable value for EPB, but when I set idecomp=3 the EPB was about 10x smaller in the final_result_mmpbsa file (EPB�� 67.5297 ). I used the same input files and all other energies are indeed identical. Is that a bug? May I consider that the decomposition energies are correct?
Regards,
Filip
FINAL_RESULTS_MMPBSA error:
Input file:
|--------------------------------------------------------------
|Input file for running PB and GB
|&general
|startframe=8001, endframe=10000, interval=25, strip_mask=":WAT,Cl-", verbose=1,
|#� entropy=1,
|/
|#&gb
|#� igb=2, saltcon=0.100
|#/
|&pb
|� istrng=0.100,
|/
|#&decomp
|#� idecomp=3, print_res="68-73; 59-67; 74-96; 107-130; 157-167"
|#� dec_verbose=1,
|#/
|#&rism
|#� polardecomp=1, thermo='gf'--------------------------------------------------------------
|MMPBSA.py Version=13.0
|Solvated complex topology file:� 2IOG.prmtop
|Complex topology file:���������� complex.prmtop
|Receptor topology file:��������� receptor.prmtop
|Ligand topology file:����������� ligand.prmtop
|Initial mdcrd(s):��������������� ProdER.mdcrd
|
|Receptor mask:����������������� ":1-96"
|Ligand mask:������������������� ":97-181"
|
|Calculations performed using 80 complex frames.
|Poisson Boltzmann calculations performed using internal PBSA solver in mmpbsa_py_energy
|
|All units are reported in kcal/mole.
-------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------
POISSON BOLTZMANN:
Complex:
Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS����������������� -1300.4345�������������� 18.8683������������� 2.1095
EEL�������������������� -12945.1069�������������� 74.5359������������� 8.3334
EPB��������������������� -1914.8786�������������� 63.0355������������� 7.0476
ENPOLAR������������������ 1402.5128��������������� 8.0609������������� 0.9012
EDISPER������������������ -873.7300��������������� 9.5301������������� 1.0655
G gas������������������ -14245.5414�������������� 71.0483������������� 7.9434
G solv������������������ -1386.0958�������������� 61.4583������������� 6.8712
TOTAL������������������ -15631.6372�������������� 37.8815������������� 4.2353
Receptor:
Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS������������������ -636.0225�������������� 14.8670������������� 1.6622
EEL��������������������� -6543.5816�������������� 59.8964������������� 6.6966
EPB��������������������� -1447.8124�������������� 53.1049������������� 5.9373
ENPOLAR������������������� 785.3782��������������� 7.4245������������� 0.8301
EDISPER������������������ -537.1198�������������� 10.6839������������� 1.1945
G gas������������������� -7179.6041�������������� 60.2133������������� 6.7321
G solv������������������ -1199.5540�������������� 53.9111������������� 6.0274
TOTAL������������������� -8379.1581�������������� 30.2407������������� 3.3810
Ligand:
Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS������������������ -561.7187�������������� 10.8015������������� 1.2076
EEL��������������������� -5654.4483�������������� 52.6886������������� 5.8908
EPB��������������������� -1220.6693�������������� 35.1604������������� 3.9311
ENPOLAR������������������� 699.3572��������������� 5.2038������������� 0.5818
EDISPER������������������ -481.4802��������������� 5.2586������������� 0.5879
G gas������������������� -6216.1670�������������� 52.5901������������� 5.8797
G solv������������������ -1002.7923�������������� 33.8162������������� 3.7808
TOTAL������������������� -7218.9593�������������� 37.4935������������� 4.1919
Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS������������������ -102.6933��������������� 5.4243������������� 0.6065
EEL���������������������� -747.0770�������������� 35.9132������������� 4.0152
EPB����������������������� 753.6030�������������� 33.1830������������� 3.7100
ENPOLAR������������������� -82.2225��������������� 3.7455������������� 0.4188
EDISPER������������������� 144.8700��������������� 4.5622������������� 0.5101
DELTA G gas�������������� -849.7703�������������� 36.6566������������� 4.0983
DELTA G solv�������������� 816.2504�������������� 33.6160������������� 3.7584
DELTA TOTAL��������������� -33.5198�������������� 10.8837������������� 1.2168
-------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------
nput file for running PB and GB
|&general
|startframe=8001, endframe=10000, interval=25, strip_mask=":WAT,Cl-", verbose=1,
|#� entropy=1,
|/
|#&gb
|#� igb=2, saltcon=0.100
|#/
|&pb
|� istrng=0.100,
|/
|&decomp
|� idecomp=3, print_res="68-73; 59-67; 74-96; 107-130; 157-167"
|� dec_verbose=1,
|#/
|#&rism
|#� polardecomp=1, thermo='gf'--------------------------------------------------------------
|MMPBSA.py Version=13.0
|Solvated complex topology file:� 2IOG.prmtop
|Complex topology file:���������� complex.prmtop
|Receptor topology file:��������� receptor.prmtop
|Ligand topology file:����������� ligand.prmtop
|Initial mdcrd(s):��������������� ProdER.mdcrd
|
|Receptor mask:����������������� ":1-96"
|Ligand mask:������������������� ":97-181"
|
|Calculations performed using 80 complex frames.
|Poisson Boltzmann calculations performed using internal PBSA solver in sander.
|
|All units are reported in kcal/mole.
-------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------
POISSON BOLTZMANN:
Complex:
Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS����������������� -1300.4345�������������� 18.8683������������� 2.1095
EEL�������������������� -12945.1069�������������� 74.5359������������� 8.3334
EPB����������������������� -53.3041��������������� 8.6451������������� 0.9666
ENPOLAR������������������ 1402.5128��������������� 8.0609������������� 0.9012
EDISPER������������������ -873.7300��������������� 9.5301������������� 1.0655
G gas������������������ -14245.5414�������������� 71.0483������������� 7.9434
G solv�������������������� 475.4787�������������� 10.1290������������� 1.1325
TOTAL������������������ -13770.0627�������������� 70.6477������������� 7.8986
Receptor:
Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS������������������ -636.0225�������������� 14.8670������������� 1.6622
EEL��������������������� -6543.5816�������������� 59.8964������������� 6.6966
EPB����������������������� -40.3898�������������� 10.5803������������� 1.1829
ENPOLAR������������������� 785.3782��������������� 7.4245������������� 0.8301
EDISPER������������������ -537.1198�������������� 10.6839������������� 1.1945
G gas������������������� -7179.6041�������������� 60.2133������������� 6.7321
G solv�������������������� 207.8686�������������� 11.9526������������� 1.3363
TOTAL������������������� -6971.7355�������������� 57.7394������������� 6.4555
Ligand:
Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS������������������ -561.7187�������������� 10.8015������������� 1.2076
EEL��������������������� -5654.4483�������������� 52.6886������������� 5.8908
EPB����������������������� -80.4440��������������� 9.0166������������� 1.0081
ENPOLAR������������������� 699.3572��������������� 5.2038������������� 0.5818
EDISPER������������������ -481.4802��������������� 5.2586������������� 0.5879
G gas������������������� -6216.1670�������������� 52.5901������������� 5.8797
G solv�������������������� 137.4330��������������� 8.9145������������� 0.9967
TOTAL������������������� -6078.7340�������������� 51.8037������������� 5.7918
Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component����������� Average������������� Std. Dev.�� Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS������������������ -102.6933��������������� 5.4243������������� 0.6065
EEL���������������������� -747.0770�������������� 35.9132������������� 4.0152
EPB������������������������ 67.5297�������������� 11.5401������������� 1.2902
ENPOLAR������������������� -82.2225��������������� 3.7455������������� 0.4188
EDISPER������������������� 144.8700��������������� 4.5622������������� 0.5101
DELTA G gas�������������� -849.7703�������������� 36.6566������������� 4.0983
DELTA G solv�������������� 130.1771�������������� 11.4431������������� 1.2794
DELTA TOTAL�������������� -719.5931�������������� 37.1032������������� 4.1483
-------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Thu Dec 19 2013 - 23:30:02 PST